Полная версия страницы  English  

Hidden Markov Model (HMM)

Anonymous, 09.02.2004 19:10
Кто-нибудь может объяснить в двух словах что это такое? Ну без подробностей. (Используется для предсказания того секретируется белок или нет)
vak, 09.02.2004 19:16
Было уже:
"а смысл прост как угол стола.
марковская модель используется для описания вероятности появления фрагмента последовательности (в том же протеине) при условии что предшествующий фрагмент известен. используется для предсказания структуры продолжения по имеющемуся фрагменту, для распознования структуры и проч."
Anonymous, 09.02.2004 19:26
А, а я думала, что это что-то специальное для секретируемых белков, а это вообще для всех. Спасибо!
vak, 09.02.2004 19:29
пожалуйста.
Nastja, 10.02.2004 08:32
Хуже того - это не только для белков smile.gif
shure, 10.02.2004 17:57
вот например

ну по-моему - это математическое описание алгоритма подбора именно _случаиных_ вариантов следуюшего шага при анализе-подборе любой последовательности: То есть мы видим значение случайной величины, полученной на любом шаге процесса, но не видим, из распределения с каким номером она взята


[Текст переведён с транслита]

[Текст переведён с транслита]
DmitriM, 11.02.2004 02:27
А вот, кстати, извиняюсь, но если есть здесь спецы по теории вероятностей. Я должен бы помнить, но забыл, конечно, как решаются такие задачи. Итак, имеется n (на самом деле 300) разных плазмид, одинаковых, но с разными вставками. Вот мы берем и всех их трансформируем в E. coli. Получаем количество клонов, которое будем считать неограниченным. Вопрос: сколько (минимально) надо отобрать клонов, чтобы с наперед заданной вероятностью (95%, например) иметь среди этих клонов хотя бы по одному образцу всех 300 плазмид? Вероятность заклонирования плазмид считать одинаковой (собственно, скорее всего, так оно и есть в данном случае). Спасибо. Я понимаю, можно меня к учебникам отослать, но так не хочется поднимать ради одной оказии. Если еще скажете, как вы это решили, буду очень рад. cool.gif
Anonymous, 11.02.2004 11:50
Так теперь вообще ничего непонятно. При предсказании используется гомология с другими белками/не белками? Чем руководствуются при подборе вариантов? Случайностью? Заранее спасибо smile.gif
Hydrobiont, 11.02.2004 12:57
чтобы просто понять, как работает Марковская модель и чем руководствуются при подборе вариантов можно просто прочитать формальное описание, например в Гмурмане. Мне в свое время это очень помогло разобраться. smile.gif
Anonymous, 11.02.2004 15:58
To DmitriM. Вероятность появления х определенных клонов в выборке из m различных клонов описывается биноминальным распределением:
f(x, m) = [m!/(x!*(m-x)!)] * px * qm-x
для x = 0, 1, 2, ..., m
где
p = 1/n - вероятность успеха в каждом испытании
q - величина, равная 1-p
m > n - число независимых испытаний.
Нужно выбрать х=1 (хотя бы один образец). Потом эту вероятность умножить на f(x, m-1), т.к. один клон уже занят. Потом на f(x, m-2) и т.д. до f(x, m-n). Оставшиеся m-n мест нужно как-то распределить между клонами. Тогда вероятность найти каждый клон хотя бы раз равна:
P=f(x, m)*f(x, m-1)*...*f(x, m-n)*P(оставшееся m-n мест)
Это неявное уравнение относительно m, где
х=1, p=0,95
Anonymous, 11.02.2004 16:04
Спасибо большое. Буду на пенсии читать, если ранний маразм не случиться wink.gif
DmitriM, 11.02.2004 19:03
Спасибо, математик.
Anonymous, 17.02.2004 19:05
To DmitriM
Ниже приведено окончательное решение задачи, полученное методами комбинаторики. Если интересны промежуточные выкладки, пишите мне на gur_36@mail.ru
Минимальное количество клонов m, содержащих хотя бы по одному образцу из n>>1 плазмид с вероятностью P равно:
m=n*ln(n/(1-P))
Для n=300 и P=0.95 получаем m=2400
Таким образом нужно отобрать в 8 раз больше клонов, чем трансформировавших их плазмид.
Alexy, 18.04.2012 18:38
(shure @ 10.02.2004 18:57)
То есть мы видим значение случайной величины, полученной на любом шаге процесса, но не видим, из распределения с каким номером она взята
Знаю, что HMM используются в ДНК-генеалогии (которая строит филогенетические деревья мтДНК, У-хромосом и отрезков остальных хромосом)

А используются ли HMM в ГЕНОГЕОГРАФИИ?

Например для определения исходных областей, дат и интенсивностей древних миграций?
Guest, 23.04.2012 08:36
och horoshe napisano:
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%BA%...%B5%D0%BB%D1%8C
Alexy, 23.04.2012 12:46
Пол моему вопросу и вообще об их биол применениях там ничего не написано
guest: 123 , 13.06.2022 08:04
Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.