Честно говоря, когда 31.10.00 мы писали о том, что "украинский или эстонский языки ничуть не хуже немецкого..." в душе шевелилось предчуствие, чем эта фраза кончится. Предчуствие не обмануло!!! "Український варіант" английской стороны сайта появился раньше немецкого (кстати, этот факт подтверждает некоторые более общие соображения о сравнении людей из бывшего Советского Союза с остальной частью планеты).
А теперь имя героя:
Андрей Доманский andrii.domanskyi@helsinki.fi Institute of Biomedicine Department of Physiology P.O. Box 9 (Siltavuorenpenger 20 J) FIN-00014 UNIVERSITY OF HELSINKI FINLAND И в этом месте - снятые шляпы и море апплодисментов!!!
Дополнение к информации от 23.10.00 о книге Л.И.Патрушева "Экспрессия генов". В ответ на письма по поводу того, где её можно купить: сейчас книга есть в "Академкниге" на Вавилова и в издательстве Наука. Там же в издательстве работает Валентина Юрьевна (Тел. 334-98-59), которая имеет доступ к свободным экземплярам книги, так что интересующиеся могут с ней связаться.
Всякого человека тянет за предел собственной компетенции. Если раньше мы размещали на сайте то, в чём более или менее разбирались сами, то теперь попробовали написать обзор "Программы, которые хорошо бы иметь молекулярному биологу на персональном компьютере". Не без умысла, конечно. Хочется надеятся, что найдутся умные и добрые люди, которые помогут и просветят.
Мы уже писали о том, что появилась онлайн версия "Genes", Benjamin Lewin. Оказывается, что этот проект не стоит на месте. Virtual Text начал публиковать серию статей "Великие эксперимента 20 века" - серию из 100 статей, где сами авторы ключевых биологических экспериментов описывают свою работу.
Кстати, не слишком хорошая черта проекта "Virtual Text": они обещают полностью бесплатный доступ только в 2000 году.
Коллеги из Берлина предложили перевести на немецкий "английскую сторону сайта" (там только BioMail, рецепты растворов и "Расчёты"). Для этого перевода мы свели в один файл все текстовые фразы. Идея такая, что они переведут сами фразы, мы вставим их в html контекст и "немецкая сторона сайта" будет готова. Мы считаем, что украинский или эстонский языки ничуть не хуже немецкого, так что все желающие могут организовать своим соотечественникам комфортную языковую среду.
Готовится к изданию книга "ПАТОГЕНЫ НАСЕКОМЫХ: структурные и функциональные аспекты" (18 авторов из России и Израиля), Издательство М.:"Круглый год" при поддержке Фонда "Интеграция" (Москва). Фонд просит, чтобы я прислал список библиотек, институтов и т.д. (но только не частных лиц) куда можно переслать книгу (возможно бесплатно, точно не знаю). Если есть заинтересованные, то я могу внести их в список.
Некоторые главы книги (и не только) представлены на сайте лаборатории патологии насекомых (Институт ситематики и экологии животных СО РАН, г.Новосибирск).
Institute of Animal Systematics and Ecology SB RAS630091, Novosibirsk, Frunze Str.-11, Russia tel.: +7(3832) 170309; fax: +7(3832) 170973 skif@online.sinor.ru">skif@online.sinor.ru, mi@eco.nsc.ru С уважением, Глупов Виктор. Зав.лаб.патологии насекомых ИСиЭЖ СО РАН.
Если хотите лучше представить себе значение степеней десяти не поленитесь сходить на сайт National High Magnetic Field Laboratory, где представлен наш мир в различных масштабах.
Мы выделили это сообщение цветом, так как информация очень важная. На сайте запущена программа BioMail - для биологов, медиков и всех тех, кто следит за биологическими статьями по биологической или медицинской тематике. Программа абсолютна бесплатна (и останется бесплатной всегда).
BioMail периодически (от двух раз в неделю до раза в месяц по выбору) проводит поиск по заданным вами ключевым словам в PubMed - крупней публичной базе данных биомедицинских журналов и присылает по электронной почте все свежие ссылки. Письма приходят либо в html-, либо в текстовом формате. В первом случае доступны прямые ссылки на статьи, можно экспортировать ссылки в различные форматы и в личную базу данных, хранящуюся на сайте "molbiol.ru" и доступную вам с любого компьютера.
Подробнее о программе смотри в описании, которое подготовил разработчик BioMail Дмитрий Мозжерин (dim@pharm.sunysb.edu), к.б.н., Нью-Йоркский Университет в Стони Бруке.
В издательстве "Наука" вышла книга Л.И.Патрушева "Экспрессия генов" (527 страниц). Данные свежие, цитаты до 1999г. Фактически, это единственный современный учебник на русском. Первое впечатление от книги очень хорошее. "Второго" впечатления мы не стали дожидаться, так как тираж всего 660 экземпляров. Мы свой купили в "Академкниге" на ул. Вавилова (пересечение с ул. Дмитрия Ульянова). Ниже приводится аннотация из книги.
\"В монографии рассмотренны современные представления о строении и механизмах функционирования генов прокариот и эукариот, а также основные методы их исследования. Книга состоит из двух частей. В первой части обсуждаются структура генома прокариотических и эукариотических организмов, а также механизмы транскрипции, трансляции, репликации, репарации и их регуляции. Во второй части монографии рассмотрены принципы основных методов, используемых в исследовании генов. Основное внимание уделено современным методам генной инженерии. Обсуждаются наиболее важные аспекты развития современной молекулярной генетики в исследованиях направленного мутагенеза и белковой инженерии, антисмысловых РНК, рибозимов и дезоксирибозимов, трансгеноза и генотерапии, а также достижения в ДНК-диагностике и ДНК-типировании и изучении генома человека.
Для научных работников, специализирующихся в области генетики, молекулярной биологии и химии, аспирантов и студентов.\"
В разделе "Литература" в дополнению к MS Word-архиву книги А.А. Любищева "Проблемы формы систематики и эволюции организмов" появился её online вариант. Далее повторяется текст объявления от 12.09:
Аккуратный и беспристрастный анализ казалось бы общеизвестных вопросов (эволюция, систематика) открывает мир красивый и гармоничный. Посмотрите, не пожалеете. Тем, кто не слишком силен в классической биологии, мы бы советовали начинать чтение с части (II), а части (I и III) прочитать потом, когда станет ясно о чем идет речь.
Открылся раздел "Биологические и биотехнологические работы и услуги". Здесь могут разместить информацию о себе те, кто предлагает выращивание и содержание лабораторных животных и растений, синтез олигонуклеотидов и пептидов, получение поликлональных и моноклональных антител к антигенам заказчика, продукцию и очистку белков, сиквенс белков или ДНК. Короче, всё, что полезно для биологической лаборатории и может быть выполнено на стороне по индивидуальному заказу. Для представления информации достаточно заполнить короткую форму.
Раздел открылся из-за того, что появилась информация такого рода: Медико-генетический центр РАМН предлагает клеточные культуры.
Здравствуйте! Очень рад что создан такой сервер! Было бы хорошо, если вы сделаете на сервере раздел, куда все желающие могли бы присылать методы и их модификации, как стандартные, так и собственного изобретения, а вы бы их сортировали по темам. Создание такой базы данных с возможностью поиска стало бы неоценимым источником для многих исследователей. С уважением, Сергей
Добрый день, Сергей.
;
<u>Такой раздел уже создан.</u> Это весь "molbiol.ru". Идея проекта в том, чтобы в русскоязычном интернете появился общеизвестный сайт для тех, кто хочет поделиться опытом работы. Все "присланные методы и модификации" будут представлены на сайте вместе с теми материалами, которые здесь уже есть. Если потребуется, будут созданы новые разделы. Обзор новых поступлений будет публиковаться на первой странице сайта и в рассылке новостей.
<u>Отдельно об авторских правах.</u> Автор и его контактная информация обязательно будет указан во всех присланных методиках (разве что он сам по каким-то причинам попросит этого не делать). Более того, HTML-текст позволяет организовывать действительно коллективные документы, не ущемляя прав никого из участников. Даже если вы пришлёте комментарий к какой-то уже опубликованной методике, его можно вставить, не нарушая исходного текста и указав автора комментария. То есть, по крайней мере в принципе, есть возможность создавать коллективные методики и обзоры.
<u>Зачем это нужно.</u> Тем, кто начинал новую работу, знакомо ощущение беспомощности на старте, когда не знаешь, с чего начать. Разнообразие подходов больше дезориентирует, чем помогает. В этот момент одного совета опытного человека достаточно для того, чтобы почувствовать себя уверенно. А опытных людей сейчас в России очень мало. Так вот мы надеемся, что если сконцентрировать это "очень мало" со всей большой страны и из-за границы в одном место, то получится "вполне даже достаточно". Весь вопрос в том, захотят ли они, или время для таких проектов ещё не пришло.
Вышел второй выпуск "Новостей сайта". Ознакомиться с ним очень просто. Надо пройти в "архив рассылки. ", расположенный на "Subscribe.Ru". Там можно выбрать, какой именно выпуск вы хотите посмотреть.
Но все это завтра или послезавтра. Мы здесь ни при чём: Subscribe.Ru специально задерживает на пару дней появление материалов в архиве.
Специально для molbiol.ru подготовлены программы для повседневных лабораторных расчётов. Автоматизированы те вычисления, которые реально полезны в лабораторной практике.
Например, есть 25µg 18kDa белка (или 5kbp плазмиды) и нужно прикинуть, сколько это молей. Или какая концентрация получится, если всё это растворено в 150µl. Или требуется пересчитать, сколько "mol" праймера содержится в 8µl 0.1µM раствора...
Обратите внимание, программы не только проведут расчёт, но и выберут наиболее удобную единицу измерения (например, из списка "M", "mM", "µM", "nM" и т.д.). Однако, если вам нравится другая единица измерения, то программа спорить не станет и пересчитает.
Есть форма, которая поможет пересчитать OD<sub>260</sub> в концентрацию ДНК (РНК или олигонуклеотида). Она тоже умеет выбирать единицы измерения и годится для обработки не только одиночных измерений, но и серий.
И, наконец, для развлечения, перевод физических величин. Сколько миллиметров в дюйме, сколько ватт в лошадиной силе, сколько Кюри [Ci] в мега Беккереле [MBq].
О расчётах растворов уже не говорим, об этом раньше говорили (вот подсказывают, что "писали"). Кроме того, есть ещё кое-какая мелочь; посмотрите сами.
Состоялось целое обсуждение полезности такого деяния в глобальном масштабе. Высказывалось мнение, что если такие средства будут доступны, то студенты вообще ничего самостоятельно расчитать не смогут. Но вот ведь всё равно выложили, теперь посмотрим...
Все программы собранны в разделе "Расчёты". Для большинства имеется аккуратный "help".
Мы перешли на более мощный виртуальный сервер. Участники проекта получили море новых возможностей (пока, впрочем, практически не реализованных). Одна из капель этого моря - у нас невероятно вырос объём сервера. Так что мы ещё раз повторим, что готовы объединиться с биологами других специализаций. Понятно, что мы для них материалы готовить не сможем, а вот предоставить хорошо посещаемое место и привести на ресурс читателей и коллег - вполне.
А для посетителей сайта от всего этого великолепия уже есть первый подарок - заработал Форум.
Оказалось, что даже весьма заинтересованные и "внимательно просмотревшие" сайт люди довольно плохо представляют какие материалы здесь имеются. По этому поводе была существенно расширена "Карта сайта". Будем надеяться, что в новом виде она окажется не просто дублирующей навигацией, а неким миниобзором. Но если что не так (или по-прежнему мало), то пишите.
Два дня назад было обещано, что на сайте появятся новые интерактивные средства облегчающие лабораторные расчёты. Сделано! В протоколы "Электропорация" и "Трансформация бактерий" включены формы для расчета времени роста бактерий. Они позволят существенно упростить контроль оптической плотности культуры. Попробуйте - наверняка понравится. Имеется подробный Help.
Таблицы с прописями приготовления растворов солей стали настоящим web-документом. Теперь они существенно удобнее своего MS Word варианта, так как позволяют рассчитывать количество реактивов для произвольных объёмов. Все прописи буферов на сайте будут расширенны аналогичным образом. А пока идет тестирование. Так что, если возникнут проблемы или идеи, как можно сделать расчет более удобным, напишите сейчас, а то потом придется весь сайт переделывать.
Таблицы работают следующим образом: в крайнюю правую верхнюю позицию таблицы нужно ввести финальный объем раствора в "ml". После нажатия на кнопку "Расчёт" будут вычисленны веса/объёмы всех компонентов раствора для указанного вами объёма.
На странице имеется более подробный "Help".
Кроме того, появятся и другие интерактивные формы. Следите за новостями... или подписывайтесь на их рассылку.
Если вы ищете работу или сотрудника (аспиранта, студента), зайдите в раздел "Биржа труда". Для того, чтобы разместить собственное объявление достаточно заполнить форму с минимальным количеством обязательных полей.