Проблема затяжная.
Поначалу работы с RAPD выявлялись четко 3 бэнда на форезе. Все было прекрасно, зоны воспроизводились несколько раз. Был выявлен полиморфный фрагмент.
В реакции используем пару 10 нуклеотидных random праймеров. Отжиг на 36 градусов.
В один грустный день и до сего момента (больше года прошло) бэнды перестали четко проявляться: на форезе или мазня или слабые-преслабые зоны, полиморфного фрагмента вообще не видно.
Перепробовано: грешили на ДНК, выделена свежая - нет изменений.
грешили на компоненты реакции - все поменяли на новое - нет изменений
грешили на праймеры - заказали новые - ничего.
грешили на амплификатор - поставили на другом - ничего
меняли температуру отжига - получше, но не то, что было раньше.
концентрацию ДНК перемеряли - тоже не в ней дело.
Праймеры на концах схлопываются...ну допустим. Чего ж раньше не схлопывались? Получалось же!!!
Я в недоумении, руки опускаются. Подсказать никто не может. Наверное на мне молекулярное проклятье)))
Что вообще происходит? Кто работал с этим рапдом?
ПАМАГИТЯ!!!