Принципиально выяснить перспективы продолжать до структуры (хотя бы вторичной с присвоением только остова аминокислотной цепи без боковых цепей) стоит 100$ (2 г 15NH4Cl в минимальной среде вместо обычного NH4Cl) + 500$ на DSS (которого 1 грамма хватит лет на 10 работы) + 150-300$ за дейтерированный буфер + час приборного времени (15N-HSQC эксперимент, если у вас есть ЯМР в конторе, это обычно бесплатно или почти бесплатно, - главное договориться с его хозяином, т.к. прибор может неделями почти непрерывно работать) .

Если есть хороший HSQC с узкими пиками + количество пиков примерно равно количеству аминокислот = белок свернут и можно тратиться на 13C-глюкозу и тяжелую воду, если будет нужно. А это уже цифры на шкале тысяч долларов.

UPD: белок должен быть >90% чистым, быть растворимым не <0.6mM (абсолютный предел, с сигналом такой концентрации работать - проще повеситься, меньше практически никогда никак) если имеем рабочую лошадку 600MHz без криодатчика, не <0.3 mM, если с криодатчиком. 800ку пока не щупал, врать неохота. Для некоторых экспериментов от силы магнита зависит больше успеха, для некоторых больше зависит от концентрации. А бывают такие, какие хорошо не идут практически никогда

Пока я не заглядывала наша компания выросла

Насчет 800 скажу так, что когда боретесь за разрешение, то оно лучше, а если нужна чувствительность, то 500 все же лучше.
А вообще хорошо иметь образец с 1 мМ и обе машины

Немного добавлю:
Если исходить из ситуации "вияснить перспективы", то:
0. Я бы свел затраты на ДСС, Д2О и час машинного времени к нулю - редко найдется лаборатория ЯМР, не имеющая в наличие этого добра...
1. Для HSQC и/или TROSY можно использовать < 0.3 mM na lichnom opyte detektiroval vse HN ostova pri konc.~ 0.05 mM; 128 aa, pH=5.5). Obschiy ob"em - 0.3 ml (Shigemi), => общее количество ~ 15 nmol (0.225 мг для 15 кДа белка). Учитывая, что некоторые белки со свистом растут на 0.7 г/Л 15N-NH4Cl с выходом под 50 мг/Л, затраты колеблются от $10 до $100, + 1-7 дней работы. Последнее очень важно, поскольку - опять же, на мой взгляд - рабочее время стоит гораздо больше, чем реагенты.
Далее 13C+, что отдельний разговор (NMR_guy очень прав) . Но можно выяснить и расписать по пунктам.
[Olga_NMR_girl]:
Я не могу связать в вашем втором абзаце разрешение и чуствительность. Скорее всего, что-то было не так с экспериментом (если вы имеете в виду две идентичные установки при разных полях). Чуствительность = сигнал/шум? Или я чего-то не так понял? Не обижайтесь ради бога, скажите лучше, как к вам в тропики добраться
[sergey-ra]:
Если вы смотрите на положние воды "в кристалле" и пытаетесь привязать ее к аналогичным местам в структуре ЯМР, то ПДБ фаил от ЯМР имеет точно такой же стат-вес, как и любой другой ПДБ без воды. Чуть выше обсуждалась возможность посмотреть на воду (маленькая ); однако, я помню, что во второй половине 90х кто-то смотрел на мобильность гетероатома, с которым конкретный ХН заключает H-бонд. Если она велика, (т1<x), to svyaz' s vodoy, esli mala (t1>y) - то с атомом белка. Увы, ни деталей, ни цифр (т1, х, y) не помнyu.

Редактировал я, потому как не сходилось. Извиняюсь заранее, но уж больно цифры важные. NMR_guy

For VRogov:

HSQC при 50 mkM - это наверно достижимо, но какой был SNR? Если в HSQC SNR около 100, то в 3D экспериментах он в 10 раз ниже. Если SNR < 100, то продолжать и покупать глюкозу я бы не решился. У вас там очень чувствительный спектрометр. Такие не везде. У нас минимум объёма пробы - 500 mkL.
Реактивы и приборное время очень нужны свои, потому как стоимость проекта может быть интересна тем, у кого пока нет ни спектрометра ни изотопов, а есть - белок. Остальные её и так знают.
Ещё я забыл про специальные пробирки для образцов. По ~20$ за штуку.

pH должен быть нативным, около 7. Иначе будет упрёк в биологической нерелевантности. (если это не лизосомальный фермент)

Как цены изменились за 5 лет? Лет 15 назад вообще было, что один кристалл - один аспирант удачный. Сейчас закристаллизованный белок за неделю что ли можно померить. Правда или нет? За сколько денег и времени можно структуру определить, подскажете?

Со стооны рентгена:
1. кристалл - самое главное. Вырастить хороший, качественный кристалл - это основное, что необходимо для рентгена. На это можно затартить от нескольких часов (если повезет или для простых вещей типа лизоцима, инсулина и некоторых ферментов) и до бесконечности. Если все хорошо - то неделя-две.
2. После получения кристаллов белков начинается дело техники, но опять все зависит от объекта. Сама съемка набора дфифракционных данных занимает от минут (на синхротронах высшего уровня типа ESRF или SLS), до нескольких часов (на in-house системе типа нашей Брукеровской Proteum8).
3. Если получены дифракционные данные с разрешением выше 2.6А и известна гомологичная структура, то решение занимает около часа. Если нет, то по обстоятельствам: если неизвестно ничего кроме сиквенса и можно сделать МАД на синхротроне - то дни, если нельзя сделать МАД - то нужен подбор производных или генная модификация объекта - это отдельная песня, которая будет длится в условиях работы Европы до полугода, у нас - до полного срока гранта РФФИ
4. Решение структуры - полдела. Это даст описание общей структуры (фолда) белка. Далее идет уточнение. Если высокое разрешение данных (выше 2.4А ныне, а лучше выше 1.95А), то займет недельку. Если осложнения - то и год.
На выходе - точное определение положений всех атомов, включая лиганды, ионы, ассоциированные с поверхностью молекулы воды и т.п.

---

Итак:
Этап Оптимистически Пессимистически
кристаллизация неделя год
получение данных минуты дни
определение стр минуты год
уточнение стр неделя год
написание статьи неделя год
____________________________________________________________
ИТОГО <месяца 4 года

Реальность всегда где-то посередине