Какие +30% + 30% - я вроде тут уже говорила - в три раза цены завышены! Специально попросила двух коллег, работающих за рубежом, взять КП на торрент у себя там, потом сравнила с тем, что у нас предлагают - ровно в 3 раза. Бороться с этим можно и нужно, только по-моему, самый верный способ - полный бойкот любой продукции Лифе Течнологиес.
если Протон-Ион стоит в германии 140 тонн евров без НДС - то в России он уже будет Хисеком2000
comp3v, 11.04.2012 11:54
(mlog @ 11.04.2012 11:08)
Какие +30% + 30% - я вроде тут уже говорила - в три раза цены завышены! Специально попросила двух коллег, работающих за рубежом, взять КП на торрент у себя там, потом сравнила с тем, что у нас предлагают - ровно в 3 раза. Бороться с этим можно и нужно, только по-моему, самый верный способ - полный бойкот любой продукции Life Technologies.
не знал, что всё настолько круто. А у Иллюмины меньше накрутки?
mlog, 11.04.2012 12:13
(comp3v @ 11.04.2012 12:54)
не знал, что всё настолько круто. А у Иллюмины меньше накрутки?
Я шо, я шо, я сама офигела! (с) Меньше. Хотя итоговая цена получается больше у иллюмины - потому что исходная выше. Но это ещё хоть как-то понятно - они производители, разработчики... А на каком основании в 3 раза завышают люди, которые ничего, кроме перепродажи, не делают, мне лично непонятно.
genseq, 11.04.2012 18:07
Я офигел ещё больше, когда попытался разобраться в Ion PGM™ Torrent Server EL.
Оказывается, это вполне тривиальная графическая станция Dell Precision T3500, отличающаяся от базовой комплектации увеличенным количеством HDD (4 шт. по 2 Tb). Её примерная стоимость в местных лавочках составляет около 3 тыс.$, причём значительная часть цены платится за фирменную марку Dell. Отвёрточная сборка обойдётся дешевле. Правда, придётся повозиться с установкой бесплатного программного обеспечения, и эта возня может увеличить стоимость на 1...2 тыс. рублей.
В комплекте с PGM этот уже несколько устаревший настольный компьютер стоит 16,5 тыс.$ (в России - 16,5х3=49,5 тыс.$). Т.е. цена этого сервера для нас завышена в 15...20 раз.
Я офигел ещё больше, когда попытался разобраться в Ion PGM™ Torrent Server EL.
Оказывается, это вполне тривиальная графическая станция Dell Precision T3500, отличающаяся от базовой комплектации увеличенным количеством HDD (4 шт. по 2 Tb). Её примерная стоимость в местных лавочках составляет около 3 тыс.$, причём значительная часть цены платится за фирменную марку Dell. Отвёрточная сборка обойдётся дешевле. Правда, придётся повозиться с установкой бесплатного программного обеспечения, и эта возня может увеличить стоимость на 1...2 тыс. рублей.
В комплекте с PGM этот уже несколько устаревший настольный компьютер стоит 16,5 тыс.$ (в России - 16,5х3=49,5 тыс.$). Т.е. цена этого сервера для нас завышена в 15...20 раз.
Уважаемые коллеги, помогите сделать выбор между MiSeq, Junior и Ion Torrent. Основные технические характеристики (длины прочтения и т.д.) доступны. Анонсы об увеличении длины прочтений Ion Torrent до 400, а Junior до 1000 слышал уже давно.
Однако по некоторым слухам всё даже не так, как декларируется: анонсы никто не выполняет, а технические характеристики не у всех выдерживаются. Ion Torrent, например, якобы не выдаёт производительности, которая соответствует его техническим характеристикам (фактическая что-то чуть ли не в 10 раз меньше), количество ошибок зашкаливает, а сборка de novo чего-то существенного невозможна. А от заявленных анонсах о чипах и бесконечном апгрейте отказываются.
Хотелось бы получить информацию от тех, кто уже использует такие приборы или знает о результатах их использования: как там всё на самом деле то?
Guest, 13.04.2012 08:27
(А @ 13.04.2012 08:15)
Уважаемые коллеги, помогите сделать выбор между МиСея, Юниор и Ион Торрент. Основные технические характеристики (длины прочтения и т.д.) доступны. Анонсы об увеличении длины прочтений Ион Торрент до 400, а Юниор до 1000 слышал уже давно.
Однако по некоторым слухам всё даже не так, как декларируется: анонсы никто не выполняет, а технические характеристики не у всех выдерживаются. Ион Торрент, например, якобы не выдаёт производительности, которая соответствует его техническим характеристикам (фактическая что-то чуть ли не в 10 раз меньше), количество ошибок зашкаливает, а сборка де ново чего-то существенного невозможна. А от заявленных анонсах о чипах и бесконечном апгрейте отказываются.
Хотелось бы получить информацию от тех, кто уже использует такие приборы или знает о результатах их использования: как там всё на самом деле то?
я пока на МисеКа деньги откладую ну его нафик "емулшн ПЦР"
Guest, 13.04.2012 08:29
(А @ 13.04.2012 08:15)
Уважаемые коллеги, помогите сделать выбор между МиСея, Юниор и Ион Торрент. Основные технические характеристики (длины прочтения и т.д.) доступны. Анонсы об увеличении длины прочтений Ион Торрент до 400, а Юниор до 1000 слышал уже давно.
Однако по некоторым слухам всё даже не так, как декларируется: анонсы никто не выполняет, а технические характеристики не у всех выдерживаются. Ион Торрент, например, якобы не выдаёт производительности, которая соответствует его техническим характеристикам (фактическая что-то чуть ли не в 10 раз меньше), количество ошибок зашкаливает, а сборка де ново чего-то существенного невозможна. А от заявленных анонсах о чипах и бесконечном апгрейте отказываются.
Хотелось бы получить информацию от тех, кто уже использует такие приборы или знает о результатах их использования: как там всё на самом деле то?
если МисеК дает 15 лимонов одноконцевых ридов и 30 парных - то для 90% задач - сойдет
А, 13.04.2012 08:35
(Guest @ 13.04.2012 06:29)
если МисеК дает 15 лимонов одноконцевых ридов и 30 парных - то для 90% задач - сойдет
я тоже о нём подумываю... но длина прочтений всё-таки не велика. А про Ion Torrent, к которому чип для прочтении в 400 пн обещали в этом году и который анонсировали как нечто новое, высокоточное и бесконечно развивающееся, слышал что всё уже не так... Интересно, есть где-то положительные отзывы о работе на нём и у кого он установлен?
Guest, 13.04.2012 08:37
(А @ 13.04.2012 08:35)
я тоже о нём подумываю... но длина прочтений всё-таки не велика. А про Ион Торрент, к которому чип для прочтении в 400 пн обещали в этом году и который анонсировали как нечто новое, высокоточное и бесконечно развивающееся, слышал что всё уже не так... Интересно, есть где-то положительные отзывы о работе на нёми у кого он установлен?
я длиннее 50 бп не гоняю
Guest, 13.04.2012 17:48
(А @ 13.04.2012 08:35)
я тоже о нём подумываю... но длина прочтений всё-таки не велика. А про Ион Торрент, к которому чип для прочтении в 400 пн обещали в этом году и который анонсировали как нечто новое, высокоточное и бесконечно развивающееся, слышал что всё уже не так... Интересно, есть где-то положительные отзывы о работе на нём и у кого он установлен?
на Мисеке вроде два по 250 бп , что длиннее и Юниора и торрента
vtosha, 13.04.2012 21:25
Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.
Guest, 14.04.2012 00:37
(vtosha @ 13.04.2012 21:25)
Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.
ну купите себе терцик
-Ъ-, 16.04.2012 16:30
(Guest @ 13.04.2012 09:27)
я пока на МисеКа деньги откладую ну его нафик "емулшн ПЦР"
Пока не увижу, что на 80-90% смогу зменить расходку на лучшего качества, но собственного изготовления
то есть никогда
genseq, 16.04.2012 19:56
(mlog @ 16.04.2012 17:20)
то есть никогда
то есть через год. Сделать свою расходку вполне реально. Наверное, опишу это в пятой главе. Пока застрял на второй.
vtosha, 16.04.2012 21:25
А для Иллюмины????
genseq, 17.04.2012 07:08
(vtosha @ 16.04.2012 19:25)
А для Иллюмины????
А для Иллюмины один начинающий биолог (но опытный програмист) уже купил шаговый моторчик и электронные компоненты для его подключения к компьютеру. На него нужно будет насадить селекторный клапан (чертежи переданы в производство), подключить к стоку секвенатора и наладить разделение вытекающих из него отходов на фракции. Правда, потребуется ещё управляющий клапаном проточный детектор и программное обеспечение, так что придётся повозиться. Зато потом самую дорогую фракцию - флуоресцентно меченые dNTP - сможете использовать повторно. Если не для секвенирования геномов, то для коротких ридов, пригодных для диагностики ЗППП и прочей гадости .
Guest, 17.04.2012 09:40
Самая дорогая фракция - ячейка все остальное не лимитирует
vtosha, 17.04.2012 09:44
Это, конечно, хорошо для экологической составляющей производства. Но, по правде сказать, лучше бы свои дешёвые реагенты... Отщепляющую смесь по-любому нельзя в повторное пользование, да и сканирующую тоже - мало ли чем засорится. Основной реактив секвенирования собирается из трёх частей: из буфера, нуклеотидов и полимеразы. Смешанный реагент по-любому долго не живёт (ну, дня три продержится, а потом полимераза дохнет и интенсивность всё равно падает, на серьёзных прогонах никто рисковать не будет). Можно, конечно, сэкономить, смешивая в меньших количествах, растянем кит в два-три раза. Хотя... на трёх китах прогнать 300 нуклеотидов... Заманчиво, конечно. На трёх китах, говорят, земля держится, может, и пригодится. Но широкого спроса не гарантирую, разве что небольшие кустарные производства. Диагностику вряд ли кто даст на самопальных механизмах делать.
EGen, 17.04.2012 11:01
(genseq @ 17.04.2012 07:08)
А для Иллюмины один начинающий биолог (но опытный програмист) уже купил шаговый моторчик и электронные компоненты для его подключения к компьютеру. На него нужно будет насадить селекторный клапан (чертежи переданы в производство), подключить к стоку секвенатора и наладить разделение вытекающих из него отходов на фракции. Правда, потребуется ещё управляющий клапаном проточный детектор и программное обеспечение, так что придётся повозиться. Зато потом самую дорогую фракцию - флуоресцентно меченые dNTP - сможете использовать повторно. Если не для секвенирования геномов, то для коротких ридов, пригодных для диагностики ЗППП и прочей гадости .
Вобщето я не для Иллюмины покупал - а для Clone Torrenta, не совсем понял чем он иллюмине может пригодиться. После Torrenta можно и иллюминой заняться, бы были флуоресцентно меченые dNTP
vtosha, 17.04.2012 11:25
Ну и хорошо. Для Иллюмины вряд ли это будет энергетически оправдано на данном этапе развития прибора.
mlog, 17.04.2012 15:10
(vtosha @ 16.04.2012 22:25)
А для Иллюмины????
А для Иллюмины можно было бы сделать наборы для пробоподготовки как минимум. Их и так делают все кому не лень. Но нет, "у русских собственная гордость"
-Ъ-, 17.04.2012 15:59
(mlog @ 17.04.2012 16:10)
А для Иллюмины можно было бы сделать наборы для пробоподготовки как минимум. Их и так делают все кому не лень. Но нет, "у русских собственная гордость"
Тааак, эты Вы на что намекаете?
genseq, 17.04.2012 16:19
(mlog @ 17.04.2012 13:10)
А для Иллюмины можно было бы сделать наборы для пробоподготовки как минимум. Их и так делают все кому не лень. Но нет, "у русских собственная гордость"
(-Ъ- @ 17.04.2012 13:59)
Тааак, эты Вы на что намекаете?
Не пора ли вам познакомиться? Повод, похоже, имеется.
mlog, 17.04.2012 16:44
(-Ъ- @ 17.04.2012 16:59)
Тааак, эты Вы на что намекаете?
Да я не намекаю, я вполне открыто говорю - российские аналоги наборов типа таких: http://www.kapabiosystems.com/products/nam...reparation-kits очень бы пригодились. Но почему-то интерес к их разработке проявляют в основном за пределами этого форума, а здесь всё больше обсуждают сиквенсные реагенты. Мне страшно себе представить человека, который использует б/ушные или самопальные dNTP с новой фирменной ячейкой (а уж её-то повторно использовать или самим сделать точно не получится) - очень беззаботный и/или безответственный должен быть товарищ...
-Ъ-, 17.04.2012 18:12
(mlog @ 17.04.2012 17:44)
Да я не намекаю, я вполне открыто говорю - российские аналоги наборов типа таких: http://www.kapabiosystems.com/products/nam...reparation-kits очень бы пригодились. Но почему-то интерес к их разработке проявляют в основном за пределами этого форума, а здесь всё больше обсуждают сиквенсные реагенты. Мне страшно себе представить человека, который использует б/ушные или самопальные dNTP с новой фирменной ячейкой (а уж её-то повторно использовать или самим сделать точно не получится) - очень беззаботный и/или безответственный должен быть товарищ...
В том то и дело что этот метод получения библиотеки для полногенмного секвенирования - полный отстой, сборная солянка кучи последовательных реакций, на чем можно легко проколоться... Практически, получение библиотеки для КЛОНИРОВАНИЯ по Маниатису.... Есть другая альтернатива - через DOP-PCR c пришитыми линкерами...Конкретику - когда буду этим заниматься непосредственно. Но в свое время перепробовал много протоколов для полногеномной АМПЛИФИКАЦИИ для ... всего, в частности, для СТР анализа. Сейчас не делаю - никому не нужно. А компоненты для секвенирующей реакции не обязательно на самих ячейках испытывать - существуют другие, "практически беплатные" контрольные реакции... Кстати, суперчистые трифосфаты (не меченые) я уже купил. Бум испытывать после майских пьянок. Вообщем, не так страшен черт... Дайте мне рычаг...
А наивный Генсек решил, что мы с Машей не знакомы. Как ты мог такое пропустить! Но, однако, ты обещал познакомить меня с vtosha.
mlog, 17.04.2012 18:16
(-Ъ- @ 17.04.2012 19:12)
В том то и дело что этот метод получения библиотеки для полногенмного секвенирования - полный отстой, сборная солянка кучи последовательных реакций, на чем можно легко проколоться... Практически, получение библиотеки для КЛОНИРОВАНИЯ по Маниатису....
Да ладно! Это очень простая, надёжная и интуитивно понятная последовательность действий! И это при том, что я не молекулярщик ни разу...
А почему Вы с vtosha не знакомы? Работаете же совсем рядом.
genseq, 17.04.2012 18:55
(mlog @ 17.04.2012 14:44)
Мне страшно себе представить человека, который использует б/ушные или самопальные dNTP с новой фирменной ячейкой (а уж её-то повторно использовать или самим сделать точно не получится) - очень беззаботный и/или безответственный должен быть товарищ...
Спасибо за комплименты. И не бойтесь ячеек. Сделать такие же не слишком сложно. Правда, от HiSeq я их не видел, а вот от от GA IIx изучал всерьёз. Даже пилил и фотографировал срезы под микроскопом. И с технологиями сварки стёкол разбирался. Ничего особо сложного там нет. Да и новые ячейки делать ни к чему. Лучше регенерировать старые - промывать пираньей, активировать поверхность АПТЭСом и заново пришивать праймеры. Просто это никому не нужно. Если будете спорить и утверждать, что это нужно, то прежде чем спорить определите, насколько Вам это нужно (на какую сумму?).
Кстати, о ячейках. У секвенатора Mini-20 их будет 20 штук, причём регенерируемых: http://www.azcobiotech.com/instruments/mini20.php Each reusable flow cell is designed to hold a single, isolated sample so there is no need for batching or barcoding, thus eliminating the chance for sample contamination!
ъ, если рядом работаем, может, мы уже знакомы, просто об этом не знаем? Мало ли, скажем, столовая в математическом центре...
Ну на новой фирменной ячейке не рискнула бы. А вот старые фирменные давно просроченные ячейки у нас вполне есть. Что характерно, работают, проверили месяц назад, только ПО к ним нужно ихнее, старое тоже. И у курчатника, чует моё сердце, таких хватает.
Наборы для пробоподготовки - это да, это не повредило бы, хотя... если они не будут стоит дешевле НЕБовских, то зачем бы они нужны? НЕБ на 50 образцов - около 60 тысяч без адаптеров. Если российский будет столько же стоить, будет ли он конкурентно способен? Там всё-таки полтора десятка пробирок наберётся. Если с адаптерами будет, то однозначно станет конкурентно способен.
Кстати, в секвенирующих китах, между прочим, только нальгеновские баночки стоят по 7 тысяч рублей на человека. Четыре баночки - тридцать тысяч. Из примерно 90 тысяч современной российской стоимости кита.
mlog, 17.04.2012 19:40
(vtosha @ 17.04.2012 20:18)
Наборы для пробоподготовки - это да, это не повредило бы, хотя... если они не будут стоит дешевле НЕБовских, то зачем бы они нужны? НЕБ на 50 образцов - около 60 тысяч без адаптеров. Если российский будет столько же стоить, будет ли он конкурентно способен? Там всё-таки полтора десятка пробирок наберётся. Если с адаптерами будет, то однозначно станет конкурентно способен.
C адаптерами, естественно, иначе какой смысл. А конкурентно способен будет как минимум из-за сроков. Сколько тот NEB к нам везут? Месяца три
Кстати, в секвенирующих китах, между прочим, только нальгеновские баночки стоят по 7 тысяч рублей на человека. Четыре баночки - тридцать тысяч. Из примерно 90 тысяч современной российской стоимости кита.
Это что ещё за баночки?
mindstate, 18.04.2012 00:08
(Guest @ 04.04.2012 17:03)
там из этих 5 млн можно 60% на зарплату так что хорошо бы хоть один
там из этих 5 млн минимум 60% улетает на накладные расходы в лице админаппарата универов, которые будут задействованы в этом проекте. такова бухгалтерия любых научных проектов в академнауке Штатов, да и не только их. это к разговору о величине гранта у Стивена О'Брайена. так что реальные размеры грантов - вполне вменяемые.
Guest, 18.04.2012 12:24
(vtosha @ 13.04.2012 21:25)
Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.
там из этих 5 млн минимум 60% улетает на накладные расходы в лице админаппарата универов, которые будут задействованы в этом проекте. такова бухгалтерия любых научных проектов в академнауке Штатов, да и не только их. это к разговору о величине гранта у Стивена О'Брайена. так что реальные размеры грантов - вполне вменяемые.
Кому-то накладные доходы, а кому-то отрабатывать грант.
Guest, 18.04.2012 13:27
(-Ъ- @ 17.04.2012 18:12)
В том то и дело что этот метод получения библиотеки для полногенмного секвенирования - полный отстой, сборная солянка кучи последовательных реакций, на чем можно легко проколоться... Практически, получение библиотеки для КЛОНИРОВАНИЯ по Маниатису.... Есть другая альтернатива - через DOP-PCR c пришитыми линкерами...Конкретику - когда буду этим заниматься непосредственно. Но в свое время перепробовал много протоколов для полногеномной АМПЛИФИКАЦИИ для ... всего, в частности, для СТР анализа. Сейчас не делаю - никому не нужно. А компоненты для секвенирующей реакции не обязательно на самих ячейках испытывать - существуют другие, "практически беплатные" контрольные реакции... Кстати, суперчистые трифосфаты (не меченые) я уже купил. Бум испытывать после майских пьянок. Вообщем, не так страшен черт... Дайте мне рычаг...
А наивный Генсек решил, что мы с Машей не знакомы. Как ты мог такое пропустить! Но, однако, ты обещал познакомить меня с vtosha.
А, всё забываю, что у вас фасовки другие. Баночки, в которых буфера. Мы как-то думали, чтобы их закупить (типа, чтобы промывать каждый раз в свежих), но потом узнали цену и призадумались.
Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов...
-Ъ-, 19.04.2012 10:21
(vtosha @ 18.04.2012 14:41)
А, всё забываю, что у вас фасовки другие. Баночки, в которых буфера. Мы как-то думали, чтобы их закупить (типа, чтобы промывать каждый раз в свежих), но потом узнали цену и призадумались.
Речь о пустых поликарбонатных налгеновских баночках? Чем же силиконизированный полипропилен хуже?
NKjulanoff, 19.04.2012 17:29
Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.
Guest, 20.04.2012 14:50
(-Ъ- @ 19.04.2012 10:16)
Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов...
все новое - хорошо забытое старое "транспозанию" - 1000 лет и 3 года
Guest, 20.04.2012 15:07
(-Ъ- @ 19.04.2012 10:16)
Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов...
Вообще-то он его уже давно продал Эпицентру, который купила Иллюмина, и сейчас на них же и вкалывает: Transposase mediated construction of RNA-seq libraries.
Вообще-то он его уже давно продал Эпицентру, который купила Иллюмина, и сейчас на них же и вкалывает: Транспосасе медиатед цонструцтион оф РНА-сея либрариес.
дк делай EZ-Tn5 транспозазу - намного проще агарозных гелей
genseq, 20.04.2012 17:22
(Guest @ 20.04.2012 13:40)
дк делай EZ-Tn5 транспозазу - намного проще агарозных гелей
Нужно подумать. Похоже, это патентами не защищено.
молекула, 22.04.2012 15:24
(genseq @ 22.04.2012 10:59)
Намного расширил описание проекта "Sequencing for all":
genseq, а не боитесь, что выпустив на рынок такой дешевый секвенатор, вы навлечете на себя гнев конкурентов? За ними такие капиталы стоят, а тут понимаешь, помеха в виде русского Кулибина.
papa Karlo, 22.04.2012 16:19
О, Генсек, правильным курсом идете .... Вот видите же, я плохих советов не даю....Стратегический консалтинг - это посильнее фауста гете :-))
Единственно что вам с этим проектом в Штаты надо ехать, там бы уже деньги бы собирали на кикстартере как осенние листья... И ведь собрали бы бы... там публика благодарная и изобретателей ценит.. можно даже и не сомневаться... единственно что там конкуренты подметки на ходу срезают... не удивлюсь что скоро уже услышим о таком проекте... или даже еще что-нибудь покруче.
vtosha, 22.04.2012 16:27
Вряд ли кто-то кого-то станет бояться. Серьёзные конкуренты - это западные фирмы. Насколько я вижу их политику, они не гневятся на новые эффективные машины и технологии, а стараются их закупить, чтобы самим производить (Иллюмина и Солекса, Иллюмина и Некстеровская система пробоподготовки, Лайф текнолоджис и Ион Торрент, Рош и Иллюмина). На покупки для помещения патента под стекло, вроде, со стороны NGS никто пока не жаловался. На кустарном уровне машину не заметят. А если дойдёт дело до рынка, то тут важно попасть в нужную экологическую нишу, когда интересы производителей различаются. CFX-96 и Rotor-Gene, вроде, нормально параллельно с АНК существуют. Любителей Терцика тоже пока ещё никто не отменял. Хеликоновские форезные камеры вместе с Биорадовскими продаются.
А, 24.04.2012 10:15
Подскажите пожалуйста, насколько Myseq и Ion Torrent пригодны для секвенирования de novo? или только для ресеквенирования?
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.