А сколько примерно стоят реагенты для 2500, не подскажете? Интересуют rapid cluster PE и SBS на 200.
У нас, наоборот, в прошлом году была альтернатива - апгрейд Хайсека или Майсек купить, предпочли второе, в принципе довольны, но мысль о первом не оставляет

Сиквенс на HiSeq2500 переделанном c HiSeq2000 занимает 20 часов, когда обе стороны гоняться - получается 4 дорожки за раз. Риды короткие - для РНКи, 30-индекс-30, максимум 32-индекс-32.

CLIP сам занимает полтора-два дня и библиотеки сделать ещё день.

HiSeq тоже делает как минимум 200-200 риды, но качество проседает - проблемы для анализа.

Цену кита знаю - но для России она совсем-совсем другая. У нас очень специальные цены на киты.

Я понимаю, что в России цены другие. но я примерно представляю себе поправочный коэффициент.
Мне как раз актуальны длинные риды, для де ново, поэтому Майсек очень ко двору пришёлся. Но иногда хочется выход побольше.

2 Майсека?! Не смешите мои тапочки их десяток, если уже не больше. Или это вирусная реклама апплайда такая? Ну тогда надеюсь, они хоть платят неплохо.

Мне как раз актуальны длинные риды, для де ново, поэтому Майсек очень ко двору пришёлся. Но иногда хочется выход побольше.

маш - а чего тебя твой 454 не устраивал ?

454, хисек, мисек и суперкомпутер - похоже геном гречки станет самым дорогим геномом

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...-2164-12-30.pdf

http://www.plosone.org/article/fetchObject...resentation=PDF

ХиСея тоже делает как минимум 200-200 риды, но качество проседает - проблемы для анализа.

на Мисеке 2х250 качество нормалное , хотя вперед читает лучше , чем назад -

загонять в хисека 2х200

http://ccb.jhu.edu/software/FLASH/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...ove-50-2638.pdf

Сравнительно новых секвенаторов в России сейчас более двух десятков (~20 PGM + 3 HiSeq + 2 MiSeq), но они распределены очень диффузно и, как правило, простаивают из-за отсутствия квалифицированных кадров и/или дороговизны расходных реагентов.
За "базар" готов ответить. Посмотрите на дату. Это было написано 16.10.2012. Информация и тогда могла оказаться устаревшей, поскольку уже было несколько новых заявок, в том числе оплаченных, на MiSeq. Но в действительности было установлено только два секвенатора этого типа. Остальные или были ещё в пути, или только в планах.

а, так вы выкладываете информацию,у старевшую почти на год? понимаю...

Буду признателен, если поделитесь более свежей информацией.

http://www.niboch.nsc.ru/doku.php/corefacility/english_news

http://conf.nsc.ru/HSG/en/scientific_program

The race to a $100 genome
http://money.cnn.com/2013/06/25/technology...ome-sequencing/

Ну, допустим, получили мы персональный геном. А кто-нибудь знает, как его интерпретировать? Не просто получить список аннотированных SNP с предрасположенностью. Не просто список CNV и пр. А риски и прогнозы. И понимание того, имеют ли клиническое значение те или иные изменения в геноме, которые не встречались нигде ранее.

А вот этим в мире занимается всего несколько компаний, в том числе знаю 1-ну группу в России. Их софты позволяют получить из этого массива данных конкретный протокол для врачей. По-хрошему с этими компаниями производители секвенаторов обычно подписывают договор и конечный пользователь получает такой софт за дополнительную плату + за 5-10К$ ежегодное обновление. У Лайф-тека таких договоренностей по-моему еще нет (давно не смотрел).

Проблемами биоинформатики занимаются многие. Даже в России. Меня больше интересуют разработчики NGS. Например, Джонатан Ротберг и новости о его уходе с поста директора Ion Torrent:
http://www.nasdaq.com/article/update-life-...-20130626-00664

ему стыдно стало


http://www.sciencemag.org/content/331/6019/861



Рекомендации по правильному образу жизни на удивление общие для всех и не требуют генетического тестирования. Науке неизвестен такой генотип, при котором рекомендовалось бы пить, курить, питаться чем попало, смотреть телевизор и избегать физической активности.

http://biofreelancer.blogspot.ru/2013/03/23andme.html

http://www.jnutbio.com/article/S0955-2863%...0101-4/abstract

Dr. Jonathan Rothberg, Founder and CEO of Ion Torrent, has resigned his position with Life Technologies to pursue new opportunities. As a founder of four genetics companies, his departure from Life Technologies to seek his next entrepreneurial challenge is a natural next step, and we appreciate the deep bench of talent that Jonathan has built over the past three years to guide the long-term success of Ion Torrent. We thank Jonathan for his leadership and commend him for creating the vision of Ion Torrent - we wish him all the best in his future endeavors.

Х-сюрприз

http://www.nature.com/news/tepid-showing-f...x-prize-1.13081

http://www.utsandiego.com/news/2013/jun/27...uencing-expert/

http://www.lifetechnologies.com/br/en/home...s-presidet.html

We're sorry, the page you're looking for isn't available.

http://instagram.com/p/a-q4vbgUxy/

Интерлабсервис?

http://instagram.com/p/a-rrMkAUyi/

Итак, в Геноаналитике появился первый российский HiSeq 1500.
Первый российский PGM появился у них же, но они его явно невзлюбили.

или он их посмотрим, полюбит ли их Хайсек

похоже СОЛИДы и ПГМы - самые любимые российсские сиквинаторы


http://vigg.ru/institute/subdivisions/nauc...ii-polimorfizm/

http://oligi.ru/services/high-seq





генсек - геном бактерии на ионе торренте стоит 3200 баксов - какже геном чичлавека за 1000 ?

Ion PGM Torrent
Эксперимент Стоимость, USD
Секвенирование 1 бактериального генома с 30х покрытием 3200

Один запуск PGM с чипом Ion 318 за бугром стоит ~1200$. С учётом объективных причин в России эта цифра умножается на 3, так что всё верно. Секвенирование в России на привозных приборах и реагентах не имеет смысла. По крайней мере экономического. Именно поэтому нужно разрабатывать доморощенные приборы и реагенты.

Что касается генома человека, то за 1000$ его не делают даже в лучших забугорных конторах. Стоимость реагентов стабилизировалась на уровне 4...5 тыс.$, поскольку потенциал флуоресцентных технологий в основном исчерпан.

Развитие полупроводниковых технологий тоже застопорилось, но причиной является не исчерпание их потенциала, а жадность LifeTech и отсутствие конкурентов. Последние появятся через 1...2 года (Roche, InSilixa и т.д.), что приведёт к кардинальному изменению ситуации.

Один запуск ПГМ с чипом Ион 318 за бугром стоит ~1200$. - ну и толку ?

один запуск Мисека дает 12 Гб 2х250 - пересчитай в геномы бактерий

318-ый чип отдыхает

Если нужен геном бактерии, то 12 Gb - это 200...400-кратное чтение. Из пушки по воробьям?

Новости с полей:

1. Корейцы (Макроген) предлагают секвенирование экзомов по 999$ (х50):
http://dna.macrogen.com/eng/support/event/...=exomeseq201306
Т.е. повторяют позапрошлогодний рекорд китайцев (BGI), но китайцы продержались недолго. В прошлом году повысили стоимость экзома до 1649$ (x100) или до 2599$ (x200). Правда, покрытие у них в 2...4 раза выше.

2. Ion Torrent начал выпускать наборы для секвенирования экзомов, которые включают 300 тыс. пар праймеров для мультиплексной ПЦР. Набор разбит на 12 пулов, каждый из которых даёт 24 тыс. ампликонов. Расход на каждый экзом - 400$ (для набора на 48 реакций):
http://www.genomeweb.com/sequencing/life-t...C3%9Cberfeed%29

геном бактерии, то 12 Гб - это 200...400-кратное чтение. Из пушки по воробьям?

значит в иогене адин геном бактерии за 3200 баксов - не из пушки ?

если геном бактерии 5М умножит на 400 то получится 2ГБ




на мисеке за прогон делается 50 геномов бактерий - ну и что дешевле - один геном на пгм или один на мисеке ?

Дешевле один геном бактерий на ХайСике - только где же столько геномов бактерий взять

Вопрос только - когда они хотя бы 250-250 нормальные сделают на ХайСике?

после 2х400 на мисеке

геномов бактерий хот пруд пруди - если умееш сиквинировать геном одной бактерии

http://www.plosone.org/article/fetchObject...resentation=PDF

DIY DNA Testing Machine
http://www.dailymail.co.uk/sciencetech/art...her-ginger.html

Hitachi включились в "нанопоровую" гонку.

http://www.hitachi-hitec.com/global/whatsn...nr20130708.html

ню-ню

Жаль только — жить в эту пору прекрасную
Уж не придется — ни мне, ни тебе

а где дешевле делают секвенироание ампликонов на секвенаторах нового поколения? чтобы много, качественно и дешевлк, чем сэнджеровский сиквенс. что там с пробоподготовкой заказчиком? не слишком муторно?

300.000-плекс ПЦР

http://products.invitrogen.com/ivgn/product/4487084

боюсь так на синтез праймеров разоришся

Там написано - 8 экзомов.
Сколько это стоит?

А где у нас такое делают и сколько это стоит?

ну нифига себе мелкий...
мелкий -- это вот http://www.nature.com/nature/journal/v498/...ature12132.html

Очень неплохой обзор. Рекомендую:

Если вы заботитесь о своем пищеварении, мой добрый совет — не говорите за обедом о большевизме и о медицине. И — боже вас сохрани — не читайте до обеда советских газет.

LifeTech опубликовал в PNAS описание изотермального синтеза кластеров ДНК для SOLID (WildFire?). Что-то подобное до конца этого года обещает продемонстрировать и Ion Torrent (Avalanche?).
http://www.pnas.org/content/early/2013/08/...334110.full.pdf

интересно - фотокросслинк химия запатентована японцами

итого - флагман ион протон чип-1 имеет 165М дырок - моноклоналных изотермалных реакций -
в лучшем случае 20-30%

при длинне 200 бп - ион протон наглухо продует Мисеку 2х300 bp

Китайцы набросились на Протоны!
Сегодня закупили 17, а до конца года собираются прикупить ещё 16 штук. И это не все китайцы, а только одна фирмочка - iGenomics:
http://www.selectscience.net/product-news/...s/?&artID=30407