Первая серия ссылок касалась падения на 6...7% стоимости акций компаний, конкурирующих на рынке приборов и услуг NGS, и о небольшом сокращении персонала в Вашингтонском геномном центре. Основные причины - урезание бюджета NHI, выделяемого на научные разработки, а также сезонные колебания затрат на НИР в III квартале (период отпусков). Последняя ссылка - на российскую компанию "Мой Ген" (Геноаналитика), пытающуюся "обувать" лохов при помощи гибридизационных ДНК-чипов на 5 тысяч SNP (Illumina) и типирования их "Здоровья" и "Происхождения".
Из всего этого делается вывод о том, что в России слишком много секвенаторов.
Правильно ли я Вас понял?
Guest, 11.10.2011 17:11
(genseq @ 11.10.2011 16:57)
Попытаюсь угадать ход Ваших мыслей.
Первая серия ссылок касалась падения на 6...7% стоимости акций компаний, конкурирующих на рынке приборов и услуг НГС, и о небольшом сокращении персонала в Вашингтонском геномном центре. Основные причины - урезание бюджета НХИ, выделяемого на научные разработки, а также сезонные колебания затрат на НИР в ИИИ квартале (период отпусков). Последняя ссылка - на российскую компанию "Мой Ген" (Геноаналитика), пытающуюся "обувать" лохов при помощи гибридизационных ДНК-чипов на 5 тысяч СНП (Иллумина) и типирования их "Здоровья" и "Происхождения".
Из всего этого делается вывод о том, что в России слишком много секвенаторов.
Правильно ли я Вас понял?
1. ну не 6-7 % , а в этом году 40-80 %
2. дешевых халявных госденег на "геномы русских" не будет - поетому это "не сезон отпусков"
3. ГенноАналитика вроде имеет : Ион Торрент , СОЛИД4 и ГА2Х и позиционирует себя , как "провайдер НГС сервисов" - но "ценники за услуги" не лезут ни в какие ворота
Итого - в России приборов много , но нафиг они кому нужны за такие деньги ?
-Ъ-, 11.10.2011 18:07
(Guest @ 11.10.2011 18:11)
1. ну не 6-7 % , а в этом году 40-80 %
2. дешевых халявных госденег на "геномы русских" не будет - поетому это "не сезон отпусков"
3. ГенноАналитика вроде имеет : Ион Торрент , СОЛИД4 и ГА2Х и позиционирует себя , как "провайдер НГС сервисов" - но "ценники за услуги" не лезут ни в какие ворота
Итого - в России приборов много , но нафиг они кому нужны за такие деньги ?
Ход мыслей, конечно, интересный... Если существует и процветает (а может и нет ) Геноаналитика - значит ЭТО кому-то нужно!? Я не про звезды, которые на небе...
genseq, 12.10.2011 09:14
(Guest @ 11.10.2011 15:11)
1. ну не 6-7 % , а в этом году 40-80 %
Виноват. Был не прав. -6...7% - это "температура в среднем по больнице". За сентябрь стоимость акций упала весьма ощутимо: Pacific Biosciences - -54,66%; Complete Genomics - -35,21%; Illumina - -21,46%; Life Technologies - -8,5%. Caliper - +39,23%.
Обвал стоимости акций у PacBio (PACB) и у Complete Genomics (NASDAQ:GNOM) был вполне предсказуем, причём предсказывался ещё 4 года назад. Удивляет только, что они продержались так долго. Возможно, эта паника отразилась и на "ближайших соседях", хотя свой вклад внесло и снижение финансирования NIH (~1%), и сезонный фактор. Но не стоит преувеличивать влияние нестабильности финансового рынка на развитие NGS. Объём рынка секвенирования ещё 2...3 года будет медленно но верно расти (на 20...30% в год), а после перехода NGS с академических задач на решение прикладных проблем (Clinical NGS) может резко увеличиться (в 10...100 раз).
Попытался разобраться с ДНКазной фрагментацией. Похоже, "фрагментаза". используемая для пробоподготовки у PGM - это NEBNext® dsDNA Fragmentase™: http://www.neb.com/nebecomm/products/productM0348.asp Является смесью рекомбинантных ДНКаз из Vibrio vulnificus и фага T7. Расход на пробу - ~2$
Что касается dsDNA Shearase™, предлагаемой компанией Zymo Research, то по всем параметрам она напоминает ДНКазу Serratia marcescens, известную также как "Benzonase". Расход на пробу копеечный.
В старину валялся у меня в холодильнике пузырёк ДНКазы Sma отечественного производства. Интересно, сейчас её у нас чистят, или и это захирело?
Guest, 19.10.2011 11:18
(genseq @ 17.10.2011 09:00)
Попытался разобраться с ДНКазной фрагментацией. Похоже, "фрагментаза". используемая для пробоподготовки у ПГМ - это НЕБНехт® дсДНА Фрагментасе™: хттп://щщщ.неб.цом/небецомм/продуцтс/продуцтМ0348.асп Является смесью рекомбинантных ДНКаз из Вибрио вулнифицус и фага Т7. Расход на пробу - ~2$
Что касается дсДНА Шеарасе™, предлагаемой компанией Зымо Ресеарч, то по всем параметрам она напоминает ДНКазу Серратиа марцесценс, известную также как "Бензонасе". Расход на пробу копеечный.
В старину валялся у меня в холодильнике пузырёк ДНКазы Сма отечественного производства. Интересно, сейчас её у нас чистят, или и это захирело?
обычный ултразвук "horn cup" в еппендорфаг за 10 минут все делает прекрасно
Но после ультразвука часть 3'-концов будет фосфорилирована. Как с ними посоветуете бороться? Добавить предварительную фосфатазную обработку с инактивацией фермента перед затуплением концов? А нельзя ли попроще?
Виноват. Проглядел. Не знал, что полинуклеотидкиназа обладает 3'-фосфатазной активностью. Век живи - век учись!
"Мойки", действительно, дороговаты . ДНКазная фрагментация, не требующая затупления, явно лучше . Но лично мне больше нравится ПЦР-фрагментация. Для неё вообще почти ничего не нужно, да ещё и адапторы сразу пристыковываются.
Guest, 24.10.2011 19:11
(genseq @ 24.10.2011 18:57)
Виноват. Проглядел. Не знал, что полинуклеотидкиназа обладает 3ь-фосфатазной активностью. Век живи - век учись!
"Мойки", действительно, дороговаты . ДНКазная фрагментация, не требующая затупления, явно лучше . Но лично мне больше нравится ПЦР-фрагментация. Для неё вообще почти ничего не нужно, да ещё и адапторы сразу пристыковываются.
мне для хроматиновых Чип-Секов только ультразвук подходит
genseq, 24.10.2011 20:24
(Guest @ 24.10.2011 17:11)
мне для хроматиновых Чип-Секов только ультразвук подходит
А чем ДНКазы хуже?
comp3v, 25.10.2011 00:26
а что такое ПЦР-фрагментация?
Guest, 25.10.2011 07:28
(genseq @ 24.10.2011 20:24)
А чем ДНКазы хуже?
днказы в закрытый хроматин не лезут , "ДНКз1 гиперсенситиве сайтс" мне картировать не нужно трансфаки ДНКазы могут "отфутпринтить" до фрагментов 10-15 бп - ну и как сиквинировать 10 бп вставки ?
genseq, 25.10.2011 08:55
(comp3v @ 24.10.2011 22:26)
а что такое ПЦР-фрагментация?
PCR-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.
-Ъ-, 25.10.2011 09:24
(Guest @ 25.10.2011 08:28)
днказы в закрытый хроматин не лезут , "ДНКз1 гиперсенситиве сайтс" мне картировать не нужно трансфаки ДНКазы могут "отфутпринтить" до фрагментов 10-15 бп - ну и как сиквинировать 10 бп вставки ?
Я об этом предупреждал...
Guest, 25.10.2011 09:26
(genseq @ 24.10.2011 18:57)
Виноват. Проглядел. Не знал, что полинуклеотидкиназа обладает 3ь-фосфатазной активностью. Век живи - век учись!
"Мойки", действительно, дороговаты . ДНКазная фрагментация, не требующая затупления, явно лучше . Но лично мне больше нравится ПЦР-фрагментация. Для неё вообще почти ничего не нужно, да ещё и адапторы сразу пристыковываются.
генсек - твой бзик по "ускорению -удешевлению" производства НГС библиотек - не имеет смысла даунстриим "биоинформатик боттлнек" - угробит все твои "наноболы" и Ионы Торренты
-Ъ-, 25.10.2011 09:44
(genseq @ 25.10.2011 09:55)
PCR-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.
По Железной - очень громоздко и нерационально. Был еще в те годы и DOP-PCR (термин можно использовать в поиске). Примерная схема, как я планирую: 1. ПЦР, двухстадийная, 2. рестрикция очень крупно (редко), 3. очистка продукта, 4. лигирование, 5. RCA. 1 раб. день. Если даже два - не принципиально... Готовые ДНК наноболы для желающих "поиграть в новую игру".
Но любителям экстрима (модификация ДНК формальдегидом и прочей годостью) - не пойдет сходу, надо помучиться, как положено.
Guest, 25.10.2011 09:49
(-Ъ- @ 25.10.2011 09:44)
По Железной - очень громоздко и нерационально. Был еще в те годы и ДОП-ПЦР (термин можно использовать в поиске). Примерная схема, как я планирую: 1. ПЦР, двухстадийная, 2. рестрикция очень крупно (редко), 3. очистка продукта, 4. лигирование, 5. РЦА. 1 раб. день. Если даже два - не принципиально... Готовые ДНК наноболы для желающих "поиграть в новую игру".
Но любителям экстрима (модификация ДНК формальдегидом и прочей годостью) - не пойдет сходу, надо помучиться, как положено.
за 10 минут 1% формалин сильно не гадит и классическая "Лигейшн Медиейтед ПЦР" прекрасно делает Иллуниновские библиотеки
Guest, 25.10.2011 09:55
(-Ъ- @ 25.10.2011 09:44)
По Железной - очень громоздко и нерационально. Был еще в те годы и ДОП-ПЦР (термин можно использовать в поиске). Примерная схема, как я планирую: 1. ПЦР, двухстадийная, 2. рестрикция очень крупно (редко), 3. очистка продукта, 4. лигирование, 5. РЦА. 1 раб. день. Если даже два - не принципиально... Готовые ДНК наноболы для желающих "поиграть в новую игру".
Но любителям экстрима (модификация ДНК формальдегидом и прочей годостью) - не пойдет сходу, надо помучиться, как положено.
Геном Неандерталца однако отсиквинировали - а ето тебе не формалин
-Ъ-, 25.10.2011 09:56
(Guest @ 25.10.2011 10:49)
за 10 минут 1% формалин сильно не гадит и классическая "Лигейшн Медиейтед ПЦР" прекрасно делает Иллуниновские библиотеки
Ну тогда тебя тоже берем в команду "наноболистов" !.
Надо будет почитать на досуге как иллюминаты свои библиотеки делают, но уже в деталях.
-Ъ-, 25.10.2011 10:11
(Guest @ 25.10.2011 10:55)
Геном Неандерталца однако отсиквинировали - а ето тебе не формалин
Но мой взгляд там матрица попроще, "модифицирована" ДНК-азами и кислородом.. Кусочки нормальной ДНК, но оооочень короткой...
Guest, 25.10.2011 10:50
(-Ъ- @ 25.10.2011 09:56)
Ну тогда тебя тоже берем в команду "наноболистов" !.
Надо будет почитать на досуге как иллюминаты свои библиотеки делают, но уже в деталях.
делают по Булату и Велшу - два длинных арбитрари праймера 60нт А и Б ПЦРят только фрагменты с разными концами : ) одинаковые хвосты А-А , Б-Б "спрессируются" по Еврогену и Ко
Guest, 25.10.2011 10:59
(-Ъ- @ 25.10.2011 09:56)
Ну тогда тебя тоже берем в команду "наноболистов" !.
Надо будет почитать на досуге как иллюминаты свои библиотеки делают, но уже в деталях.
chemu zavidovat' - tomu, chto rebyata iz helikona ne otlichayut chteniya ot nukleotidov?
Guest, 26.10.2011 13:03
(genseq @ 25.10.2011 08:55)
ПЦР-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.
Генсек - из вот этой Российсской штуки за полдня производится американский Биораптер ценой 20000 евров переверни его вверх ногами и насади стаканчик подключаемый к 4 градуса циркулируюйщей водяной помпе
получиш суперприбор для создания библиотек для NGS
Различий практически нет. Просто из протокола Illumina выброшен один ненужный этап, для чего пришлось немного изменить праймеры.
Читал протоколы пробоподготовки SOLID. Поражают изобилием ненужных манипуляций. То же самое наблюдается и у Illumina. Клиенты терпят, поскольку боятся экспериментировать. Очень уж дорого стоят стандартные киты. А если кто-то и отваживается что-нибудь слегка модифицировать, то это выдают за принципиально новый подход, да ещё и патентуют. Дурдом!
genseq, 29.10.2011 14:52
(Guest @ 22.09.2011 12:18)
"Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Gb." (ц) генсек - Ссылку на сцену , чтоб языком не трепал
Вы были правы. Приношу свои извинения за ошибочную информацию. Производительность HiSeq 2000 весной должна была возрасти до 600 Gb. Правда, с выпуском новых наборов, если не ошибаюсь, была какая-то заминка. Впрочем ошибаюсь я всё чаще и чаще. Сосуды головного мозга прочищает водка, а столько, сколько нужно, мне уже не выпить.
Вы были правы. Приношу свои извинения за ошибочную информацию. Производительность HiSeq 2000 весной должна была возрасти до 600 Gb. Правда, с выпуском новых наборов, если не ошибаюсь, была какая-то заминка. Впрочем ошибаюсь я всё чаще и чаще. Сосуды головного мозга прочищает водка, а столько, сколько нужно, мне уже не выпить.
Ну вот тут в соседней комнате 510 ГБ получили А уж какие у них версии реагентов я не знаю Надо спросить
downshifter, 31.10.2011 21:42
(bee1 @ 31.10.2011 22:27)
на таких оверлодах программы Чип-сек и РНК-Сек не работают - передай соседям биоинхфарматики всех стран ты хоть раз пробовал 500 гб сунуть хоть в одну программку Миши Гелфанада ?
ну очень содержательный комментарий! мне неясны только три вопроса: 1) при чём тут рна-сек и чип-сек? 2) при чём тут Гельфанд? 3) при чём тут я? я так, мимо проходил....
Вы знаете ... я бы вам посоветовал не гонятся за людьми у которых денег куры не клюют и сосредоточиться на чем-нибудь альтернативном с высоким ПиАр выхлопом. Вы же вроде там где-то в Пущино обитаете? Так вот сейчас в мире пошла волна спроса на оборудование для биологов-любителей, к примеру [ Open PCR project ]. Рзебята из Штатов собрали за 2 месяца 12 000$ с миру по нитке [ Kickstarter] и сделали допотопный Пущинский ПЦРник и продают его за 600$... по всему миру. Можно купить набор сделай сам а можно и уже собранный вариант.
Вам бы там заняться бы дизайном и мелким производством наборов Сделай Сам ну скажем секвенаторов расчитанных именно на любителей. Вот он там что-то от-ПЦРил на той самодельной мыльнице и естественно хотел бы и отсеквенировать. Но на рынке нет пока секвенатора для любителей.... вот вам и ниша .... 2-3 тысячи клиентов по миру наберется. Практически все кто купили этоит ПЦРник захотят и секвенатор прикупить.... но цена должна быть очень низкая , пусть даже и качество не лучшее....
А тот факт что прибор из России только прибавит популярности в этой среде био-хакеров. Они его сами до ума доведут и будут этим жутко гордиться.
Guest-111, 07.12.2011 22:50
Очень дельное предложение!
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.