Коллеги, очень простой вопрос. Ставлю трансфекцию, выделяю тотал РНК. Днкажу и ставлю ОТ. Далее ПЦР с + и - RT. Везде примешан сигнал плазмиды. Разобрать, где ампликон с кДНК и где с плазмиды не получается. Как ее совсем убрать....и можно ли это вообще сделать. Условия: РНК выделяю тризолом, переосаждаю спиртом, Днкажу по инструкции, ОТ ставлю с гексамеров (и по другому не могу, т.к. надо сразу много генов посмотреть) Есть ли у кого нибудь предложения?

Поищите квиагеновские колонки для выделения РНК минипрепов. На них можно днказить прямо на мембране колонок. А дальше выделяете по протоколу. Получается довольно чисто без примесей днк. А тризол хорош когда нужно киллограммами РНК выделять.

необходимо одновременно выделять ДНК....с тризолом это получается в один прием с одного образца...колонки - дорого для такого количества образцов, которые приходится выделять.

Вы сначала определитесь, что вам нужно. Много гррязных образцов и задешево или что тоеще.

перед синтезом кДНК дорезать РНК любой шестёркой или даже четверкой
убить рестриктазу нагреванием

дорезать РНК? Это как? какая четверка? Бубны? или в черву ходить надо?

Видимо, хотел сказать "дорезатьДНК"...

А какая разница по циклам получается с кДНК по сравнению с РНК? Может быть просто забить на остатки ДНК?