Очень прошу помочь.
Проблема такая:
Никак не можем найти точные русские эквиваленты английских терминов signature, amidase signature, и особенно amidase signature group или amidase signature family или (еще хуже!) - GGSS signature-containing amidase family.

В качестве примера употребления терминов могу привести такие ссылки:
http://scop.bic.nus.edu.sg/data/scop.b.d.je.b.b.A.html

http://www.scripps.edu/cb/cravatt/pdf/Patr...vattJBC2000.pdf
http://www.blackwell-synergy.com/links/doi...1.01378.x/full/

Смысл терминов абсолютно понятен! Варианты перевода тоже вроде бы есть : signature - "консенсус", "консервативный участок", "мотив" и т.п.
Но нет ли более точных русских вариантов? И, главное, как короче и точнее перевести название семейства - amidase signature family?

Спасибо.

У Мурзина спросите, может он ещё русский не забыл

В книжке восемьдесят-какого-то года я встречала русский термин "сигнатура". А те варианты, которые Вы предлагаете, имеют другие английские эквиваленты. Сигнатура - это, конечно, мотив, но не просто, а существенный для функционирования белка. Хотя с восемьдесят-какого-то года смысл русских терминов мог и измениться...

signature
1. 1) подпись autograph signature, manual signature — собственноручная подпись fictitious signature — поддельная подпись specimen signature — образец подписи to deny one's signature — отказываться от своей подписи to disown one's signature — снять свою подпись to authenticate a signature — удостоверить подпись to affix one's signature — поставить подпись to bear the signature (of) — быть подписанным ( кем-л. ) over the signature — за подписью to forge smb.'s signature — подделывать чью-л. подпись to scrawl one's signature — наспех расписаться, "нацарапать" подпись
2) характерная черта; нечто идентифицирующее The episode is a sort of reticent signature, like Alfred Hitchcock's appearances in his own films. — Этот эпизод является скрытым знаком, подобным появлениям Альфреда Хичкока в собственных фильмах. The Concorde's signature from a given height will be less ponderous than that of the Boeing. — Характерный след Конкорда (на экране радара) на данной высоте будет менее крупным, чем след Боинга. - signature tune
3) подписание date of signature — дата подписания ( напр. соглашения )
4) , сигнатура
5) тетрадь; сфальцованный лист
6) знаки при ключе ( указывающие тональность и размер ) There are two kinds of signature, the time-signature and the key-signature. — Имеется два типа знаков при ключе: для размера и тональности.

2.
1) ставить подпись
2) ставить сигнатуру

Так говорил Lingvo 8.0 По мне, так п.1.2 полностью передает смысл, дальше - дело фантазии и мастерского владения родным языком

Всё зависит от цели. Нужна ли краткость или важно максимально близко донести смысл термина. Если стоит задача написания статьи в русский журнал - то в скобках можно привести англоязычный вариант (это нормальная практика, например, в "Молекулярной биологии"). Если речь идёт о написании собственной диссертации - то можно использовать любые термины, но надо дать им чёткие определения (конечно, желательно не приписывать общепринятым терминам новые значения).

Всем большое СПАСИБО за помощь!

Nastja, а о чем та книжка была?
Термин "сигнатура" мне тоже встречался, но не в биоинформатике.

Здесь, по моему, сигнатура не подходит.. Здесь именно имеется в виду уникальный участок сиквенса. Мотив не подойдет тоже - у него вполне точное определение. Консенсус тем более. Два последних - есть результат сравнительного анализа и показывают наличие сходных структурных/строчных характеристик. А signature это скорее противоположное понятие.

Я предлагаю термин "характеристическая подстрока". Конечно, звучит слишком сухо, но зато более-менее точен.

SP: это была достаточно популярная книжка, но со ссылками на нормальные научные работы - называлась что-то типа "от структуры к синтезу белка", на неделе посмотрю точнее и отправлю Вам ссылку мылом...

To Nastja
OK. Спасибо. Жду.

To Zvezdochet
Я посмотрела в русскоязычных журналах. Там проходит и "мотив" и "консенсус" и т.п. Только надо указывать, что это мотив семейства. Например, "мотив пероксидазы".

Уважаемая SP,
Консенсус определяется как результат алайнмента, либо строчного, либо структурного. Я бы его не советовал использовать. А то что проходит он иногда в журналах - это не показатель.

У мотива определение более расплывчитое. Но очень часто его привязывают к конкретной функции белкового семейства/структурного класса (с чем я лично не согласен и пытаюсь определять "структурные мотивы"). На мотивы могу кинуть "классические" статьи. ;-)

Я что-то не понял в чём принципиальная разница между "уникальным участоком сиквенса", характерным для семейства белков и "наличием сходных строчных характеристик" у белков семейства? Не является ли первое частным случаем второго??? А разве выявление "уникального участка сиквенса" не может быть сделано путём выравнивания??? Пожалуйста, поясните свои утверждения.

To daniil_naumoff и Zvezdochet

Ну уж нет Вот этот кусок намного непонятнее!

Это как это "противоположное"?
Если для мотивов и консенсусов - "строчность/структурность", то для сигнатур "колоночность/хаотичность" что ли?

Кстати, а что вы скажете о таком разделе поиска на http://www.ebi.ac.uk/ как "Protein signatures"? В этом разделе ищут ЛЮБЫЕ мотивы, консенсусы и т.п., взяв в качестве ключа их индекс по базам Prosite, Pfam или SMART. Следовательно, слово signatures в данном случае используется как обобщающее название характерных участков сиквенса.

amidase signature family - Семейство с характерным для амидаз мотивом

SP,

мне кажется, что Zvezdochet понимает под "signature" совсем другую вещь, чем Вы. Возможно, что в литературе этот термин имеет существенно разные определения.

Я думаю, что вполне достаточно подходящих Вам терминов и без него: мотив, консенсус, профиль, паттерн...

То daniil_naumoff, SP:

Ну что, буду по порядку.

1) Понятие signature молекулярного обьекта/семейства обьектов в молекулярной информатике (т.е. не только bioinformatics но и chemoinformatics) определена достаточно строго как вектор of features который позволяет однозначно распознать данный обьект/семейство среди набора обьектов/семейств. В вашем случае, SP, данный вектор of features есть набор подстрок общий для данного семейства, уникальный для данного семейства.

2) Мотив обычно характеризует определенную функцию семейства. Однако, во-первых такая функция может присутствовать ив других семействах. В таких случаях мотив не уникален и не может называться signature данного семейства. Во-вторых, когда смейство многофункциональное, оно будет содержать более чем один мотив (хотя по прежнему одну signature). Наконец, существуют участки сиквенса специфические для данного семейства не связанные с каой либо из известных функций семейства. Такие участки не попадут в мотив, но опять таки попадут в signature.

3) Понятие консенсуса - это формальное понятие в методах алайнмента и употребляется только с этими методами. Консенсус (а) зависит от испольуемого метода алайнмента (б) не всегда есть набор общих для семесйтва подстрок (т.к. нахождение махимальной обще подстроки есть только один из частных случаев задачи алайнмента). Т.е. в консенсусе могут содержаться позиции осутствующие в некоторых строках семейства.

Исходя из выщесказанного, хочу попробывать еще раз отговорить вас от использования консенсуса ;-) Из вариантов перечисленных Даниилом, самый лучший это - паттерн. Ну и если уж совсем хочется, можно мотивом назвать.

To daniil_naumoff
Я именно так и понимаю: как термин имеющий много определений. Но в данном случае я докапываюсь до одного из таких определений.

To Zvezdochet
Классно!!! Вот это именно то, что МНЕ надо (это КРОМЕ всякой статьи, с которой я наконец расправилась [За что всем еще раз - Спасибо за помощь!] и уже сдала ее шефу. Мы взяли - "мотив семейства" и как вариант выбора - "паттерн семейства". "Профиль" в нашем случае не подходит).

Я пыталась сформулировать все эти понятия самостоятельно. Но не все удалось объяснить словами. Как умный студент или пёс: все понимаю, а сказать не могу
Где Вас так хорошо научили? А без шуток - откуда эти определения терминов?

To SP: Насчет где вас так хорошо научили ответ простой: сказалось формальное образование математика. Даже полуформальные определения терминов взять неоткуда. Формулировал сам, на основе прочитанного материала. Да, в птинципе, систематизации биоинформатики как научного направления, с устаканенными концепциями и гипотезами, ждать еще как минимум лет 20 нужно.. 20-30 лет для науки - это еще даже не колыбельный возраст. Поэтому и такая куча-мала с определениями.. ;-)