Полная версия страницы  English  

Качество гомологичных моделей

AzAbd, 06.09.2012 16:40
Всем бодрого времени суток! Я построил в Моделлере гомологичные модели гетеродимерного фермента. Матричная структура (или как там по-русски правильно называется "template structure"?) состояла из четырех гетеродимеров, поэтому малые субъединицы моделировал по четырем малым и большие - по четырем большим.
Правильно я понимаю, что после отбора лучших моделей по normalized DOPE надо сравнить RMSD моделей с RMSD матриц, и если они сравнимы, то все хорошо и модели обладают "почти кристаллографическим качеством"?
И еще - означает ли то, что DOPE является лучшим критерием качества модели, полное устаревание molpdf как критерия качества?
С радостью приму любые ответы, в том числе и "иди на моделлеровском форуме народу мозги канифоль, или разработчику напиши".
Nastja, 06.09.2012 16:54
(AzAbd @ 06.09.2012 20:40)
Ссылка на исходное сообщение  Всем бодрого времени суток! Я построил в Моделлере гомологичные модели гетеродимерного фермента. Матричная структура (или как там по-русски правильно называется "template structure"?) состояла из четырех гетеродимеров, поэтому малые субъединицы моделировал по четырем малым и большие - по четырем большим.

По-русски это "шаблон".
А эти четыре гетеродимера были разные? Зачем Вы использовали все четыре?
              Правильно я понимаю, что после отбора лучших моделей по normalized DOPE надо сравнить RMSD моделей с RMSD матриц, и если они сравнимы, то все хорошо и модели обладают "почти кристаллографическим качеством"?

Что такое RMSD моделей? RMSD может быть при сравнении нескольких структур.

                И еще - означает ли то, что DOPE является лучшим критерием качества модели, полное устаревание molpdf как критерия качества?

Скажем так, это достаточно "модный" критерий, на который не стыдно ссылаться. Но полностью верить ему все равно нельзя.
AzAbd, 06.09.2012 17:44
Большое спасибо за ответ! Они практически одинаковые, за исключением того, что в них включалось разное количество аминокислот (разница буквально в одну аминокислоту). Сиквенсы одни и те же. Также между ними есть некоторое отклонение по координатам. А использовал все 4 для большей достоверности.
Под RMSD моделей я подразумеваю RMSD при сравнении нескольких лучших по энергиям моделей (допустим, четырех для каждой субъединицы) или же нескольких моделей и нескольких шаблонов. Написать таблицу RMSD (в данном случае 8 на 8) и посмотреть, насколько сильнее отклоняются модели от шаблонов, чем шаблоны друг от друга. Если сравнимо, значит, модели хорошие, годные. Примерно такая ламерская логика.
А если не полностью верить DOPE, то что еще использовать? Molpdf? GA341 везде единица. Гонять PROCHECK или MolProbity? Пока не гонял и даже не особо знакомился.
Nastja, 06.09.2012 19:43
(AzAbd @ 06.09.2012 21:44)
Ссылка на исходное сообщение  Большое спасибо за ответ! Они практически одинаковые, за исключением того, что в них включалось разное количество аминокислот (разница буквально в одну аминокислоту). Сиквенсы одни и те же. Также между ними есть некоторое отклонение по координатам. А использовал все 4 для большей достоверности.

Нет, от этого не будет большей достоверности. Достаточно использовать какую-то одну цепь.
                    Под RMSD моделей я подразумеваю RMSD при сравнении нескольких лучших по энергиям моделей (допустим, четырех для каждой субъединицы) или же нескольких моделей и нескольких шаблонов. Написать таблицу RMSD (в данном случае 8 на 8) и посмотреть, насколько сильнее отклоняются модели от шаблонов, чем шаблоны друг от друга. Если сравнимо, значит, модели хорошие, годные. Примерно такая ламерская логика. 

Нет, это не так.
Достоверность модели в первом приближении определяется процентом идентичности в выравнивании последовательностей шаблона и модели, а также тем, согласуется ли она с известными данными.

                  А если не полностью верить DOPE, то что еще использовать? Molpdf? GA341 везде единица. Гонять PROCHECK или MolProbity? Пока не гонял и даже не особо знакомился.

Нет, не надо все подряд запускать. Надо немного почитать теорию фолдинга белков, и понять, почему не может существовать "идеальная" оценочная функция.
AzAbd, 07.09.2012 12:48
ОК, перечитаю Финкельштейна.
Насколько я пока понял, идеальная оценочная функция существовать не может в том числе вследствие того,что нативная структура является локальным минимумом потенциальной энергии, а не глобальным (по крайней мере в случае необратимо денатурирующих при нагревании белков), и все гомологичные модели отражают локальные минимумы энергий после 3*300 (или сколько там моделлер задает) степов динамики.
Про достоверность модели в первом приближении все понятно, с этим все шикарно (идентичности больше 80%, в элайнментах ни единого разрыва), интересует уже второе приближение.
А про RMSD - кристаллографы ведь любят минимальный RMSD? Если у кристаллографа малые значения RMSD, то он сразу считает себя крутым и свою структуру красивой?smile.gif То есть, из наилучших моделей по оценке "модного" DOPE можно выбрать самые "красивые", наложить их друг на друга и сказать: "Гляньте, парни, как они у меня красиво друг на друга легли"?
P.S. Моделей штук по 100 для каждой субъединицы, есть из чего выбиратьsmile.gif
Nastja, 07.09.2012 22:10
(AzAbd @ 07.09.2012 16:48)
Ссылка на исходное сообщение  ОК, перечитаю
Финкельштейна.
    Насколько я пока понял, идеальная оценочная функция существовать не
может в том числе вследствие того,что нативная структура является локальным
минимумом потенциальной энергии, а не глобальным (по крайней мере в случае
необратимо денатурирующих при нагревании белков), и все гомологичные модели
отражают локальные минимумы энергий после 3*300 (или сколько там моделлер
задает) степов динамики.

Угу, только не в лотерею, а в карты, и не выиграл, а проиграл...
Нативная структура соответствует глобальному минимуму свободной энергии, за
некоторыми исключениями, которые при ближайшем рассмотрении вовсе не
исключения. Так, всякие вирусные гликопротеины, которые находятся в
метастабильном состоянии и совершают конформационный переход при
проникновении вируса в клетку, вначале свернулись в глобальный минимум, а
после расщепления на две субъединицы этот минимум оказался локальным. А
прионы меняют структуру не просто так, а при агрегации, то есть у одного
белка один глобальный минимум, у множества - другой.
Нет способа на компьютере быстро найти минимум свободной энергии, и даже
просто с хорошей точностью оценить значение свободной энергии для структуры,
поэтому вместо нее используют различные функции, основанные на статистике.
То есть для оценки качества структуры используется принцип "чаще всего
бывает то, что бывает чаще всего".

      Про достоверность модели в первом приближении все понятно, с этим все
шикарно (идентичности больше 80%, в элайнментах ни единого разрыва),
интересует уже второе приближение.

Ну тогда Вам вообще не о чем беспокоиться.

      А про RMSD - кристаллографы ведь любят минимальный RMSD? Если у
кристаллографа малые значения RMSD, то он сразу считает себя крутым и свою
структуру красивой?smile.gif То есть, из наилучших моделей по оценке "модного" DOPE
можно выбрать самые "красивые", наложить их друг на друга и сказать:
"Гляньте, парни, как они у меня красиво друг на друга легли"?
      P.S. Моделей штук по 100 для каждой субъединицы, есть из чего
выбиратьsmile.gif

Наложением моделей кристаллографов не впечатлить, да и не RMSD у них, а
разрешение и B-фактор.
Достаточно привести одно значение RMSD между моделью и шаблоном.
AzAbd, 08.09.2012 00:31
ХАХАХАХАХА! Давненько я в такую калошу не садился! smile.gif *LMAO*
Большое спасибо!
А я-то все не верил Финкельштейну, думая "а какого лешего тогда вообще белочки денатурируют необратимо!" Надо было терпежом запастись да всю книжку прочитать. А заодно больше верить хорошему человекуsmile.gif
guest: 123 , 13.06.2022 08:03
Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.