Здравствуйте!
Про сей пакет уже речь шла на данном форуме, но в конце разговор вновь пришел к обсуждению работы с AutoDock. Я хотел бы узнать все-таки Вашего мнения по поводу Accelrys Discovery Studio. Для каких целей её можно использовать? Как я понял (из прочитанного на данном форуме) для докинга она никак не идет (хотя видел статьи и даже диссертации по медицинской химии, где писали, что ее успешно применяли для этих целей).
В докинг лезть пока не собираюсь (нужно научиться для начала гастейгеровские заряды от малликеновских отличать ), хотя попробовать потом можно было бы. Поэтому пойдет ли Accelrys DS, например, для предикшина ADMET (например LD 50)? Если нет, то, что может пойти для данных целей (лучше личный опыт)? Или для того, чтобы сделать 3D alignment? Слышал, что лиганд в комплексе с белком как правило занимает не ту конформацию, которая наиболее стабильна в газовой фазе или в растворе. Поэтому также любопытно было бы узнать про генераторы конформеров (что использовать лучше)? Читал на одном форуме про DS, и пришел к заключению, что она может заменить кучу прог и вполне успешно... Вериться в это конечно с трудом, но все-таки может что-то она и может? Любопытно только что. Жду Ваших ответов. Наверное все… Остальное напишу в следующий раз, а то и так затянул.
P.S. Еще вопрос про AutoDock. Могли бы Вы подсказать какой-нибудь толковый мануал, с конкретными примерами (чтобы скачать структуры и потренироваться).

Не буду вдаваться в длинные рассуждения и комментарии по поводу Вашего сообщения, NMR-guy, так как это скорее будет относиться не к обсуждаемой теме, а философии, но кратко отвечу.

Ничего комментировать по сему поводу не буду, так как точно уйдем от основной темы.

Шутка или не шутка не знаю. В мануале написано, пару индийский статей по сему поводу видел. Проверял на некоторых соединениях для которых реальные экспериментальные данные были. Что-то вполне идет, а что-то вообще мимо.

Насчет химии и лени. Что Вы считаете реальной химией? И что Вы считаете под ленью? Если то, что я понял по Вашему ответу (заранее извините, может неправильно понял), то множество людей, работающих в области квантовой химии, например, лентяи. Но у каждого есть свое, персональное мнение конечно.

NMR-guy, я давно знаю о вашей правильной ориентации. Здесь прочел данную фразу и очень удивился, никто не рассматривает в работе ферментов эту структурную особенность "захлопывающуюся "крышку" над собой".
По работе АТФсинтетазы, цит bc1 я так и пишу: "крышка" открывается и закрывается. Думал, что только я оперирую такими терминами. Фермент защищает активный центр, именно таким образом. В любом ферменте я ищу сразу такую "крышку". Скажите пожалуйста, где -то вы еще увидели такую терминологию?

amaxa, ADS - это пакет, в котором в основном собраны известные программы с хорошей репутацией. Он, разумеется, работает не хуже, чем эти программы. Если Вам предлагают работать с этим пакетом в лаборатории, где он куплен и им умеют пользоваться, то не отказывайтесь.

Спасибо за ссылки. Они тоже называют крышкой..Водорастворимые ферменты или имеют крышку из глобулярного домена или две бетта складки приближаются и отходят( как РНКаза), чтобы открыть активный центр. Мембранные ферменты с водорастворимой частью действуют по другому. Например, ЖСБ имеет активный центр между липидами и белком, а когда работает, просто переворачивается и контактирует с противоположным на другой части мембраны при сближении двух мембран. А цит с1 имеет малый домен, как крышку ( ведет себя как водорастворимый , просто привязанный). Мы давно предлагаем , именно такой подход.
Малые и большие губы (женские)тоже открываются и закрываются для субстрата (мужского). Природа ничего не придумывает просто. Размножает один тот же принцип для микро и макромира.

Все экспериментальные факты должны укладываться в единую концепцию. Сегодня нет такой концепции и поэтому ученые повернули на 180о по болезни Альцгеймера. Все эти болезни возникают от механизма энергетики. Когда наши данные не стали укладываться в известные концепции и был поднят ранее такой же вопрос, тогда мы начали искать и обобщать данные. Так, что это мы делаем не от хорошей жизни, а от того, что ученые идут в тупик. Очень многие с нами согласны, но публично не высказываются.

Спасибо за ответ. Наконец-то речь идет непосредственно по теме моего вопроса. Дело в том, что не хотелось бы впросак попасть. Видел один диссер по ВЭЖХ, в котором для обоснования кое-каких результатов использовали HyperChem. Данную программу много кто ругает, но знаю, что для решения некоторых вопросов она вполне полезна (не связанных с квантовой химией). Поэтому про ADS хотелось узнать как она. Её тоже много ругают, хотя слышал противоположное мнение (были люди кому она и помогла и это не были индусы). Вот и хотелось бы узнать еще дополнительно, кто РЕАЛЬНО с ней работал (или знает людей работающих с ней), для решения каких именно задач она наиболее подходит. Nastja, может Вы знаете? Обращаюсь к Вам так как Вы пока единственный кто по теме отвечает.

amaxa, так обычно вопрос не стоит - "есть программа, что с ней делать?" Я Вам любую программу могут отругать, а если мне заплатить - подготовлю примеры, на которых она работает отвратительно, хуже аналогов.

Так как у Вас, похоже, состояние "хочу заниматься компьютерной биологией, но не знаю, какой", то я могу посоветовать следующие вещи:
1. Моделирование по гомологии.
2. Докинг малых молекул (не скрининг!).
3. Изготовление красивых картинок и видеороликов.

Наиболее полезный и важный для экспериментаторов, пожалуй, последний пункт.

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.