Электроника высокопроизводительных сортеров: влияние на точность сортировки.
Успех сортировки связан с точностью детектирования каждой клетки, а значит, зависит от возможности электроники различить каждую клетку и адекватно рассчитать и представить числовые данные по ее сигналу. О качестве сортировки можно судить по характеристикам проведенной сортировки: выходу продукта сортировки и ее чистоте.
В двух предыдущих публикациях мы рассказали об уникальных характеристиках электроники сортеров MoFlo Astrios EQ и MoFlo XDP производства Beckman Coulter (далее MoFlo) и о схемах обработки сигнала в этих и в других сортерах. Данная публикация завершает цикл об электронике высокопроизводительных сортеров, в ней рассмотрено влияние электроники на выход и чистоту сортировки на MoFlo в сравнении с другими сортерами.
На рисунке показаны экспериментальные данные влияния электроники на выход, чистоту и скорость сортировки при разной скорости событий. Сортеры MoFlo практически не теряют события, выход сортировки высок (Рис. А). Чистота сортировки на MoFlo – 99% (Рис. Б). В сортерах MoFlo увеличение скорости событий не оказывает негативного влияния на выход и чистоту сортировки. В других же сортерах при увеличении скорости событий число потерянных событий Hard Aborts из-за невозможности детектирования электроникой (Рис.А) растут. Потери растут по экспоненте и становятся критичными, начиная с 20 000 событий в секунду. Соответственно, эффективность сортировки резко падает, а значит, падает выход сортировки. Чистота сортировки у других сортеров при невысоком числе событий в секунду ниже, чем у MoFlo и составляет около 95% и снижается до 80% при 60 000 событий в секунду (Рис.Б). Это происходит вследствие значительного увеличения числа недетектируемых событий, которые попадают отсортированный образец. Скорость сортировки у MoFlo значительно выше, чем у других сортеров. При скорости событий 10 000 событий в секунду скорость сортировки MoFlo - 6,7 сортировок в секунду, а у других сортеров – 1,7. При скорости событий 48 000 событий в секунду MoFlo осуществляет 10 сортировок в секунду, а другие сортеры – 2,5 (Рис. В). Таким образом, MoFlo сортирует 5 000 клеток за 53 минуты, что в 3 раза быстрее других сортеров (3 часа 20 минут). Описанные данные и данные по сортировке микрочастиц, лизированной крови с протоколами и гистограммами с анализом сортировки можно посмотреть в статьях о сравнении возможностей анализа и сортировки на разных сортерах.
В сортерах серии MoFlo происходит точная регистрация сигнала от каждой клетки, что демонстрируют экспериментальные данные. Высокие выход, чистота отсортированного материала, скорость сортировки MoFlo при любой скорости событий вплоть до максимальной заявленной являются следствием улучшенной электроники прибора. Это обеспечивает точность сортировки, независимо от яркости флуорохромов, концентрации сортируемой популяции и скорости событий.
Рисунок. А. Зависимость числа потерянных событий из-за невозможности детектирования электроникой (Hard Aborts) от скорости событий. Б. Зависимость чистоты сортировки от скорости событий. В. Зависимость скорости сортировки от скорости событий. Экспериментальные данные, полученные при сортировке пяти образцов цельной крови с разной концентрацией клеток на сортере MoFlo и на другом сортере.
Компания Beckman Coulter рада представить вашему вниманию сортеры клеток MoFlo XDP и MoFlo Astrios EQ. Запишитесь на демонстрацию приборов в Москве, Санкт-Петербурге или Новосибирске прямо сейчас!
Для записи на демонстрацию и подробного ознакомления с материалами по данной теме, обращайтесь, пожалуйста, заполните форму и мы обязательно свяжемся с Вами.
В связи с широким распространением вируса Эбола (БВВЭ) издаельство AAAS открывает исследователям и широкой общественности свою подборку специальных выпусков журналов Science и Science Translational Medicine, посвященных инфекционным заболеваниям. В частности, и вирусу Эбола. http://www.sciencemag.org/site/extra/ebola/
Как составную часть серии Руководства по животноводству и ветеринарии, ФАО недавно опубликовала книгу «Криосохранение генетических ресурсов животных». Это издание на 203 старницах в логической хронологической последовательности описывает процесс создания программы криосохранения генетических ресурсов животных, начиная с процесса утверждения решения по выполнению программы криосохранения. Обосновывается задача создания учреждений, необходимых для того, чтобы соответствовать выбранным целям сохранения. После этого дается обзор типов гермоплазмы, которые могут быть подвержены криосохранению, технических деталей относительно материальной основы, требуемой для установки генного банка и объема зародышевой плазмы, необходимой для того, чтобы добиться достаточной генетической изменчивости. Потом разъясняются принципы криосохранения с биологической точки зрения, и обсуждаются процедуры криосохранения на примере различных видов и типов ткани. Основная часть пособия заканчивается главами по санитарным мерам, управлению данными, юридическим вопросам и наращиванию потенциала. В приложениях даны подробные вспомогательные документы, описывающие оборудование и реактивы для сбора и криосохранения различных тканей в случае с различными видами животных. Смотрите http://www.fao.org/docrep/016/i3017e/i3017e00.pdf (3.6 MB) или пишите по адресу: DAD-IS@fao.org , если желаете заказать книгу, при этом просьба указать полный почтовый адрес (при заказе более одного экземпляра просьба указать, с какой целью).
Электронный архив научно-технической редкой книги http://www.vlibrary.ru/ Государственная публичная научно-техническая библиотека России представляет проект Электронный архив научно-технической редкой книги. Целью проекта является возращение в научный оборот редких изданий и обеспечение доступа всех заинтересованных пользователей к широкому кругу первоисточников, раскрывающих историю науки, техники и технологий России. Проект реализован при поддержке Министерства образования и науки Российской Федерации и с технологической помощью ООО "Ксерокс (СНГ)".
Что можно найти в архиве?
Электронный архив содержит полные тексты книг из фонда редких изданий (ХIХ - начало ХХ вв.) ГПНТБ России по различной тематике, доступные для поиска и просмотра для зарегистрированных пользователей. Регистрация для пользователей – бесплатная и не предполагает каких либо обязательств, кроме соблюдения авторских и других прав в соответствии с Гражданским кодексом Российской Федерации. Если Вы зарегистрированы как пользователь Научной электронной библиотеки ГПНТБ России, то эта регистрация также может быть использована и в Электронном архиве. Обратно – если Вы зарегистрируетесь как пользователь Архива, Вы сможете использовать эти данные для доступа к Научной электронной библиотеке.
По состоянию на 1 октября 2010 Электронный архив содержит следующие коллекции: Архитектура и строительство География и геология Дорога в космос Машиностроение Транспорт Химия
Электронный архив постоянно обновляется. Среднее количество новых поступлений от 30 до 300 в месяц.
При использовании Архива надо иметь в виду, что скорость раскрытия полного текста может существенно зависеть от размера книги, скорости канала и загруженности системы.
Вы можете заказать репринт любой книги из Электронного архива. Стоимость репринтов, сроки выполнения заказа и способы доставки можно узнать, послав заявку по адресу reprint@gpntb.ru
Издательство InTech (Open Access Company) опубликовало в открытом доступе два сборника: Current Frontiers in Cryobiology. Edited by Igor I. Katkov http://www.intechopen.com/books/current-fr...-in-cryobiology Current Frontiers in Cryopreservation. Edited by Igor I. Katkov http://www.intechopen.com/books/current-fr...ryopreservation Редактор сборников, Катков Игорь – талантливый биофизик из Харькова, уже много лет работающий в США, объединил в сборнике методические и концептуальные работы ученых из 27 стран. В книгах рассмотрены недавно появившиеся практические протоколы замораживания гамет, эмбрионов, стволовых клеток, есть главы по криобиологии растений. Книги будут интересны не только криобиологам. 1-й том: февраль 2012г., стр. 574, 2-й том: март 2012г., стр. 462, язык английский.
Вышла в свет книга: «Малый практикум по генной инженерии», написанную преподавателями кафедры генетики и селекции Санкт-Петербургского государственного университета (Матвеевой Т.В., Богомазом Д.И., Лутовой Л.А).
В первой части книги в лаконичной форме представлены основные сведения о ферментах и базовых методиках генной инженерии. Вторая часть книги посвящена описанию серии лабораторных работ, целью которой является ознакомление студентов с методами генной инженерии в ходе выполнения цельного эксперимента. Кроме того, книгу можно рассматривать, как справочник, в котором приведены базовые работающие методики выделения ДНК, ПЦР, очистки ПЦР продуктов на геле, клонирования, секвенирования, анализа готового сиквенса.
Объем книги составляет 51 страницу, книга содержит цветные иллюстрации. Заказать пособие можно по электронной почте beagle07@bk.ru.
Распространенность жизни и уникальность разума? Мосевицкий М.И. ПИЯФ РАН; 2008; 235стр.; ISBN: 5867632032
http://mimreur.ucoz.ru/_ld/0/2_ilc.pdf
В 2008 году вышла замечательная книга. Автор книги Мосевицкий Марк Исаакович – главный научный сотрудник Отделения молекулярной и радиационной биофизики Петербург. института ядерной физики, доктор биологических наук, профессор. В настоящее время основной областью его научных интересов являются молекулярные механизмы обучения и памяти. Книга емкостью в 200 страниц кажется необъятной, потому что разворачивает картину мира от живой клетки до масштаба Вселенной.
В издательстве Бином вышел перевод IX издания книги Б.Льюина "Гены" (перевод IX издания книги Б.Льюина "Гены"). Страниц: 896, цена: 1 874 руб. Предыдущее издание на русском (II) было аж в 1987, так что учебник сильно обновлен. Поскольку первый тираж всего 500 экз, следующий будет довольно скоро и к его выходу хотелось бы исправить обнаруженные опечатки и ошибки. Пожалуйста, направляйте любые замечания по тексту книги на адрес lewingenes@gmail.com
Уважаемые форумчане! Ко мне обратился Др. Хонг из Спрингфилда. Он занимается базами данных по европейской флоре, и не может никак найти несколько российских региональных флор. Вот список: ===
Босек, П.З. Растения Брянской области [Текст]: справ. пособие / П.З. Босек, Всерос. о-во охраны природы. – Брянск: Приок. кн. изд-во, 1975. – 463 с.
Дакиева М. К. Флора республики Ингушетия и её анализ: Автореф. дис. … канд. биол. наук. – Ставрополь, 2003. – 23 с.
Определитель растений Кировской области. Киров,1975
Полуянов А. В. Флора Курской области. – Курск: Курский ун-т, 2005. – 264 с.
Аверкиев Д.С., Аверкиев В.Д. Определитель растений Горьковской области. Горький, 1985. 320 с.
Камышев Н.С., Хмелев К.Ф. Растительный покров Воронежской области и его охрана. - Воронеж: Изд-во ВГУ, 1976
=== Может быть, у кого-нибудь есть эти книги? Может быть, кто-то сможет их отсканировать или перефотографировать? Это будет выгодно всем, потому что мы тогда пополним библиотеку "Флора и фауна" этими работами (кстати, он уже передал туда две книги из своих архивов). И еще он спрашивает, существуют ли "Флоры", определители или просто список видов (чеклисты) для вот этих регионов: === Адыгея Чечня Дагестан Кабардино-Балкария Калмыкия Карачаево-Черкессия Костромская область Краснодарский Краснодарский край Ненецкий АО Северная Осетия Новгородская область Орловская область Ростовская область Самарская область Смоленская область Владимирская область Волгоградская область === Прошу разместить эту просьбу на "Плантариуме".
Коршиков И.И. Популяционная генетика и репродуктивная биология сосны крымской. Донецк, 2010. – 244 с.
На примере сосны крымской (Pinus pallasiana D. Don) показана применимость изоферментных маркеров: в исследованиях популяционно-генетического разнообразия, временной и пространственной дифференциации генофонда; в анализе взаимосвязи моногенных и полигенных количественных признаков; системы скрещивания и филогенетических отношений с другими видами сосен; в прогнозировании использования генетических маркеров в плюсовой селекции. Для биологов, селекционеров, специалистов лесного хозяйства, преподавателей и студентов вузов.
Появилась уникальная возможность стать обладателем одного из последних экземпляров книги "Молчание генов", вышедшей в 2009 году. "Молчание генов" является первым русскоязычным изданием, в котором столь полно приведены систематизированные материалы, относящиеся к эффекту РНК-интерференции. Оно может рассматриваться в качестве справочно-учебного пособия и предназначается преподавателям, студентам биологических специальностей, научным сотрудникам и всем, кто интересуется современным взглядом на процессы РНК-опосредованного ингибирования экспрессии генов.
Книга издана в формате А4, в мягком переплете, содержит цветные иллюстрации, общий объем 309 с.
В книге подробно описаны механизмы РНК-опосредованной регуляции экспрессии генов в растениях и у животных. В экспериментальных разделах книги представлены результаты работ зарубежных и российских ученых по использованию технологии РНК-интерференции для прикладных нужд. В некоторых главах приведены методики исследований.
Заинтересовавшимся обращаться на адрес эл. почты: dim_04@rambler.ru.
Издан сборник материалов заочного симпозиума по общим проблемам биологии:
Фундамент биологии: общая теория, философия и методология. Сборник материалов I заочного симпозиума. - Ростов-на-Дону, 2010. - 142 с.
Настоящее издание представляет собой сборник научных трудов – материалов первого заочного симпозиума, посвященного фундаментальным проблемам биологии и вопросам философии биологии. Освещен круг вопросов, касающихся проблем формирования понятия «жизнь», истории и философии биологии, методологических ошибок в биологии, построения теоретической биологии и моделирования биологических процессов. Книга предназначена для широкого круга читателей – биологов, физиков, химиков, математиков, философов.
С.И. Глейзер Теоретическая биология, происхождение жизни и концепция симхиона
И.Н. Ильин «Философия» методологии изучения экологии обрастания в пелагиали Мирового океана, или чему учат ошибки методик и критики результатов экологических исследований
В. В. Матвеев Революция в физиологии клетки?
О.Г. Макеев, П.А. Ошурков, И.В. Гаврилов, Н.Н. Ванчугова, В.А. Буханцев, И.Х. Измайлов, Е.В. Глуханюк, М.А. Ошурков, В.В. Минин, Е.И. Довженко, А.В. Глуханюк Математический алгоритм определения уровня повреждения мембран и протекторной активности исследуемых препаратов по результатам измерения индуцированной хемилюминесценции плазмы крови (Англ.)
С.Х. Урынбаев О работе мозга в общем виде
М.Р. Шагиахметов Системный взгляд на естествознание и философию, на эволюцию человека и природы
Заказать сборник можно по электронной почте (aav@bk.ru), тема письма "заказ". Стоимость экземпляра сборника (без учёта стоимости почтовых услуг) – 150 руб.
У меня новость! Как известно, электронной версии Ботанического журнала не существует, по крайней мере на сайте журнала таковой нет. С другой стороны есть большая потребность ботанической общественности к статьям из этого журнала, особенно из старых номеров, которых редко найдешь в библиотеках или не у всех есть доступ. Так вот, мы обратились в редакцию журнала с просьбой самим начать сканировать старые выпуски и выкладывать в свободный доступ. Получили непосредственно от самого Р.В. Камелина поддержку и одобрение этой идеи! Базой для размещения этих номеров предполагается сервер библиотеки Удмуртского госуниверситета (этот вопрос будет еще урегулироваться).
Теперь вопрос номер два и еще более трудный! Это о самом сканировании журнала. Во-первых, в нашей библиотеке есть далеко не все номера (я уточню что есть), особенно довоенные. Во-вторых, одному-двум энтузиастам это не осилить. Поэтому я обращаюсь ко всем заинтересованным лицам у кого есть Ботанический журнал и кто бы смог отсканировать хотя бы несколько номеров. Как вы понимаете, с мира по нитке - голому рубаха! Со всеми предложениями обращайтесь ко мне.
Надеюсь на вашу помощь!
P.S.
Большое спасибо за содействие Барановой Ольге Германовне, обратившейся с просьбой о сканировании журнала к Р. В. Камелину.
Полностью выложены тома 1, 5/2 и 6 "Жизни растений" под редакцией Армена Леоновича Тахтаджяна (и примерно по четверти 4-го и 5/1-го томов). Книга выкладывается на вики, так что можно править текст без участия администратора.
Оглавление "Жизни растений" (красные ссылки - ещё не готовые страницы, синие - страницы готовы) находится по адресу: http://molbiol.ru/wiki/(жр)_ОГЛАВЛЕНИЕ
Для всех иллюстраций: если кликнуть по картинке, то откроется вариант в высоком разрешении.
Авторы книги: К. В. Киселева — старший научный сотрудник ботанического сада биологического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова С. Р. Майоров — старший научный сотрудник кафедры высших растений биологического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова В. С. Новиков — профессор, директор ботанического сада биологического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова Т. И. Варлыгина — старший научный сотрудник ботанического сада биологического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова (семейство Орхидные) Н. Б. Октябрева — старший научный сотрудник ботанического сада биологического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова (семейство Крестоцветные) А. В. Щербаков — старший научный сотрудник кафедры высших растений биологического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова (водные растения)
Настоящее издание предназначено для определения растений средней полосы европейской части России. В нем содержатся описания более 2000 видов из примерно 750 родов и 100 семейств. Для каждого вида указаны морфологические особенности, условия произрастания, распространение, сроки цветения и плодоношения. Приведены определительные таблицы и ключи. Особую ценность представляет иллюстративный материал: более 200 черно-белых штриховых рисунков и 1100 цветных фотографий, сделанных профессионалами-флористами в природных условиях.
«Атлас-определитель» рекомендован для использования в качестве учебного пособия на практических занятиях по ботанике для студентов биологических факультетов университетов Ученым советом биологического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова.
Книга предназначена для биологов, специалистов лесного и природоохранного ведомств, ландшафтных дизайнеров и озеленителей, а также широкого круга любителей природы.
Коллеги! Впервые в России появилась монография (а скорее даже учебное пособие), в которой всесторонне рассмотрены различные аспекты структуры и функционирования эукариотического генома в контексте хроматина. Подробно описан «гистоновый код» и его влияние на экспрессию генов. Приведены современные данные и взгляды на организацию генома в хромосомные территории и т.д. Во многом это издание не имеет не только русскоязычных, но и англоязычных аналогов. Автором монографии является зав. лабораторией Структурно-функциональной организации хромосом Института биологии гена РАН чл.-корр. РАН Сергей Разин - один из немногих в России признанных специалистов в данной области.
Желающие получить экземпляр могут заказать книгу на сайте издательства www.lbz.ru после 2 августа.
Глубокоуважаемые коллеги! В ОНТИ ПНЦ РАН (г.Пущино) вышла в свет книга "Молчание генов"(ISBN 978-5-904385), формат А4, 309 стр, цветные иллюстрации. Материал изложен максимально доступным языком. Книга в свободную продажу не поступит.
"Молчание генов" является первым русскоязычным изданием, в котором столь полно приведены систематизированные материалы, относящиеся к эффекту РНК-интерференции. Его можно рассматривать как справочно-учебное пособие для преподавателей и студентов биологических специальностей, а также научных сотрудников, интересующихся всеми аспектами РНК-опосредованного ингибирования и регуляции экспрессии генов.
СОДЕРЖАНИЕ (Главы) 1.Понятие косупрессии и РНК в растениях 2.Косупрессия трансгенов у животных 3.Метилирование геномной ДНК и регуляция экспрессии генов 4.Регуляция генома молекулами двухцепочечной РНК 5.Альтернативные структуры ДНК, расширяющиеся нуклеотидные повторы в геноме 6.Белки репарационной рекомбинации и их гены 7.Биохимические исследования РНК-интерференции 8.РНК-опосредуемое ингибирование экспрессии генов млекопитающих 9.Мобильные генные элементы, РНК-интерференция и гетерохроматин 10.Семейство рибонуклеаз III типа.Функция при ингибировании генов 11.Роль РНК-зависимой РНК-полимеразы в ингибировании генов 12.Гетерохроматин, эпигенетическое ингибирование генов, организация генома 13.Испльзование механизма ПТИГ для модификации процесса созревания плодов 14.РНКи-технологии в культуре клеток дрозофил 15.Интерференция РНК у трипаносом 16.Использование метода РНК-интерференции для скрининга функций генома круглых червей
По интересующим вопросам обращайтесь на адрес эл.почты alexeydan mail.ru