Полная версия страницы  English  

Технологии секвенирования следующего поколения.

Pages: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24
Guest, 11.04.2012 10:35
(mlog @ 11.04.2012 10:08)
Ссылка на исходное сообщение  Какие +30% + 30% - я вроде тут уже говорила - в три раза цены завышены!
Специально попросила двух коллег, работающих за рубежом, взять КП на торрент у себя там, потом сравнила с тем, что у нас предлагают - ровно в 3 раза.  mad.gif
Бороться с этим можно и нужно, только по-моему, самый верный способ - полный бойкот любой продукции Лифе Течнологиес.


если Протон-Ион стоит в германии 140 тонн евров без НДС - то в России он уже будет Хисеком2000 smile.gif
comp3v, 11.04.2012 11:54
(mlog @ 11.04.2012 11:08)
Ссылка на исходное сообщение  Какие +30% + 30% - я вроде тут уже говорила - в три раза цены завышены!
Специально попросила двух коллег, работающих за рубежом, взять КП на торрент у себя там, потом сравнила с тем, что у нас предлагают - ровно в 3 раза.  mad.gif
Бороться с этим можно и нужно, только по-моему, самый верный способ - полный бойкот любой продукции Life Technologies.
не знал, что всё настолько круто. А у Иллюмины меньше накрутки?
mlog, 11.04.2012 12:13
(comp3v @ 11.04.2012 12:54)
Ссылка на исходное сообщение  не знал, что всё настолько круто. А у Иллюмины меньше накрутки?

Я шо, я шо, я сама офигела! (с)
Меньше. Хотя итоговая цена получается больше у иллюмины - потому что исходная выше. Но это ещё хоть как-то понятно - они производители, разработчики... А на каком основании в 3 раза завышают люди, которые ничего, кроме перепродажи, не делают, мне лично непонятно.
genseq, 11.04.2012 18:07
Я офигел ещё больше, когда попытался разобраться в Ion PGM™ Torrent Server EL. rolleyes.gif

Оказывается, это вполне тривиальная графическая станция Dell Precision T3500, отличающаяся от базовой комплектации увеличенным количеством HDD (4 шт. по 2 Tb). Её примерная стоимость в местных лавочках составляет около 3 тыс.$, причём значительная часть цены платится за фирменную марку Dell. Отвёрточная сборка обойдётся дешевле. Правда, придётся повозиться с установкой бесплатного программного обеспечения, и эта возня может увеличить стоимость на 1...2 тыс. рублей.

В комплекте с PGM этот уже несколько устаревший настольный компьютер стоит 16,5 тыс.$ (в России - 16,5х3=49,5 тыс.$). Т.е. цена этого сервера для нас завышена в 15...20 раз. mad.gif

Не обидно быть лохами?


Файл/ы:

скачать файл Ion_PGM_Server.doc
размер: 36
кол-во скачиваний: 380



скачать файл Ion_Torrent_Server_EL.pdf
размер: 682.44
кол-во скачиваний: 2348


Guest, 12.04.2012 10:44
(genseq @ 11.04.2012 18:07)
Ссылка на исходное сообщение  Я офигел ещё больше, когда попытался разобраться в Ion PGM™ Torrent Server EL. rolleyes.gif

Оказывается, это вполне тривиальная графическая станция Dell Precision T3500, отличающаяся от базовой комплектации увеличенным количеством HDD (4 шт. по 2 Tb). Её примерная стоимость в местных лавочках составляет около 3 тыс.$, причём значительная часть цены платится за фирменную марку Dell. Отвёрточная сборка обойдётся дешевле. Правда, придётся повозиться с установкой бесплатного программного обеспечения, и эта возня может увеличить стоимость на 1...2 тыс. рублей.

В комплекте с PGM этот уже несколько устаревший настольный компьютер стоит 16,5 тыс.$ (в России - 16,5х3=49,5 тыс.$). Т.е. цена этого сервера для нас завышена в 15...20 раз. mad.gif

Не обидно быть лохами?

http://bowtie-bio.sourceforge.net/myrna/index.shtml
smile.gif
А, 13.04.2012 08:15
Уважаемые коллеги, помогите сделать выбор между MiSeq, Junior и Ion Torrent.
Основные технические характеристики (длины прочтения и т.д.) доступны. Анонсы об увеличении длины прочтений Ion Torrent до 400, а Junior до 1000 слышал уже давно.

Однако по некоторым слухам всё даже не так, как декларируется: анонсы никто не выполняет, а технические характеристики не у всех выдерживаются.
Ion Torrent, например, якобы не выдаёт производительности, которая соответствует его техническим характеристикам (фактическая что-то чуть ли не в 10 раз меньше), количество ошибок зашкаливает, а сборка de novo чего-то существенного невозможна. А от заявленных анонсах о чипах и бесконечном апгрейте отказываются.

Хотелось бы получить информацию от тех, кто уже использует такие приборы или знает о результатах их использования: как там всё на самом деле то?
Guest, 13.04.2012 08:27
(А @ 13.04.2012 08:15)
Ссылка на исходное сообщение  Уважаемые коллеги, помогите сделать выбор между МиСея, Юниор и Ион Торрент.
Основные технические характеристики (длины прочтения и т.д.) доступны. Анонсы  об увеличении длины прочтений Ион Торрент до 400, а Юниор до 1000 слышал уже давно.

Однако по некоторым слухам всё даже не так, как декларируется: анонсы никто не выполняет, а технические характеристики не у всех выдерживаются.
Ион Торрент, например, якобы не выдаёт производительности, которая соответствует его техническим характеристикам (фактическая что-то чуть ли не в 10 раз меньше), количество ошибок зашкаливает, а сборка де ново чего-то существенного невозможна. А от заявленных анонсах о чипах и бесконечном апгрейте  отказываются.

Хотелось бы получить информацию от тех, кто уже использует такие приборы или знает о результатах их использования: как там всё на самом деле то?


я пока на МисеКа деньги откладую smile.gif
ну его нафик "емулшн ПЦР"
Guest, 13.04.2012 08:29
(А @ 13.04.2012 08:15)
Ссылка на исходное сообщение  Уважаемые коллеги, помогите сделать выбор между МиСея, Юниор и Ион Торрент.
Основные технические характеристики (длины прочтения и т.д.) доступны. Анонсы  об увеличении длины прочтений Ион Торрент до 400, а Юниор до 1000 слышал уже давно.

Однако по некоторым слухам всё даже не так, как декларируется: анонсы никто не выполняет, а технические характеристики не у всех выдерживаются.
Ион Торрент, например, якобы не выдаёт производительности, которая соответствует его техническим характеристикам (фактическая что-то чуть ли не в 10 раз меньше), количество ошибок зашкаливает, а сборка де ново чего-то существенного невозможна. А от заявленных анонсах о чипах и бесконечном апгрейте  отказываются.

Хотелось бы получить информацию от тех, кто уже использует такие приборы или знает о результатах их использования: как там всё на самом деле то?


если МисеК дает 15 лимонов одноконцевых ридов и 30 парных - то для 90% задач - сойдет
А, 13.04.2012 08:35
(Guest @ 13.04.2012 06:29)
Ссылка на исходное сообщение  если МисеК дает 15 лимонов одноконцевых ридов и 30 парных - то для 90% задач - сойдет

я тоже о нём подумываю... но длина прочтений всё-таки не велика.
А про Ion Torrent, к которому чип для прочтении в 400 пн обещали в этом году и который анонсировали как нечто новое, высокоточное и бесконечно развивающееся, слышал что всё уже не так...
Интересно, есть где-то положительные отзывы о работе на нём и у кого он установлен?
Guest, 13.04.2012 08:37
(А @ 13.04.2012 08:35)
Ссылка на исходное сообщение  я тоже о нём подумываю... но длина прочтений всё-таки не велика.
А про Ион Торрент, к которому чип для прочтении в 400 пн обещали в этом году и  который анонсировали как нечто новое, высокоточное и бесконечно развивающееся, слышал что всё уже не так...
Интересно, есть где-то положительные отзывы о работе на нёми у кого он установлен?


я длиннее 50 бп не гоняю smile.gif
Guest, 13.04.2012 17:48
(А @ 13.04.2012 08:35)
Ссылка на исходное сообщение  я тоже о нём подумываю... но длина прочтений всё-таки не велика.
А про Ион Торрент, к которому чип для прочтении в 400 пн обещали в этом году и  который анонсировали как нечто новое, высокоточное и бесконечно развивающееся, слышал что всё уже не так...
Интересно, есть где-то положительные отзывы о работе на нём и у кого он установлен?


на Мисеке вроде два по 250 бп , что длиннее и Юниора и торрента
vtosha, 13.04.2012 21:25
Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.
Guest, 14.04.2012 00:37
(vtosha @ 13.04.2012 21:25)
Ссылка на исходное сообщение  Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.

ну купите себе терцик smile.gif
-Ъ-, 16.04.2012 16:30
(Guest @ 13.04.2012 09:27)
Ссылка на исходное сообщение  я пока на МисеКа деньги откладую smile.gif
ну его нафик "емулшн ПЦР"

Ты ж хотел Пртон прикупить confused.gif

А я ничего не буду покупать, экономить буду. smile.gif
Пока не увижу, что на 80-90% смогу зменить расходку на лучшего качества, но umnik.gif собственного изготовления - не могу смотреть сколько денег уходит в никуда с нулевой отдачей! mad.gif
"Учоние развлекаются"© yes.gif
mlog, 16.04.2012 19:20
(-Ъ- @ 16.04.2012 17:30)
Ссылка на исходное сообщение  
Пока не увижу, что на 80-90% смогу зменить расходку на лучшего качества, но umnik.gif собственного изготовления

то есть никогда smile.gif
genseq, 16.04.2012 19:56
(mlog @ 16.04.2012 17:20)
Ссылка на исходное сообщение  то есть никогда smile.gif


то есть через год. Сделать свою расходку вполне реально. Наверное, опишу это в пятой главе. Пока застрял на второй.
vtosha, 16.04.2012 21:25
А для Иллюмины????
genseq, 17.04.2012 07:08
(vtosha @ 16.04.2012 19:25)
Ссылка на исходное сообщение  А для Иллюмины????


А для Иллюмины один начинающий биолог (но опытный програмист) уже купил шаговый моторчик и электронные компоненты для его подключения к компьютеру. На него нужно будет насадить селекторный клапан (чертежи переданы в производство), подключить к стоку секвенатора и наладить разделение вытекающих из него отходов на фракции. Правда, потребуется ещё управляющий клапаном проточный детектор и программное обеспечение, так что придётся повозиться. Зато потом самую дорогую фракцию - флуоресцентно меченые dNTP - сможете использовать повторно. Если не для секвенирования геномов, то для коротких ридов, пригодных для диагностики ЗППП и прочей гадости wink.gif.
Guest, 17.04.2012 09:40
Самая дорогая фракция - ячейка smile.gif все остальное не лимитирует
vtosha, 17.04.2012 09:44
Это, конечно, хорошо для экологической составляющей производства. Но, по правде сказать, лучше бы свои дешёвые реагенты...
Отщепляющую смесь по-любому нельзя в повторное пользование, да и сканирующую тоже - мало ли чем засорится.
Основной реактив секвенирования собирается из трёх частей: из буфера, нуклеотидов и полимеразы. Смешанный реагент по-любому долго не живёт (ну, дня три продержится, а потом полимераза дохнет и интенсивность всё равно падает, на серьёзных прогонах никто рисковать не будет). Можно, конечно, сэкономить, смешивая в меньших количествах, растянем кит в два-три раза. Хотя... на трёх китах прогнать 300 нуклеотидов... Заманчиво, конечно. На трёх китах, говорят, земля держится, может, и пригодится. Но широкого спроса не гарантируюsmile.gif, разве что небольшие кустарные производства. Диагностику вряд ли кто даст на самопальных механизмах делать.
EGen, 17.04.2012 11:01
(genseq @ 17.04.2012 07:08)
 А для Иллюмины один начинающий биолог (но опытный програмист) уже купил шаговый моторчик и электронные компоненты для его подключения к компьютеру. На него нужно будет насадить селекторный клапан (чертежи переданы в производство), подключить к стоку секвенатора и наладить разделение вытекающих из него отходов на фракции. Правда, потребуется ещё управляющий клапаном проточный детектор и программное обеспечение, так что придётся повозиться. Зато потом самую дорогую фракцию - флуоресцентно меченые dNTP - сможете использовать повторно. Если не для секвенирования геномов, то для коротких ридов, пригодных для диагностики ЗППП и прочей гадости wink.gif.


Вобщето я не для Иллюмины покупал - а для Clone Torrenta, не совсем понял чем он иллюмине может пригодиться. После Torrenta можно и иллюминой заняться, бы были флуоресцентно меченые dNTP smile.gif
vtosha, 17.04.2012 11:25
Ну и хорошо. Для Иллюмины вряд ли это будет энергетически оправдано на данном этапе развития прибора.
mlog, 17.04.2012 15:10
(vtosha @ 16.04.2012 22:25)
Ссылка на исходное сообщение  А для Иллюмины????

А для Иллюмины можно было бы сделать наборы для пробоподготовки как минимум. Их и так делают все кому не лень. Но нет, "у русских собственная гордость" mad.gif
-Ъ-, 17.04.2012 15:59
(mlog @ 17.04.2012 16:10)
Ссылка на исходное сообщение  А для Иллюмины можно было бы сделать наборы для пробоподготовки как минимум. Их и так делают все кому не лень. Но нет, "у русских собственная гордость"  mad.gif

Тааак, эты Вы на что намекаете? confused.gif
genseq, 17.04.2012 16:19
(mlog @ 17.04.2012 13:10)
Ссылка на исходное сообщение  А для Иллюмины можно было бы сделать наборы для пробоподготовки как минимум. Их и так делают все кому не лень. Но нет, "у русских собственная гордость"  mad.gif


(-Ъ- @ 17.04.2012 13:59)
Ссылка на исходное сообщение  Тааак, эты Вы на что намекаете? confused.gif


Не пора ли вам познакомиться? wink.gif Повод, похоже, имеется. shuffle.gif
mlog, 17.04.2012 16:44
(-Ъ- @ 17.04.2012 16:59)
Ссылка на исходное сообщение  Тааак, эты Вы на что намекаете? confused.gif

Да я не намекаю, я вполне открыто говорю - российские аналоги наборов типа таких: http://www.kapabiosystems.com/products/nam...reparation-kits
очень бы пригодились. Но почему-то интерес к их разработке проявляют в основном за пределами этого форума, а здесь всё больше обсуждают сиквенсные реагенты.
Мне страшно себе представить человека, который использует б/ушные или самопальные dNTP с новой фирменной ячейкой (а уж её-то повторно использовать или самим сделать точно не получится) - очень беззаботный и/или безответственный должен быть товарищ...
-Ъ-, 17.04.2012 18:12
(mlog @ 17.04.2012 17:44)
Ссылка на исходное сообщение  Да я не намекаю, я вполне открыто говорю - российские аналоги наборов типа таких: http://www.kapabiosystems.com/products/nam...reparation-kits
очень бы пригодились. Но почему-то интерес к их разработке проявляют в основном за пределами этого форума, а здесь всё больше обсуждают сиквенсные реагенты.
Мне страшно себе представить человека, который использует б/ушные или самопальные dNTP с новой фирменной ячейкой (а уж её-то повторно использовать или самим сделать точно не получится) - очень беззаботный и/или безответственный должен быть товарищ...

В том то и дело что этот метод получения библиотеки для полногенмного секвенирования - полный отстой, сборная солянка кучи последовательных реакций, на чем можно легко проколоться... Практически, получение библиотеки для КЛОНИРОВАНИЯ по Маниатису.... eek.gif
Есть другая альтернатива - через DOP-PCR c пришитыми линкерами...Конкретику - когда буду этим заниматься непосредственно. Но в свое время перепробовал много протоколов для полногеномной АМПЛИФИКАЦИИ для ... всего, в частности, для СТР анализа. Сейчас не делаю - никому не нужно.
А компоненты для секвенирующей реакции не обязательно на самих ячейках испытывать - существуют другие, "практически беплатные" контрольные реакции... Кстати, суперчистые трифосфаты (не меченые) я уже купил. Бум испытывать после майских пьянок. Вообщем, не так страшен черт... smile.gif Дайте мне рычаг... tongue.gif

А наивный Генсек решил, что мы с Машей не знакомы. Как ты мог такое пропустить! lol.gif Но, однако, ты обещал познакомить меня с vtosha. wink.gif
mlog, 17.04.2012 18:16
(-Ъ- @ 17.04.2012 19:12)
Ссылка на исходное сообщение  В том то и дело что этот метод получения библиотеки для полногенмного секвенирования - полный отстой, сборная солянка кучи последовательных реакций, на чем можно легко проколоться... Практически, получение библиотеки для КЛОНИРОВАНИЯ по Маниатису.... eek.gif

Да ладно! Это очень простая, надёжная и интуитивно понятная последовательность действий! И это при том, что я не молекулярщик ни разу...

А почему Вы с vtosha не знакомы? Работаете же совсем рядом.
genseq, 17.04.2012 18:55
(mlog @ 17.04.2012 14:44)
Ссылка на исходное сообщение Мне страшно себе представить человека, который использует б/ушные или самопальные dNTP с новой фирменной ячейкой (а уж её-то повторно использовать или самим сделать точно не получится) - очень беззаботный и/или безответственный должен быть товарищ...


Спасибо за комплименты. И не бойтесь ячеек. Сделать такие же не слишком сложно. Правда, от HiSeq я их не видел, а вот от от GA IIx изучал всерьёз. Даже пилил и фотографировал срезы под микроскопом. И с технологиями сварки стёкол разбирался. Ничего особо сложного там нет. Да и новые ячейки делать ни к чему. Лучше регенерировать старые - промывать пираньей, активировать поверхность АПТЭСом и заново пришивать праймеры. Просто это никому не нужно. Если будете спорить и утверждать, что это нужно, то прежде чем спорить определите, насколько Вам это нужно (на какую сумму?). confused.gif

Кстати, о ячейках. У секвенатора Mini-20 их будет 20 штук, причём регенерируемых:
http://www.azcobiotech.com/instruments/mini20.php
Each reusable flow cell is designed to hold a single, isolated sample so there is no need for batching or barcoding, thus eliminating the chance for sample contamination!


Файл/ы:

скачать файл MINI_20_Sequencer_Brochure_032612.pdf
размер: 2.02
кол-во скачиваний: 793


vtosha, 17.04.2012 19:18
ъ, если рядом работаем, может, мы уже знакомы, просто об этом не знаем? Мало ли, скажем, столовая в математическом центре...

Ну на новой фирменной ячейке не рискнула бы. А вот старые фирменные давно просроченные ячейки у нас вполне есть. Что характерно, работают, проверили месяц назад, только ПО к ним нужно ихнее, старое тоже. И у курчатника, чует моё сердце, таких хватает.

Наборы для пробоподготовки - это да, это не повредило бы, хотя... если они не будут стоит дешевле НЕБовских, то зачем бы они нужны? НЕБ на 50 образцов - около 60 тысяч без адаптеров. Если российский будет столько же стоить, будет ли он конкурентно способен? Там всё-таки полтора десятка пробирок наберётся. Если с адаптерами будет, то однозначно станет конкурентно способен.

Кстати, в секвенирующих китах, между прочим, только нальгеновские баночки стоят по 7 тысяч рублей на человека. Четыре баночки - тридцать тысяч. Из примерно 90 тысяч современной российской стоимости кита.
mlog, 17.04.2012 19:40
(vtosha @ 17.04.2012 20:18)
Ссылка на исходное сообщение 
Наборы для пробоподготовки - это да, это не повредило бы, хотя... если они не будут стоит дешевле НЕБовских, то зачем бы они нужны? НЕБ на 50 образцов - около 60 тысяч без адаптеров. Если российский будет столько же стоить, будет ли он конкурентно способен? Там всё-таки полтора десятка пробирок наберётся. Если с адаптерами будет, то однозначно станет конкурентно способен.

C адаптерами, естественно, иначе какой смысл. А конкурентно способен будет как минимум из-за сроков. Сколько тот NEB к нам везут? Месяца три mad.gif

Кстати, в секвенирующих китах, между прочим, только нальгеновские баночки стоят по 7 тысяч рублей на человека. Четыре баночки - тридцать тысяч. Из примерно 90 тысяч современной российской стоимости кита.

Это что ещё за баночки? confused.gif
mindstate, 18.04.2012 00:08
(Guest @ 04.04.2012 17:03)
Ссылка на исходное сообщение  там из этих 5 млн можно 60% на зарплату smile.gif так что хорошо бы хоть один smile.gif


там из этих 5 млн минимум 60% улетает на накладные расходы smile.gif в лице админаппарата универов, которые будут задействованы в этом проекте. smile.gif такова бухгалтерия любых научных проектов в академнауке Штатов, да и не только их. это к разговору о величине гранта у Стивена О'Брайена. так что реальные размеры грантов - вполне вменяемые.
Guest, 18.04.2012 12:24
(vtosha @ 13.04.2012 21:25)
Ссылка на исходное сообщение  Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.


http://www.illumina.com/Documents/products...seq_nextera.pdf
Guest, 18.04.2012 12:31
(vtosha @ 13.04.2012 21:25)
Ссылка на исходное сообщение  Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.

http://www.illumina.com/systems/miseq/feat...esearchers.ilmn
Guest, 18.04.2012 12:34
(mindstate @ 18.04.2012 00:08)
Ссылка на исходное сообщение  там из этих 5 млн минимум 60% улетает на накладные расходы smile.gif в лице админаппарата универов, которые будут задействованы в этом проекте. smile.gif такова бухгалтерия любых научных проектов в академнауке Штатов, да и не только их. это к разговору о величине гранта у Стивена О'Брайена. так что реальные размеры грантов - вполне вменяемые.



Кому-то накладные доходы, а кому-то отрабатывать грант. smile.gif
Guest, 18.04.2012 13:27
(-Ъ- @ 17.04.2012 18:12)
Ссылка на исходное сообщение  В том то и дело что этот метод получения библиотеки для полногенмного секвенирования - полный отстой, сборная солянка кучи последовательных реакций, на чем можно легко проколоться... Практически, получение библиотеки для КЛОНИРОВАНИЯ по Маниатису.... eek.gif
Есть другая альтернатива - через DOP-PCR c пришитыми линкерами...Конкретику - когда буду этим заниматься непосредственно. Но в свое время перепробовал много протоколов для полногеномной АМПЛИФИКАЦИИ для  ... всего, в частности, для СТР анализа. Сейчас не делаю - никому не нужно.
А компоненты для секвенирующей реакции не обязательно на самих ячейках испытывать - существуют другие, "практически беплатные" контрольные реакции... Кстати, суперчистые трифосфаты (не меченые) я уже купил. Бум испытывать после майских пьянок. Вообщем, не так страшен черт... smile.gif  Дайте мне рычаг... tongue.gif

А наивный Генсек решил, что мы с Машей не знакомы. Как ты мог такое  пропустить! lol.gif Но, однако, ты обещал познакомить меня с vtosha. wink.gif


http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2010-11-12-r119.pdf

smile.gif
vtosha, 18.04.2012 13:41
А, всё забываю, что у вас фасовки другие. Баночки, в которых буфера. Мы как-то думали, чтобы их закупить (типа, чтобы промывать каждый раз в свежих), но потом узнали цену и призадумались.
-Ъ-, 19.04.2012 10:16
(Guest @ 18.04.2012 14:27)

Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов... cool.gif
-Ъ-, 19.04.2012 10:21
(vtosha @ 18.04.2012 14:41)
Ссылка на исходное сообщение  А, всё забываю, что у вас фасовки другие. Баночки, в которых буфера. Мы как-то думали, чтобы их закупить (типа, чтобы промывать каждый раз в свежих), но потом узнали цену и призадумались.

Речь о пустых поликарбонатных налгеновских баночках? confused.gif
Чем же силиконизированный полипропилен хуже?
NKjulanoff, 19.04.2012 17:29
Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.
Guest, 20.04.2012 14:50
(-Ъ- @ 19.04.2012 10:16)
Ссылка на исходное сообщение  Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов... cool.gif


все новое - хорошо забытое старое smile.gif
"транспозанию" - 1000 лет и 3 года smile.gif
Guest, 20.04.2012 15:07
(-Ъ- @ 19.04.2012 10:16)
Ссылка на исходное сообщение  Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов... cool.gif


вообсчето - это метод Горышина из ЛИЯФ smile.gif
http://www.jbc.org/content/273/13/7367.full.pdf+html
Guest, 20.04.2012 15:17
(-Ъ- @ 19.04.2012 10:16)
Ссылка на исходное сообщение  Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов... cool.gif

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...s01145-0085.pdf
smile.gif
genseq, 20.04.2012 15:29
(Guest @ 20.04.2012 13:07)
Ссылка на исходное сообщение  вообсчето - это метод Горышина из ЛИЯФ smile.gif
http://www.jbc.org/content/273/13/7367.full.pdf+html


Вообще-то он его уже давно продал Эпицентру, который купила Иллюмина, и сейчас на них же и вкалывает:
Transposase mediated construction of RNA-seq libraries.


Файл/ы:

скачать файл Transposase_mediated_construction_of_RNA_seq_libraries.pdf
размер: 1.17
кол-во скачиваний: 490


Guest, 20.04.2012 15:40
(genseq @ 20.04.2012 15:29)
Ссылка на исходное сообщение  Вообще-то он его уже давно продал Эпицентру, который купила Иллюмина, и сейчас на них же и вкалывает:
Транспосасе медиатед цонструцтион оф РНА-сея либрариес.


дк делай EZ-Tn5 транспозазу - намного проще агарозных гелей smile.gif
genseq, 20.04.2012 17:22
(Guest @ 20.04.2012 13:40)
Ссылка на исходное сообщение  дк делай  EZ-Tn5  транспозазу - намного проще агарозных гелей smile.gif


Нужно подумать. Похоже, это патентами не защищено.
молекула, 22.04.2012 15:24
(genseq @ 22.04.2012 10:59)
Ссылка на исходное сообщение  Намного расширил описание проекта "Sequencing for all":


genseq, а не боитесь, что выпустив на рынок такой дешевый секвенатор, вы навлечете на себя гнев конкурентов? smile.gif За ними такие капиталы стоят, а тут понимаешь, помеха в виде русского Кулибина.
papa Karlo, 22.04.2012 16:19
О, Генсек, правильным курсом идете .... Вот видите же, я плохих советов не даю....Стратегический консалтинг - это посильнее фауста гете :-))

Единственно что вам с этим проектом в Штаты надо ехать, там бы уже деньги бы собирали на кикстартере как осенние листья... И ведь собрали бы бы... там публика благодарная и изобретателей ценит.. можно даже и не сомневаться... единственно что там конкуренты подметки на ходу срезают... не удивлюсь что скоро уже услышим о таком проекте... или даже еще что-нибудь покруче.
vtosha, 22.04.2012 16:27
Вряд ли кто-то кого-то станет бояться.
Серьёзные конкуренты - это западные фирмы. Насколько я вижу их политику, они не гневятся на новые эффективные машины и технологии, а стараются их закупить, чтобы самим производить (Иллюмина и Солекса, Иллюмина и Некстеровская система пробоподготовки, Лайф текнолоджис и Ион Торрент, Рош и Иллюмина). На покупки для помещения патента под стекло, вроде, со стороны NGS никто пока не жаловался.
На кустарном уровне машину не заметят. А если дойдёт дело до рынка, то тут важно попасть в нужную экологическую нишу, когда интересы производителей различаются.
CFX-96 и Rotor-Gene, вроде, нормально параллельно с АНК существуют. Любителей Терцика тоже пока ещё никто не отменял. Хеликоновские форезные камеры вместе с Биорадовскими продаются.
А, 24.04.2012 10:15
Подскажите пожалуйста, насколько Myseq и Ion Torrent пригодны для секвенирования de novo?
или только для ресеквенирования?
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.