здравствуйте.
проводится t-rflp анализ нескольких проб.
затем получившиеся результаты кластеризуются (пирсон), пробы распадаются в несколько кластеров, вполне соответствующих теории.
почти :)
"почти" состоит в том, что в спектрах t-rflp есть интервал (примерно 10% пиков), условно соответствующий некоторому типу бактерий (согласно клоновой библиотеке), который ведет себя не очень хорошо. пики там довольно интенсивные, но нестабильные, сильно меняющиеся даже в репликатах, и с ними нормальной кластеризации не получается. но если этот интервал (~ филотип) выкинуть, то все кластеризуется как надо. почему он так себя ведет -- есть некоторые предположения, но вопрос состоит в следующем: можно ли так делать вообще (выкидывать доминантные OTU перед анализом)? говорят, что это не очень хорошо, т.к. t-rf являются зависимыми переменными. действительно ли это так?
можно ли как-то еще уменьшить влияние доминантных типов?