Всем добрый день!
Абсолютный новичок по вопросам выравнивания, поэтому обращаюсь за советом и с вопросами .
Есть последовательность, полученная из MS/MS MALDI и состоящая из 17 аминокислот. Необходимо отыскать возможные родственные белки. При этом известно, в каком классе белков поиск осуществлять. Прогонка через BLAST в NCBI и SwissProt ничего не выдаёт, через BLAST в MEROPS (база, заточенная под пептидазы и их ингибиторы) выдаёт 8 результатов, которые не плохо укладываются в ожидания. Но смущает то, что max score - 55% при лучшем значении Expect 1.3. Если правильно понимаю, это не есть хорошо. При попарном выравнивании этой же MS/MS последовательности с наилучшим вариантом из MEROPS имеем в Lalign (www.ch.embnet.org) score 70 при Expect 0,019. Уже лучше. И возникают у меня вопросы, замешанные на сомнениях: 1) почему последовательность не нашлась в "не специфических" БД? 2) настолько ли страшны высокие Expectы для коротких последовательностей и почему такая разбежка Е от программы к программе? 3) можно ли считать найденные возможные гомологи действительно гомологами, или тут так - случайное совпадение вышло?

голубчик, задайте в Blast побольше вероятность (через E), получите сколько угодно подобий...
Другой вопрос, что их появление тогда можно будет отнести к случайным факторам...

""голубчик, задайте в Blast побольше вероятность (через E), получите сколько угодно подобий... smile.gif
Другой вопрос, что их появление тогда можно будет отнести к случайным факторам...""

Спасибо, конечно! Но ведь сколько угодно подобий неродственных белков я бы хотел как раз избежать.

Чтобы ответить на вопросы 1 и 2, надо знать, что такое Expect. Это, грубо говоря, число, которое показывает, сколько последовательностей с таким уровнем сходства будет случайно найдено в данной базе. Если база больше, то и E окажется больше во столько же раз.

Max score 55% - это идентичность? Если так, то для пептида 17 аминокислот это вообще ничего не значит. Можно говорить как о рабочей гипотезе, но опубликовать - вряд.

Nastja, спасибо, что разъяснили "на пальцах" откуда берётся значение Е. А если при этом в анализируемой последовательности обнаруживается характерный для семейства белков мотив, то вопросы о родственных связях можно закрыть, я правильно понимаю?

chem-10, секвенируйте свой белок, тогда и скажете, с чем он родственный. "характерный для семейства мотив" может состоять из двух-трех аминокислот и встречаться где попало. Пока тот результат, который Вы получили, кажется мне недостаточно значимым.

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.