Уважаемые участники, прошу проконсультировать по поводу секвенатора. Начальство сказало дескать дадим денех, надо купить. ищи. А я вообще в секвенаторах не разбираюсь, почитала литературу про виды и все такое. но хочется услышать мнение тех, кто реально работал с этими приборами, дабы не ошибиться при покупке. а то не сносить головы.
Лаборатория у нас маленькая, научной направленности, массовых потоковых исследований нет. Нужен недорогой прибор на котором можно выполнять микросателлитный анализ для паспортизации животных, т.е. капиллярный электрофорез с праймерами с флуоресцентными метками (всех цветов). Также иногда секвенировать некоторые участки митохондриальной ДНК. Прибор по ряду политических причин должен непременно быть секвенатором, т.е . какие-то альтернативные системы электрофореза не предлагать))))
Стоимость осилим ну в районе 200- 600 тыс евро, естественно лучше подешевле и покачественней)))
Я предполагаю что раз он работает с плашками, то соответственно у меня должна быть центрифуга с ротором под плашки, термостат под плашки для денатурации образцов? на сегодн. день ПЦР-им 0,6 мл эппендорфах, в Терцике. Может к нему надо покупать какое-то сопутствующее оборудование, или сразу комплектующие например покупать?
Пока рассматриваю варианты секвенаторов ABI PRISM 310 и ABI PRISM 3130, из того что я нашла в продаже.
В общем, буду благодарна за любые советы по поводу выбора, рекламу и антирекламу каких-то моделей)) Спасибо.

Терцик выкинте сразу если беретесь за секвенатор!!!!! Какой секвенатор взять я подскажу - смотрите личку....

Позвоните представителям ABI и посоветуйтесь с ними. Это разумные ребята (скидку на рекламность стоит сделать, но основному верить можно), и при этом ещё рассказывают, какое оборудование и расходники под секвенатор нужно.

PGM. Обойдётся дешевле. Заодно и секвенировать научитесь.

Вы имеете в виду вот это:
Секвенатор второго поколения PGM^tm (Ion torrent) — это новая настольная система для генетических исследований на основе полупроводниковой платформы и метода детекции иона водорода в процессе секвенирования.
У него в описании такие возможности:
Полное повторное секвенирование геномов (поиск SNP, структурных перестроек и вариаций, полногеномное генотипирование);
Направленное повторное секвенирование отдельных крупных фрагментов геномов;
De novo секвенирование небольших геномов (вирусы, микроорганизмы);
Анализ РНК;
Предварительная оценка, контроль качества библиотек.

А разве на нем можно делать микросателлитный анализ, он же флуоресцентные метки не считывает?

Сталкивались с такой же проблемой - из Президиума РАН обещали дать денег на секвенатор. Правда, не дали, в результате так и заказываем сиквенсы в "Геноме".
Выбор ABI одобряю, говорят качество отличное.
Единственное, что 310, кажется, 1-капиллярный. Не маловато? С другой стороны, если лаборатория маленькая - лучше его постоянно гонять (и "со стороны" лучше никто не полезет, типа "у нас всё занято").
К слову - заодно, когда будете оформлять заказ - "вбивайте" туда и расходники. А то у нас часто дадут денег на оборудование (ст.310), а на остальное - фиг, типа "у вас по ст.340 ничего нет". Все дистрибьютеры спокойно "впишут" Вам в заказ реактивов сколько попросите.
Да, ещё - не спешите "Терцик" выбрасывать. Нормальный прибор, особенно учитывая стоимость. Если руки прямые - всё отлично получается, у меня сиквенсы из него в "Геноме" вытягивали по 900п.н., ИМХО, достойный результат.

Однозначно этот:
http://www3.appliedbiosystems.com/cms/grou.../cms_064679.pdf
Но не забудьте по поводу китов по СТР обратиться ко мне - на АБ разоритесь.
Кстатти, а каких животных собираетесь паспортами снабжать?

1-капиллярников даже на складах нет. Снято с производства.

Однокапелярный не снят с производства, его теперь со скидками втюхивают кому не лень.... очень дешево и обсолютно бесполезно.... там ручная загрузка... нужно визуально контролировать все пузырьки чтоб вышли... а время анализа гарантированно приводит к осаждению т.е. нарушению гомогенности и порче образцов в планшете за время работы, софт к нему тоже очень старый.

Этот прибор устарел еще 10 лет назад!!! + еще ядовитый гель - не акриламидный а какой то другой...

Если же брать модель по сильнее у аплайда то там есть свои недостатки в том числе уже и цена... та модель которую я вам посоветовал - оптимальна... по цене дешевле, делает множество различных анализов что является бесспорным плюсом, и поставляется сразу с софтом для всех типов анализов, у нее самый живучий лазер, и еще не было ни одной поломки этих лазеров со времен распада СССР. Я имею ввиду у этих приборов.. А у аплайда, будете каждые два года лазер менять..... К тому же я вам посоветовал полный автомат не требующий постоянного визуального контроля - что есть у всех даже новых Аплайдов....

Втюхивают, говорите... А что именно из "аналозов", нужных Хиленке?

всегда нужен только один анализ... а потом неизбежно нужны все.... я всегда по десять раз у коллег переспрашиваю что им нужно и не редко они мне потом на собантуях высказывают что я им не полный комплект приобрел....

Отвечаешь как настоящий манаХер - обо всеи и ни о чем. Ладно, давай выкладывай прибор, заодно узнаем чем ты занимаешься.
пыс: а сабантуи кто "угощает"?

паспорта на рыб. На сегодняшний день гоняем микросателлиты в камерах для вертикального электрофореза, поэтому мне главное чтоб прибор решал в первую очередь именно задачу микросателиитного анализа с праймерами с флуоресцентными метками, все остальные функции использовать пока только планируем в необозримом будущем. Хочется поменьше ручных настроек и всяких сложностей и неожиданностей. поменьше ядовитого и токсичного. Типа секвенатор для блондинок, подошел, плашку всунул, кнопку нажал , на компе файл забрал.

Елена, вы писали мол вам именно секвенатор нужен? Если на форезе смотрели то....

Уважаемый sergeyrgmu
А Вы не можете для всех написать про Ваш мега-девайс? Всем же интересно!
Heelenka
Для рыб? Не для форелей случайно?

Сабантуи... постоянные мероприятия после конференций и праздников.... а наливает начальство обычно....

реклама запрещена....

Хотите в личку вам напишу...

прибор должен называться секвенатор потому что деньги выделят именно под такую формулировку. Просто хочется чтобы он при этом и микросателлиты гонял, дабы облегчить мне жизнь.

Для рыб? Не для форелей случайно?
[/quote]


нет, не для форелей, но это может коммерческая тайна. так что я воздержусь от комментариев))) я просто написала чтоб было понятно о какой сфере деятельности идет речь

Хотите сказать у Вас есть достаточное для паспортизации количество ИССЛЕДОВАННЫХ СТР на вашу секретную рыбу? Если нет - мы идем к Вам.
То что не говорите - правильно! Вокруг одни шпионы. Это же наше богатство. Там же икра!

Понял... Сразу в кусты - тот прибор секвенировать не умеет.

Это какой тот??О_О Калипер что ли? конечно не умеет....

Heelenka
Извините, просто мои московские коллеги форелей паспортизировали, думал может мы знакомы, так что через форум-то переписываемся
sergeyrgmu
Спасибо за информацию, а что Вы стесняетесь рекламировать прибор и контору-продавца? Правда, то что Вы написали в личку даже Гугл не нашёл - пришлось немного изменить название. Я не стесняюсь, это явно не коммерческая тайна (в отличие от рыб) могу и разгласить

Да рыбы - это не тайна, проектов таких море и в Астрахани.
Вы можете писать если хотите

Только там они малдитофом пол определяют....

Это я его так затерроризировал, что не знает теперь как себя вести... Правила форума надо знать.

To sergeyrgmu:
Если Вы по "личкам" рекламируете тот именно капиллярник, который продает Ваша-)) фирма - то хотелось бы предостеречь топик-стартера и других начинающих от сего "чуда", которое лучше сразу, как купили, фтопку выбросить-).
BTW, против Калипера и т.д. ничего не имею, приборы хорошие - но для других целей.

To Heelenka:
ИМХО, ABI адназначна - альтернатив по надежности у него не имеется.

А кто-то работал с таким агрегатом, что можете сказать:

"Анализатор GenomeLab GeXP позволяет выполнять различные задачи, включая секвенирование ДНК и анализ фрагментов.

Широкий спектр приложений
Экспрессия генов
Секвенирование
Анализ SNP
Анализ STR
AFLP®*
MLPA**
Экспрессия генов

Система генетического анализа GenomeLab GeXP предназначена для выполнения количественных исследований в мультиплексном формате. Система позволяет воспроизводимо измерять малые, но биологически значимые изменения экспрессии генов и может обнаружить 0,5-кратное изменение экспрессии. Кроме того, GeXP позволяет выпол-нять мультиплексные реакции, что дает возмож-ность исследовать в одной лунке несколько рефе-ренсных (house-keeping) генов, анализируемые гены и внутренний контроль, обеспечивая таким образом более высокую точность.

Система GenomeLab GeXP использует реакцию ОТ-ПЦР (Обратная Транскрипция-ПЦР) с высокой степенью мультиплексности, что позволяет быстро, эффективно и с высокой чувствительностью оценить экспрессию целого набора генов."

троллинг толст но успешен

надо тоже такую тему создать, вот смеху будет :-)

Heelenka,
Мое личное мнение я уже высказал-) - см выше.

мнеб ваши проблемы :)) либо протон либо мисек ?

забирайте проблемы, мне не жалко))))

Hiseq 2500 хорошо для експрессии генов

Я могу оспорить позиции Аплайда..... и остаюсь при своем проверенным временем опытом....

не надо тут писать о чем не знаете, а только предполагаете, или домысливаете, касается обоих пунктов.... будте конкретнее

ну и какой "проверенный временем опыт" ? в годах: 10 лет, 20 лет, 30 лет, 40 лет ?
куда попадаешь ?

тобиш радиоактивные метровые гели с блоттингом и глазками читаем ?

это что - радиоактивный блоттинг на полутораметрпвых гелях и чтение глазками ?

извини фраер - начнешь с азов

Времена не выбирают,
В них живут и умирают.
Большей пошлости на свете
Нет, чем клянчить и пенять.
Будто можно те на эти,
Как на рынке, поменять.

Что ни век, то век железный.
Но дымится сад чудесный,
Блещет тучка; я в пять лет
Должен был от скарлатины
Умереть, живи в невинный
Век, в котором горя нет.

Ты себя в счастливцы прочишь,
А при Грозном жить не хочешь?
Не мечтаешь о чуме
Флорентийской и проказе?
Хочешь ехать в первом классе,
А не в трюме, в полутьме?

Что ни век, то век железный.
Но дымится сад чудесный,
Блещет тучка; обниму
Век мой, рок мой на прощанье.
Время - это испытанье.
Не завидуй никому.

Крепко тесное объятье.
Время - кожа, а не платье.
Глубока его печать.
Словно с пальцев отпечатки,
С нас - его черты и складки,
Приглядевшись, можно взять.

1978

Александр Кушнер. Канва.
Ленинградское Отделение,
"Советский Писатель", 1981.