Framsticks! Настойчиво рекомендую (это не реклама, клянусь... выходные пролетели как одна секунда) Я ваще-то долгие годы коллекционировал A-Life софтуху, моделирующую эволюционные процессы, но такой шедевр трогал в первый раз. Обычно в прогах такого рода чрезмерно упрощенно подают связь генотипа с фенотипом и взаимодействие фенотипа со средой - во Фреймстиках этот проблемс решен, хотя и несколько прямолинейно Софт и описание лежат тут:
...http://www.frams.alife.pl

Баловство это все, ИМХО. Система излишне усложнена в угоду развлечению и в ущерб собственно моделированию эволюции. Что мешает им жить в двухмерном мире? Эх, времени нет, а я ведь давно уже хочу сделать модель эволюции наподобие моих размножающихся программок (см. форум давно) в одном измерении. И нафиг нужна непрямая связь между фенотипом и генотипом? В таких моделях, ИМХО, лучше всего, чтобы фенотип с генотипом просто был одним и тем же.
Нет, я когда-нибудь это сделаю, точно говорю.

Дим, ну так программок таких завались, где генотип и фенотип одно и то же. Таким софтом фигово open-ended evolution моделировать, или результаты моделирования слишком абстрактые. А то, что ты хочешь сделать - ну так это напоминает уже существующую Терру, которую трудно переплюнуть

"...Что мешает им жить в двухмерном мире?..."

Постановка задачи Мужики же писали это дело под грант Bioinspired robotics, потому тут все в 3D и среда моделируется поближе к реальной