В разделе "Расчёты" появилась новая программа: Предсказание нуклеотидной последовательности по аминокислотной.

Она строит нуклеотидную последовательность по белковой. При этом учитывается частота встречаемости кодонов в лабораторных организмах: Homo sapiens, Mus musculus, Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris, Escherichia coli.

Результат выводится в трёх видах:
(1) в столбик с указанием вероятности присутствия определённого нуклеотида;
(2) в строку: верхний ряд - наиболее вероятная последовательность (чем ниже, тем менее вероятная).
(3) в строку с использованием однобуквенной полиморфной записи.

Программа понимает трёхбуквенный и однобуквенный код, умеет выводить последовательность в разных регистрах и ДНК/РНК виде.

Желаю всем приятного использования!

Мне кажется, что надо как-то поаккуратнее написать, чтобы исключить Homo sapiens из числа лабораторных животных.

Саложин Сергей из Центра "Биоинженерия" подготовил протокол "Иммунопреципитация хроматина". Методика состоит из трёх логических частей: (i) получение хроматина; (ii) собственно иммунопреципитация; (iii) анализ полученного пула ДНК.

Автору - огромное спасибо, всем остальным - приятного использования!

Открыто несколько новых страниц. Точнее, реинкарнировано несколько старых.

Во-первых, переделаны в соответствии с "новым дизайном" узловые страницы: "Литература",
"Фирмы",
"Работы и услуги",
"Биржа труда ".
Заодно эти узловые страницы были очищены от неработающих ссылок.

Самое важное -- сейчас на узловых страницах есть разделы "Дополнить" и "Смотри также", которые можно пополнять онлайн (вмешательство администратора сайта не требуется). По этому поводу большая просьба: если у кого-то есть хорошие ссылочки, поделитесь, пожалуйста, с коллегами.

Новые страницы:

• Ссылки на постоянные книги в сети
• Список издательств биомедицинской литературы
• Список русскоязычных био-журналов
• Русскоязычные институты биологического профиля одним списком

Открыт новый форум Full Text / Книги. Принцип работы такой же, как у известного всем (я надеюсь) форума Full Text: ищущий книгу оставляет запрос; тот, кто отправляет книгу, запрос закрывает.

Старая тема с запросами книг закрыта.

По сравнению со старым способом (когда все сообщения о поиске книг отправлялись в одну тему) есть по крайней мере два удобства: (i) запросы удобнее просматривать и (ii) есть уверенность, что на один запрос не пришлют сразу несколько книг.

Всем приятного использования!

Завершен последний серьёзный кусок работы над движком сайта. В ближайшее время не ожидается никаких серьёзных изменений ни в дизайне, ни в программе, управляющей molbiol.ru. Основной заботой будет содержимое сайта.

Итак, появилась возможность создавать постоянные страницы сайта в режиме онлайн. В принципе, эта возможность распространяется и на незарегистрированных участников, но использовать её "по максимуму" можно только после регистрации.

Допустим, вы хотите написать некий полезный материал. Создайте тему в каком либо форуме и напишите в ней свою статью (не обязательно одним блоком; можно вставлять файлы и рисунки; ничего страшного, если в процессе работы появятся сообщения от других участников). Потом свяжитесь с модератором форума или администратором сайта, и они превратят вашу тему в постоянную страницу сайта (со ссылкой на узловой странице, постоянным адресом и т.п.). Ваша тема будет ассоциирована с постоянной страницей, вы будете куратором этой темы.

Суть в том, что несмотря на постоянный адрес, страница будет собираться динамически из материала темы. Если вы зарегистрированы на форуме, то в результате получите полный контроль над материалом постоянной страницы и сможете его модифицировать в любое удобное для вас время (подробнее — здесь).