По порядку номеров: 1.1 Да 1.2 Да 1.3 Да-да-да. Последнее - не в России. 1.4 Да. И да (не в России). 1.4.2 Особых проблем нет, но есть нюансы, с которыми придётся разбираться. 1.5 Смысл есть. Заниматься некому. 1.6 Нанопорщики ещё долго не смогут монополизировать рынок. Но со временем смогут урвать его львиную долю. 1.7 AXBIO может значительно повысить и точность, и производительность нанопорового секвенирования. Но это только теоретически. Практически - узнаем в следующем году.
Картинки:
H_L.png — (378.82)
dk, 08.12.2019 14:19
Генсек, смотря для чего. Для того же метабаркодинга нанопоры в ближайшем будущем не смогут обеспечить должную производительность (за разумные деньги). А вот если кондуктометрический ГенапСис сможет "подвинуть по цене" Иллюмину и ИонТоррент - вот это будет очень интересно. По крайней мере уже имеет смысл "запастись попкорном" и начать искать несколько нелишних млн.руб. - высокопроизводительное секвенирование должно стать доступнее.
Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают. Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.
genseq, 10.12.2019 09:14
(dk @ 09.12.2019 19:42)
Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают. Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.
1. Главное в нанопоровой технологии - очень низкая себестоимость секвенирования, которая после появления конкурентов приведёт к снижению его стоимости. 2. Пора помирает, но сейчас уже не через несколько "протяжек", а через несколько сотен (или даже тысяч) "протяжек" (ридов). 3. Нынешние нанопоры уже неплохо справляются и с короткими ридами. А если нужно увеличить общее количество коротких ридов, то их сшивают. И секвенируют длинными ридами. 4. Число ошибок медленно, но верно снижается. Сейчас однократное чтение даёт меньше 95% ошибок на ДНК большинства бактерий и 94% на ДНК человека. Качество многократного чтения (>40) превышает Q40, а с нанопорами десятой серии перевалило за Q50. Для метабаркодинга этого более чем достаточно.
dk, 10.12.2019 19:54
Генсек, спасибо! Значит, есть ещё больший смысл копить несколько лишних миллионов!
genseq, 10.12.2019 20:40
А бывают лишние миллионы?
banned sceptique-NMRguy, 29.12.2019 23:20
(genseq @ 10.12.2019 21:40)
А бывают лишние миллионы?
У тех, кто разумно к ним относится, они всегда лишние. Ибо, тратить их нет никакого смысла обычно на всякую ерунду, к которой расходку перестают продавать черз 2-3 года после покупки секвенатора, как мерзавцы из Роша со всеми своими клиентами поступили пару лет назад.
микробиом, 30.12.2019 11:35
(banned sceptique-NMRguy @ 30.12.2019 00:20)
У тех, кто разумно к ним относится, они всегда лишние. Ибо, тратить их нет никакого смысла обычно на всякую ерунду, к которой расходку перестают продавать черз 2-3 года после покупки секвенатора, как мерзавцы из Роша со всеми своими клиентами поступили пару лет назад.
пару лет назад. ваамщето Рош сдох в NGS лет 10 назад
breznak, 14.01.2020 05:04
в пьянстве замечен небыл но по утрам пил холодную воду
Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают. Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало.
в принципе нанопоры доджны делать 16s microbioms на полной 16с до уровня штамма в клинике
BGI в последнее время всё лучше конкурирует с Illumina. Скоро в продаже может появиться парочка новых систем - настольная (модульная, на основе DNBSEQ E) и "напольная" (MGIFLP). А есть ещё и роботизированная (DNBSEQ-Tx), с производительностью 20 Tb в сутки. Правда, модульная была анонсирована ещё в ноябре прошлого года, а роботизированная - в марте этого. Но есть надежда, что до конца года они созреют для продажи.
Картинки:
_100.png — (266.57)
Permission, 01.09.2020 22:53
Молча убрали мой пост. Некрасиво.
А мысль моя была проста, но не приятна для молбиологов и генетиков. Суть её в том, что сколько угодно можно говорить о полезности и красоте одежды, обсуждать материалы, используемые для нее, покрои, нитки, размеры, износостойкость и.т.д и т.п. Полезно? Несомненно, в малых масштабах. Однако, «пустячок» вне нашего внимания - какого субъекта наряжают в эти одеяния? Кто это? Как он живёт-может? Это главное. Но это главное - МИМО. Почему? Потому, что сиквенс, точнее его внешняя оболочка, это ПРЕЖДЕ ВСЕГО БИЗНЕС, а это ДЕНЬГИ. И это главное, вытесняющее действительно ГЛАВНОЕ, - кто в этих одеждах? Что он и как он? Разве неправда? Хоть засеквенируйтесь в дребодан. Не зная диалектов языка ДНК --- мРНК --- Белков, все остальное - имитация работы. Когда власть предержащие и деньги дающие поймут это, причем, очень скоро, тогда лингвистическая генетика умрет, не родившись. Что контр продуктивно, это тупик генетики и мол. биологии, стирай - не стирай сей пост.
genseq, 02.09.2020 09:53
Убрал молча. Наверное, это некрасиво. Но я убираю все сообщения, не имеющие отношения к теме. Здесь обсуждаются не высшие сферы молекулярной генетики, недоступные простым учёным, а новые технологии секвенирования. Так что извините, но для обсуждения глубинных принципов хранения и передачи генетической информации Вам лучше открыть свою тему. Здесь все отвлекающие от секвенирования сообщения удаляются.
Permission, 02.09.2020 11:30
(genseq @ 02.09.2020 10:53)
Убрал молча. Наверное, это некрасиво. Но я убираю все сообщения, не имеющие отношения к теме. Здесь обсуждаются не высшие сферы молекулярной генетики, недоступные простым учёным, а новые технологии секвенирования. Так что извините, но для обсуждения глубинных принципов хранения и передачи генетической информации Вам лучше открыть свою тему. Здесь все отвлекающие от секвенирования сообщения удаляются.
Ну это как пытаться понять Джоконду, обсуждая хим. состав и мол.структуру используемых Леонардо красок и способы их намазывания. Можно обсуждать? Конечно. Но это трата времени впустую.
kb1, 02.09.2020 15:40
(Permission @ 02.09.2020 12:30)
Ну это как пытаться понять Джоконду, обсуждая хим. состав и мол.структуру используемых Леонардо красок и способы их намазывания. Можно обсуждать? Конечно. Но это трата времени впустую.
Ну, так не топчитесь здесь. Вам - в Лувр, а мы красками займемся.
Bandarjitu adalah Situs yang menyediakan Permainan Togel Online dengan Pasaran Terlengkap, Link Slot Gacor mudah Maxwin, dan Bandar Casino IDN Live Resmi yang aman juga terpercaya di Indonesia. Gabung sekarang juga bersama Situs Bandarjitu dan dapatkan penawaran Promo menarik dari Situs terbaik Bandarjitu. Bonus New Member dan Rollingan All Game menanti Anda. Daftar Gratis sekarang hanya di https://bandarjitu.asia