По матрицам сходства (20х20) получаю иерархические деревья. Хочется оценить уровень доверия к ним с использованием различных процедур бутстрепирования.
Скачал Felsenstein J. 1985. Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap. Evolution 39: 783–791. и его phylip-3.69. Но влезать в тонкости этой непростой науки нет времени.
Нет ли пакета функций к статистической среде R, который бы позволил быстренько выполнить все необходимые расчеты.

Вы вопрос про R написали не в ветку про R.

Иерархический кластерный анализ проводите по dist()? Тогда можно смотреть на e1071 в нем несколько методов кластерного анализа с перевыборками.

Иерархических деревьев вообще нет. Это программный глюк.

Не вполне понятно, что именно глюк: матрица сходства/расстояний, минимальный дендрит (граф с минимальным суммарным расстоянием), кластерная диаграмма древовидной формы (другая форма визуализации дендрита) или набор алгоритмов, формирующих это древо.
Если Вы имеете в виду, что для одного и того же множества объектов можно построить огромное множество альтернативных деревьев, то это так. Но это не значит, что их вообще нет.

Может быть, вам лучше использовать пакет PHYLIP того же Felsenstein'а? На основе своей матрицы построите 1000 или больше деревьев, получите консенсусное древо и индексы бутстреп-поддержки ветвей.

Так ОП phylip и использует. Только вот матрицы дистанций бутстрэпить нельзя, такая идея вообще бессмысленна. Возьмите изначальные данные (выравнивание, матрицу фенотипических признаков или что там у вас), их и бутстрэпьте. Если матрицы - все, что у вас есть, хотя я с трудом представляю такую ситуацию, для оценки надежности данных лучше использовать филогенетическую сеть, см. Daniel H. Huson et al. "Phylogenetic networks: Concepts, Algorithms and Applications". Очень хорошая имплементация - SplitsTree4 того же Хьюсона.

почему нельзя бутстрепить матрицы расстояний? не вижу проблемы применить "складной нож" например (или вообще исключать случайное число случаев), и смотреть как (не)разваливается иерархия.

Вообще чем dist(sample(data)) будет отличаться от cast(sample(melt(dist(data)))) ?

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.