Никто не говорил? Совсем-совсем никто? А это что: "Анализ ДНК – ключ к здоровью и долголетию. Генетический анализ – это не только эффективный способ определения индивидуального риска развития заболеваний и переносимости лекарственных препаратов, но и возможность узнать о генетических особенностях поведения, склонностях и способностях человека."


А это, на минуточку, с заглавной страницы одного из спонсоров molbiol.ru

Пожалуй, да, ты прав. Я на самом деле очень хотела запостить эту ссылку в тему с рекламой г-нотека - там это актуальней -, но убоялась окончательного забанивания
Мне как практику статья очень нравится, и она совпадает с моими представлениями - но она полностью поперек мэйнстрима. Так что я решила, что это может быть интересно и в этой теме.

дык уже начали

Это Вы про биофак МГУ?

Я про Петербург
http://bioinf.me/

Считаю такой подход более правильным. Все-таки эти люди должны быть в первую очередь математиками и информатиками, а уже во вторую - биологами.

Лаборатория Певзнера? Ну как там ваш сборщик, можно уже им большие геномы собирать?

Я то сам не оттуда, просто знаком с ними. Про сборщик не могу ничего сказать.

Прежде чем радоваться слабой предсказательной способности генетики, было бы правильнее проанализировать упомянутую выше статью на предмет корректности использованных в ней методов.

Сначала советую эту: http://www.nature.com/nature/journal/v483/...ll/483531a.html

как опровергнете, приходите снова

Дык я прошла в 2010-2011 эти курсы. И что? Мне предложили работу? На минуточку - биолог, а не программер.

А зачем новые сборщики???
В интернете их навалом. Для неленивых. Поискать никак?
А будет еще больше.

А вот интерпретировать вал информации чисто математических мозгов может не хватить. Нужны биологи.

Создавать программы-да. И только. Для одного этапа работы. Хотя, повторяю, программ, бесплатных и так уже море в интернете.
И не верю, что математики и информатики могут стать биологами.
Скорее биолог освоит программу, созданную математиками-программерами, а потом будет проводить исследования, которые, не способен спланировать человек -программер.

Математики-информатики без биологов могут собрать только геном сферического коня в вакууме С другой стороны, биологи без математиков перед громадой данных NGS вообще бессильны.
Поэтому надо не противопоставлять, а объединяться.

Так вот меня и удивило, что после курсов Певзнера перед биологами мягко прикрыли дверь. Типа, вы нам не нужны, а параллельно проводились некие низкокачественные курсы по мол. биологии, которые якобы должны были чудесным образом превратить программистов в биологов-программистов.
А то, что биолог учится шесть с половиной лет да еще м.б. аспирантура и прочие стажировки т.п. в рассчет не принимается. Думают, так легко и просто.

Куча программ,в том числе для ассемблинга
Список программ

еще
http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/ind...nalysis_Toolkit
http://www.openbioinformatics.org/annovar/
http://www.bio-itworld.com/news/06/23/2011...g-software.html

А скоро еще появятся программы с user-friendly интерфейсом. И все.
Нужны будут только биологи.

А для биологов в Питере ничего подобного не будет организовано?
Кто будет обрабатывать и интерпретировать "огромные массивы информации"?
Когда уже все user-friendly программы для биологов будут написаны?

Кстати, о Петербурге. Буду очень рад ошибиться, но там всего один сравнительно геномный секвенатор - GS Junior. Да и тот не в самом Питере, а в Пушкино. Скоро ли появятся другие?

биоинформатиков поубивать надо половину или процентов 70

http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1...2164-10-618.pdf

с такими базами будут нужны психиатры
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...35/?tool=pubmed

А зачем нам иммунопреципитация хроматина?
Это же для изучения сайтов посадки факторов транскрипции.

Если проследить кому и на что дали мегагранты - а по биоинформатике в Питере их два (!). Один Певзнеровский, а второй в универе.
То есть надежда еще хотя бы на один прибор в Питере. Если тратить мегагранты с умом, а не только на программеров.

По слухам, Стив оБрайен собрался геном амурского тигра секвенировать интересно, купит ли под это дело свой секвенатор или нет?

Это, наверное, одна из задач. Ему мегагрант аж 5 млн. выделили. А на выходе один геном амурского тигра???

да если хоть это будет сделано. и то хорошо...

там из этих 5 млн можно 60% на зарплату так что хорошо бы хоть один

Убогий результат. А могли бы тоже какие-нибудь курсы и практические занятия для биологов организовать. Мегагрант кончится, а что останется?

Ну а что значит "предложили работу"? А должны были? обычно всё-таки люди работу ищут, а не она их
даже тут на молбиоле есть несколько вакансий, связанных с биоинформатикой и NGS
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505158
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503278

а вот ещё один мегагрантник ищет сотрудников: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503930

попробуйте туда обратиться, это конструктивней, чем ворчать на Певзнера...

Это Москва.

Если бы такое же, но в Питере.

в Питере, конечно, хуже
НУ вот такое есть: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505258#1310034
может, им нужны биоинформатики.
ну и оБрайен. У него проект только-только начался.

Питерских биологов я сама отговаривала от покупки NGSа. По собственному опыту мне представляется, что если денег не бесконечно, а ограничено (грубо говоря, не по 3 млн в год на ближайшее десятилетие), то сначала стоит несколько лет пообрабатывать данные с аутсорсинга, а потом думать, нужен ли себе в лабораторию этот белый слон.

По крайней мере, до той поры, пока секвенирование не удешевят в два раза и оборудование перестанет совершенствоваться каждые полгода.

А что касается биоинформатики, то информатик без знания биологии нафиг не требуется. Пробовали уже. Программы написать могут многие, а как до анализа доходит, тут уже плавание начинается.
Я теперь верю в биоинформатиков с МФТИ и ФББ.
Последнее меня удивляет. До последнего года мне казалось, что они занимаются оторванными от жизни вещами.
Другое дело, что у нас платить им пока немногие могут достойно... Но через несколько лет, когда рынок разовьётся, думаю, они смогут много запрашивать.

нам не надо - за нас все американцы сделают
100 факторов уже откартировали и ни один не совпадает с предсказанными биоинформатиками сайтами
http://genome.ucsc.edu/ENCODE/

вот она предсказательная мощь биоинформатики/-ков.

Про оБрайена ничего не слышно.
На этот семинар конечно же нужно идти.

http://jcm.asm.org/content/50/4/1355.full

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111...0678.x/abstract

Важнейший для развития применения технологий секвенирования следующего поколения вопрос - как убедить российское представительство одной крупной биотехнологической компании, что наценка в 3 раза - это СЛИШКОМ!

На февраль месяц вроде бы подсчитали, что дело таки в ценах исходной компании? Апрельские ценники выставили?

а это я не про иллюмину
см. почту.

В Штатах хайсек стоил 600 килобаксов, в России миллион - к иллюмине и к ИЛСу у меня вопросов нет это вам не в 3 раза.

http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=19064

ну и что ответили ?

А разве не видно?

не видно

Продолжайте наблюдение.

честно говоря, на чисто англоязычном форуме задавать вопрос с объясняющим материалом в виде русского текста - выглядит несколько странно. Да и выяснять детали на тему "Clone torrent" в профильной ветке торрента (куда регулярно заходят представители Life Tech) - это граничит, как говорили раньше, "с особым цинизмом"

генсек - тебе что делать нечего , как мыть отработанные чипы торрента ?
чипы - не самое дорогое , а влететь в задницу на твоем "отмытом чипе" в пять секунд

"Больше цинизма! Людям это нравится!" (О. Бендер)

Честно говоря, статьи читаю на английском достаточно свободно, а вот писать на нём же не могу. При машинном переводе получается что-то неудобоваримое. Буду весьма признателен, если поможете перевести эту страничку.

Что касается Торрентовцев, то отношусь к ним с большим уважением. Ещё больше зауважаю, если они снизят свои цены. И не будут с особым цинизмом гнать свой товар через Европу (+30%) и нашу границу (+30%). При желании эти наценки можно и обойти. Китайцам они поставляют всё напрямую, а наша таможня не берёт мзду ни с медицинского оборудования, ни с уникальных приборов (по Флорентийскому соглашению). Но возиться с этими проблемами не интересно даже нашим людям, поскольку чем дороже секвенирование, тем больше у них навар.

Ну и кто из нас циник?

пожалуй куплю иллуминовсского мисека

Какие +30% + 30% - я вроде тут уже говорила - в три раза цены завышены!
Специально попросила двух коллег, работающих за рубежом, взять КП на торрент у себя там, потом сравнила с тем, что у нас предлагают - ровно в 3 раза.
Бороться с этим можно и нужно, только по-моему, самый верный способ - полный бойкот любой продукции Life Technologies.