(AzAbd @ 07.09.2012 16:48)
ОК, перечитаю
Финкельштейна.
Насколько я пока понял, идеальная оценочная функция существовать не
может в том числе вследствие того,что нативная структура является локальным
минимумом потенциальной энергии, а не глобальным (по крайней мере в случае
необратимо денатурирующих при нагревании белков), и все гомологичные модели
отражают локальные минимумы энергий после 3*300 (или сколько там моделлер
задает) степов динамики.
Угу, только не в лотерею, а в карты, и не выиграл, а проиграл...
Нативная структура соответствует глобальному минимуму свободной энергии, за
некоторыми исключениями, которые при ближайшем рассмотрении вовсе не
исключения. Так, всякие вирусные гликопротеины, которые находятся в
метастабильном состоянии и совершают конформационный переход при
проникновении вируса в клетку, вначале свернулись в глобальный минимум, а
после расщепления на две субъединицы этот минимум оказался локальным. А
прионы меняют структуру не просто так, а при агрегации, то есть у одного
белка один глобальный минимум, у множества - другой.
Нет способа на компьютере быстро найти минимум свободной энергии, и даже
просто с хорошей точностью оценить значение свободной энергии для структуры,
поэтому вместо нее используют различные функции, основанные на статистике.
То есть для оценки качества структуры используется принцип "чаще всего
бывает то, что бывает чаще всего".
Про достоверность модели в первом приближении все понятно, с этим все
шикарно (идентичности больше 80%, в элайнментах ни единого разрыва),
интересует уже второе приближение.
Ну тогда Вам вообще не о чем беспокоиться.
А про RMSD - кристаллографы ведь любят минимальный RMSD? Если у
кристаллографа малые значения RMSD, то он сразу считает себя крутым и свою
структуру красивой?
То есть, из наилучших моделей по оценке "модного" DOPE
можно выбрать самые "красивые", наложить их друг на друга и сказать:
"Гляньте, парни, как они у меня красиво друг на друга легли"?
P.S. Моделей штук по 100 для каждой субъединицы, есть из чего
выбирать
Наложением моделей кристаллографов не впечатлить, да и не RMSD у них, а
разрешение и B-фактор.
Достаточно привести одно значение RMSD между моделью и шаблоном.