Здравствуйте.

Интересует задача поиска генов в неаннотированных геномых последовательностях по известным нуклеотидным паттернам, особенно для случаев сильного эволюционного расхождения - когда стандартные инструменты поиска, такие как BLAST и FASTA уже не справляются.

Собственно формулировка задачи - поиск в геномной последовательности фрагментов, удовлетворяющих наличию известных паттернов (сочетаний нуклеотидных последовательностей - консенсусных последовательностей или регулярных выражений, например), находящихся в определённых диапазонах друг между другом. Более специфический вариант - паттерны, удовлетворяющие элементам вторичной структуры.
Что интересует - существуют-ли веб-сервисы такого поиска или устанавливаемые приложения?

Поскольку такая биоинформатическая задача нужна для предсказания генов - актуальность её должна быть не маленькой и средства такого типа существовать должны.

Из существующего - BLAST и FASTA, функционирующие сходным образом и на сходных базах поддерживают геномный поиск и некоторую нечёткость в последовательностях, но поддержка вырождения нуклеотидов слабая, а задание диапазонов невозможно в принципе. Большой набор сервисов (ExPASy, MEME и т.д.), баз (TESS, например) и приложений (от клиентов к вышеперечисленному до одностраничных веб-утилит) разных масштабов для анализа и детектирования паттернов в наборах небольших последовательностей существует и хорошо разработан, но он решает только обратную задачу - поиск паттернов в генах). Genome-size сканирование по паттернам реализовано в полутора программах - fragrep1, 2 и 3, который требует построения частотной матрицы (PFM) на основе выравнивания с привередливым к разметке построителем матрицы, работающий по 4 часа с одними дрожжами и не поддерживающий диапазоны букв в паттернах; и GotohScan - работающий даже не с паттернами, а полу-глобальным выравниванием. А как таковых веб-сервисов с геномными базами, видимо, не существует.

Точно-ли таких сервисов не существует вовсе и разве набор геномных сканеров по паттернам с диапазонами друг между другом так мал? И насколько, на общий взгляд, задача паттернового поиска актуальна?

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.