В заявке чётко указываете, что ни под каким видом не собираетесь оставаться. Документы (виза и прочие вещи) их абсолютно не интересуют. Учтите, однако, такое у них есть ещё условие, что краткосрочная стипендия не может рассматриваться как пристыковка к уже ранее начавшемуся нахождению в стране, где лаборатория, ни с той, ни с другой стороны. У меня ДО стипендии была дырка примерно 3,5 месяца, а после - 2,5 года. А у Вас? Вы ведь должны в CV писать где Вы были до того (ну, например, где Вы в момент подачи заявки и куда корреспонденцию слать).
Отчёт вообще говоря можно не слать... если Вас не интересует результат.
Я послал года через два, когда руки до него дошли. Мотивировал тем, что лучший отчёт - это статья, вот я, типа, ждал, пока она выйдет (не забудьте только указать EMBO в благодарностях!). Её и приложил, а кроме сопроводительного письма больше не парился. Послал по электронке. Мне немедленно прислали почтой сертификат, подтверждающий что, всё ОК. Без сертификата вроде как считается, что у Вас стипендии не было, а его выдают после получения отчёта. Мне, правда, это не мешало везде указывать в течение двух лет, что у меня была такая стипендия.
В общем, когда посылал отчёт, прочитал проект.... чуть не помер со смеху... такой вялый и непрофессиональный кажется по прошествии лет...

Зато видно, что сам писал...
А вот то, что в лаборатории, куда Вы собрались, Вы уже бывали и оттуда есть хорошая рекомендация - это очень здорово. Лаборатории Вы скорее всего никак навредить не можете. Можете себе (теоретически), но как это реализуется практически - мне не ведомо...
Удачи!
Ах да, учтите, что денег они Вам пришлют так недели через две-три после того как начнётся стипендия (по дате въезда в страну пребывания) и Вы им сообщите, что мол, типа, прибыл, вот мой счёт в банке. Заранее они ничего не перечисляют. Мне, ехавшему из России и покупавшему билеты на самолёт за свои это было жутко неудобно.