Полная версия страницы  English  

МОЖНО ЛИ ОБОЙТИСЬ БЕЗ ДОРОГОГО МЕТАГЕНОМНОГО АНАЛИЗА?

mukhanov, 25.10.2016 21:51
Задача заключается в том, чтобы сравнить генетическое разнообразие цианобактерий рода Synechococcus в нескольких природных пробах (отобранных в условиях градиента солености). Пробы представляют собой пикофракцию (0.2-2 мкм) речной/морской воды, сконцентрированную на поликарбонатную мембрану и замороженную в жидком азоте (без какой-либо фиксации). Таким образом, проба включает также бактериопланктон, пиководоросли, детрит и пр. В литературе есть данные о праймерах к Synechococcus, но можно ли их использовать? Является ли единственным выходом проведение метагеномного анализа (который бы включал все микроорганизмы - бактерии и цианки), а потом вычленение информации о цианках? Стоимость такого анализа очень высока - до 12 тыс руб за пробу. Есть ли более простая и дешевая альтернатива для решения нашей задачи? Спасибо огромное за любую квалифицированную помощь!
ksm, 25.10.2016 22:02
ПЦР с 16С РНК - на вариабельные участки
mukhanov, 25.10.2016 22:42
(ksm @ 25.10.2016 23:02)
Ссылка на исходное сообщение  ПЦР с 16С РНК - на вариабельные участки

А можно ли это сделать в Москве на коммерческой основе? И как грамотно (с точки зрения молекулярщиков) сформулировать задачу?
ksm, 26.10.2016 14:12
никогда не интересовался подобными вопросами.

вообще, если ваши культуры не выделены хотя бы в относительно чистые линии, то проще и дешевле, пожалуй, будет все же секвенировать с помощью NGS. т.к. секвенировать клонированные ПЦР-продукты нужно будет в очень большом числе... если будете секвенировать штук 6-10 клонов, то определите 1-2 мажорных штамма, минорные не поднимите.
mukhanov, 26.10.2016 17:15
(ksm @ 26.10.2016 15:12)
Ссылка на исходное сообщение  никогда не интересовался подобными вопросами.

вообще, если ваши культуры не выделены хотя бы в относительно чистые линии, то проще и дешевле, пожалуй, будет все же секвенировать с помощью NGS. т.к. секвенировать клонированные ПЦР-продукты нужно будет в очень большом числе... если будете секвенировать штук 6-10 клонов, то определите 1-2 мажорных штамма, минорные не поднимите.


т.е. по-любому дешевле метагеном... Понятно. Спасибо!
ksm, 26.10.2016 17:43
ну, можно амплифицировать 16 С и секвенировать обогащенные таким образом ДНК, т.е. не метагеном, а скорее вариант амплисека. были вроде готовые киты под это дело, но не знаю, как они с цианками дружат
mukhanov, 26.10.2016 18:41
это, наверное, будет не дешевле, чем просто зашарашить метагеном всех бактерий (а потом вытаскивать из него информацию о цианках))
ksm, 26.10.2016 18:59
теоритечески, в случае таргетного секвенирования покрытие требуется меньше, следовательно в теории цена может быть ниже. как на практике - мне неизвестно
nigoal123, 19.05.2022 06:44
Anyone can connect บาคาร่าออนไลน์ with their audience slot xo through blogging and enjoy 11hilo you who your readers are. สล็อต the myriad benefits that 123GOAL blogging provides

organic traffic from nigoal from the first sentence.ลิงค์รับทรัพย์ search engines promotional พ ริ ต ตี้ เกม มิ่ง content for social media ราคา บอล and recognition from a new Hotgraph audience you haven’t tapped into yet.
guest: 123vega , 19.05.2022 10:46
For the past 15 years, India Pggame123 and China have vied 88ktc for favourable diplomatic สล็อต123 and trade relations 123bets with Sri Lanka thanks 11hilo to its strategic location in the Indian หวยปิงปอง ocean. While popular perception สล็อต123 indicated China had outpaced India, the 123VEGA recent economic and Dreamgaming political turmoil in Sri Lanka seems to ปั่นสล็อต have given India's foreign policy.
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.