Miroslav Dundr
(Rosalind Franklin University, Chicago, USA)
Cajal bodies act as genome organizers

Eran Meshorer
(The Hebrew University of Jerusalem, Israel)
A library of endogenously tagged fluorescent fusion proteins in ES cells reveals a novel histone chaperone involved in pluripotency and differentiation

Коллеги,
мы рады пригласить Вас к участию в уже III ежегодной международной конференции "Биотехнология. Взгляд в будущее". Конференция пройдет 25-26 марта 2014 года.

Работа конференции будет освещать следующие вопросы:

• Микробиологические производства
• Медицинская биотехнология
• Растения и микроорганизмы
• Перспективные биологически активные вещества
• Биотехнология в решении народно- хозяйственных задач<br>

Прием заявок на участие в конференции до 20 марта 2014 года. Чтобы принять участие, Вам необходимо зарегистрироваться на сайте конференции.

По итогам работы конференции будет издан печатный сборник материалов конференции. Сборнику будут присвоены: код государственной регистрации - ISBN, УДК, ББК, авторский знак. Будет произведена рассылка по библиотекам, размещение сборника материалов в Научной библиотеке http://elibrary.ru/

Организаторы конференции:

• кафедра биотехнологии Казанского Приволжского федерального университета
• сервис виртуальных конференций Pax Grid

Конференция проводится дистанционно с использованием технологии виртуальных миров, поэтому приезжать никуда не нужно. На конференции планируются онлайн устные и стендовые доклады. Для участия в онлайн сессии конференции достаточно выделить 1-2 часа свободного времени. Участники выступившие с устными и стендовыми докладами получат дипломы.

За публикацию взимается оргвзнос. Подробную информацию можно прочитать на сайте конференции или связаться с нами по email: biotech2014@paxgrid.ru

реклама



Выделение внеклеточных везикул: последние достижения и трудности

4 марта 2014, 19-00 (GMT +4)

Приглашаем Вас посетить вебинар, посвященный:

• обзору современных методов выделения внеклеточных везикул
• выделению субпопуляций
• повышению производительности выделения

Вебинар проходит на английском языке.

Вебинар ведет Winston Patrick Kuo, Ph.D., Advisory Board member for Scientific Advisory Board of Exosomics and HansaBioMed and Editor in Chief of the Journal Exosomes and Microvesicles.

Advances in EV sample preparation have not kept pace with advances in downstream analytic techniques such as dPCR and NGS, and the full potential of applying analytical methods for genomics and proteomic profiling to the detection of clinically relevant biomarkers shuttled by circulating EVs has yet to be realized. There is an urgent need for more streamlined, reliable and reproducible EV isolation approaches so that all downstream studies in the field of EVs can be more standardized and efficient. In this webinar, we will discuss the latest advances in methods regarding isolation methods as well as their advantages and disadvantages and justification in their support and the challenges that they encounter.

Для регистрации пройдите по ссылке.

Если у Вас возникли вопросы, заполните форму и мы обязательно свяжемся с Вами.

Уважаемые коллеги!

С 7 по 14 сентября 2014 г. в г. Барнауле на базе Алтайского государственного университета состоится Международная молодежная биотехнологическая школа «Биотехнология: от бактериофагов до вакцин».

Организаторы школы: Министерство образования и науки РФ, Алтайский государственный университет, ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор»

В рамках научной Школы пройдут открытые лекции ведущих специалистов в области биотехнологии из научных центров России и зарубежных стран (США, Новая Зеландия, Италия), семинары, мастер-классы и практикумы. К участию приглашаются студенты, магистранты, аспиранты, молодые ученые и преподаватели до 35 лет.

Участие в школе бесплатное. Организационный комитет оказывает помощь в бронировании гостиниц г. Барнаула.

По результатам работы Школы будет сформирован сборник материалов школы и каталог стендовых докладов участников, который будет размещен на официальном портале. Заочное участие не предполагается.

Доклады для участия не обязательны, но отбор участников Школы будет производиться по поступившим в оргкомитет эссе. Необходимо в свободной форме написать о целях своего участия в Школе.

Контакты:

• Заявки принимаются до 1 июля в электронной форме по адресу: ivanova_ka@vector.nsc.ru (Иванова Ксения Анатольевна, тел. 8 953 881 23 77)
• По всем вопросам участия в Школе обращаться к Щербакову Дмитрию Николаевичу, e-mail: scherbakov_dn@vector.nsc.ru, тел. 8 903 930 63 31
• и/или к Шелеповой Елене Владимировне, e-mail: ele-shelepova@yandex.ru, тел. 8 983 183 58

Подробная информация о программе Школы, требованиях к оформлению эссе и образец заявки в прикрепленном документе

На симпозиуме будут обсуждены следующие темы:

• Современные молекулярно-генетические методы и технологии в медицине и диагностике
• Возможности сравнительной геномной гибридизации на микрочипах (aCGH) в клинических исследованиях и диагностике
• Преимплантационная, пренатальная и постнатальная диагностика с использованием и aCGH-микрочипов высокой плотности
• Опыт применения микрочипов в молекулярной онкологии и диагностике наследственных заболеваний
• Демонстрация оборудования и программного обеспечения

Лекторы: ведущие специалисты в области молекулярной цитогенетики и клинических исследований НИИ медицинской генетики СО РАМН (г. Томск), НЦ акушерства, гинекологии и перинатологии им. В.И. Кулакова (г. Москва), компании ГенЭра и Agilent Technologies.

Место проведения: Конференц-зал НИИ медицинской генетики СО РАМН, г. Томск, Набережная реки Ушайки, 10. Регистрация в 9:30, начало в 10:00. Рабочие языки – русский.

К участию приглашаются: специалисты в области репродукции, молекулярной биологии и генетики, клинической диагностики, научные сотрудники и преподаватели высших медицинских учебных заведений и научно-исследовательских учреждений.
Участие в симпозиуме – бесплатное. Проживание и питание – за счет участников.

Желающим принять участие необходимо зарегистрироваться до 15:00 27 февраля 2014 г. В заявке необходимо сообщить: Ф.И.О., должность, организацию. Контактная информация: info@genera.ru, тел. +7 (495) 517 6214 Носков Кирилл.

17 марта, понедельник, в 15 часов состоится 70−е Баховское чтение.
Академик С. А. ЛУКЬЯНОВ.
«ФЛУОРЕСЦЕНТНЫЕ БЕЛКИ: ПРИРОДНОЕ РАЗНООБРАЗИЕ И ПРИМЕНЕНИЕ В ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЙ БИОЛОГИИ».

Зеленый флуоресцентный белок медузы Aequorea victoria (Green Fluorescent Protein, GFP) был открыт в 1962 г, но только в середине 90-х ученые осознали поистине неисчерпаемый потенциал этого белка для изучения живых систем. Будучи единственной известной генетически кодируемой флуоресцентной меткой, GFP стал незаменимым инструментом визуализации структур и процессов в живых клетках и организмах от бактерий до растений и млекопитающих.
С конца 90-х гг. наш коллектив активно включился в исследования флуоресцентных белков, результатом чего стало открытие широкого эволюционного и спектрального разнообразия белков этого семейства. В результате были открыты природные флуоресцентные белки разных цветов, от синего до дальне-красного, а также уникальные «умные» метки, изменяющие свой цвет после облучения светом, или в ответ на определенные внутриклеточные события.
Полученная богатая палитра флуоресцентных белков и сенсоров позволяет осуществлять многоцветное прижизненное мечение белков и клеточных структур, следить за динамикой функциональных процессов в норме и патологии. Фундаментальные исследования флуоресцентных белков позволили установить структурные основы их цветового разнообразия, определяющегося как химической структурой хромофорной группы, так и ее белковым окружением.
Недавно нами были открыты светозависимые окислительно-восстановительные реакции, которые проводят флуоресцентные белки как in vitro, так и в живой клетке. Эти данные позволяют по-новому взглянуть на белки семейства GFP: они представляют собой не только пассивные пигменты, способные к поглощению света и флуоресценции, но могут играть активную роль в светоиндуцируемом переносе электронов, что чрезвычайно важно для понимания эволюции и биологической роли этого белкового семейства.
http://www.inbi.ras.ru/bach/70_lecture.html
ИНБИ РАН, Ленинский проспект, д.33 к.2

---

Поблагодарили (5): NMR-guy, Dergg, xenopus, klav, ValeriaKh

Уважаемые коллеги!

Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии приглашает Вас принять участие в 14-й научной конференции молодых ученых «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и ветеринарии», которая состоится 16 апреля 2014 г. Место проведения конференции: Россия, 127550, Москва, ул. Тимирязевская, д. 42, Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии РАСХН (www.vniisb.ru).

На конференции будут рассмотрены следующие вопросы:
1. Трансгенные растения и животные:
- методы трансгенеза и мониторинга трансгенов;
- проблемы стабильной экспрессии и супрессии трансгенов;
- животные биореакторы и растения-биофабрики;
- проблемы биобезопасности, связанные с появлением генетически модифицированных организмов.

2. Молекулярные маркеры хозяйственно ценных признаков растений и животных:
- молекулярные маркеры в идентификации генотипов растений и животных;
- ускорение селекции растений и животных при помощи молекулярных маркеров;
- контроль качества продукции растениеводства и животноводства с использованием молекулярных маркеров;
- новые технологии создания ДНК–маркеров.
3. Клеточная инженерия растений и животных:
- методы культуры изолированных тканей и органов в селекции растений;
- использование методов клонирования и трансплантации эмбрионов при создании с.-х. животных с заданными свойствами.
4. Диагностика болезней с.-х. животных и растений с использованием ДНК– и РНК-технологий.
5. Перспективы создания генно-инженерных вакцин.

На конференции будет проведен конкурс устных докладов молодых ученых (до 35 лет) на лучшую научно-исследовательскую работу. В качестве наград для победителей конкурса учреждены дипломы конференции и денежные премии

Тезисы докладов будут опубликованы к началу работы конференции. С целью своевременного формирования программы и подготовки материалов в печать просим до 30 марта 2014 года подтвердить участие в конференции и выслать тезисы докладов по указанному ниже адресу электронной почты: biotech@iab.ac.ru

Телефоны для справок: 8(499)-977-31-41 (Высоцкий Денис Александрович)

Более подробная информация, а также правила оформления тезисов в прикрепленном документе.

реклама



Высокоэффективная очистка и характеризация экзосом

30 января 2014, 19-00 (GMT +4)

Приглашаем Вас посетить вебинар из цикла лекций, посвященных анализу частиц и белков. Вебинар проходит на английском языке.

Joshua T. Robinson, PhD, senior applications scientist at Beckman Coulter, will lead a live presentation on high performance exosome purification and characterization via automated density gradient, ultracentrifugation and dynamic light scattering.

The overview will include:

• current solutions to purifying and identifying exosomes rapidly and accurately
• recent applications work for improving exosome isolation using automated liquid handling and ultracentratigation
• overview of ultra-low volume, highly sensitive dynamic light scattering as a reliable and rapid option for exosome size characterization

Dr. Robinson will give a 45-minute presentation, then answer your questions.

Для регистрации пройдите по ссылке.

Если у Вас возникли вопросы, заполните форму и мы обязательно свяжемся с Вами.

БИОФОРУМ 2014 - важнейшее международное событие в области научной биологии, практическая, дискуссионная и обучающая площадка.
Пущино, 21 – 25 апреля 2014 года
http://www.bioforum21.ru/ru

---

Поблагодарили (1): criplenie

Оргкомитет по проведению XIV Международной конференции молодых учёных «Леса Евразии – Леса Украины», посвящённой 145-летию со дня рождения профессора Е.В. Алексеева, приглашает Вас принять участие в работе конференции, которая будет проходить в период с 26 по 31 мая 2014 года, на базе Национального университета биоресурсов и природопользования Украины.
В приложении пригласительный билет и анкета участника конференции.
За текущей информацией следите на сайте «Леса Евразии» http://lesaevrasii.ru

Уважаемые коллеги!

Информируем вас, что до окончания приема научных работ для публикации в официальном сборнике трудов конференции «МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА 2014» ОСТАЛОСЬ ДВЕ НЕДЕЛИ.

ОКОНЧАТЕЛЬНЫЙ СРОК ПРИЕМА ТРУДОВ — 01 ФЕВРАЛЯ 2014 г. ПУБЛИКАЦИЯ ТРУДОВ БЕСПЛАТНАЯ.

Обращаем ваше внимание, что Сборник трудов VII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2010» был аннотирован ресурсом Map of Science (Карта Российской науки Министерства образования и науки РФ).



Данные, представленные на портале Map of Science, будут учитываться при ежегодном мониторинге результативности деятельности научных организаций, который будет осуществляться согласно Постановлению Правительства Российской Федерации N 979 от 1 ноября 2013 г. федеральными органами исполнительной власти.

Научные работы, размещенные в Сборнике трудов Конференции «Молекулярная диагностика 2010», классифицируются порталом Elibrary.ru как научные публикации.

Основные темы конференции:
• молекулярные технологии в диагностике инфекционных болезней и биобезопасность
• перспективы использования методов массивного параллельного секвенирования (NGS) в клинической практике
• биоинформатическая обработка данных секвенирования геномов
• современные возможности медицинской генетики
• алгоритмы использования современных лабораторных методов в клинической практике
• молекулярная онкология
• новые направления молекулярной биологии и генной инженерии в диагностике
• фармакогенетика — от теории к практике
• молекулярно-диагностические технологии в судебной медицине и криминалистике
• инфекционные болезни животных и птиц
• безопасность продуктов питания и кормов для животных
• генетический анализ сельскохозяйственных растений
• вопросы стандартизации лабораторных исследований

Работы должны содержать конкретный фактический материал научного характера, полученный лично авторами.

Информация рекламного характера в трудах не допускается. Принимается не более 3-х работ от одного автора. Труды не редактируются, но рассматриваются рецензионной комиссией.

Подробнее о правилах оформления трудов можно ознакомиться здесь: Правила оформления тезисов для МД-2014

С уважением,
Оргкомитет конференции «Молекулярная диагностика — 2014»

Официальный сайт конференции: www.md2014.ru

Контактные лица:

По вопросам участия в научной программе: E-mail: conf@md2014.ru
Кораблева Дарья Тел. +7 (495) 974 96 46, доб. 170
Моб. +7 (926) 523 83 69
Карачарова Марина Тел. +7(495) 974 9646, доб. 1169
Моб. +7 (926) 208 39 42

По вопросам технической поддержки в случае возникновения трудностей с регистрацией, загрузкой тезисов, квитанций и пр.:
E-mail: tech@md2014.ru

Организационный комитет сообщает о планируемом Х Международном Симпозиуме «Биологическая подвижность: новые факты и гипотезы», посвященном 110-летию со дня рождения Академика Г.М. Франка, и приглашает Вас принять участие в его работе.

Симпозиум будет проходить в г. Пущино Московской области с 12 по 14 мая 2014 года. На сессиях Симпозиума будут представлены пленарные лекции (до 30 мин., включая ответы на вопросы), устные (15 мин.) и стендовые сообщения.

Официальный язык устных выступлений английский и русский, стендовых докладов - английский.

Для участия в работе Симпозиума, мы просим вас направить по электронной почте в адрес Оргкомитета (motility2014@iteb.ru) заполненные регистрационные формы до 15 февраля 2014 года и направить ваши тезисы до 1 марта 2014 года. Предварительная научная программа, регистрационная форма и правила оформления тезисов прилагаются.

Дорогие друзья!

1-6 февраля 2014 года на Звенигородской биостанции МГУ состоится очередная, 16-я по счету, Зимняя научная молодежная школа "Биология растительной клетки".



Основная направленность школы - молекулярная биология, генетика, биохимия, цитология и экологической физиология растений, а также смежные дисциплины.

Студенты, аспиранты и молодые дарования! Если вы хотите с пользой провести зимние каникулы, встретиться с именитыми учёными, узнать много нового о молекулярной биологии, генетике, биохимии, цитологии и экологической физиологии растений, поучаствовать в дискуссиях, вечерних посиделках с интересными гостями, увидеть памятники древнего Звенигорода, регистрируйтесь на нашем сайте или присылайте ваши заявки на адрес winterschool@photobiology.ru. Отбор участников осуществляется на основании присланных заявок. Участникам, прошедшим отбор, будет оплачен транспорт из Москвы до ЗБС и обратно, и проживание на биостанции.

Спешите! Мест не так много! Заявки на участие можно оставить на сайте школы

---

Поблагодарили (2): NMR-guy, papa Karlo

Уважаемые коллеги!

ПРИГЛАШАЕМ ВАС РАЗМЕСТИТЬ СВОИ НАУЧНЫЕ РАБОТЫ В ОФИЦИАЛЬНОМ СБОРНИКЕ ТРУДОВ КОНФЕРЕНЦИИ «МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА 2014»,
которая пройдет 18-20 марта 2014 г., ГК «Космос», г. Москва.

ПУБЛИКАЦИЯ ТРУДОВ БЕСПЛАТНАЯ.
ОКОНЧАТЕЛЬНЫЙ СРОК ПРИЕМА ТРУДОВ – 01 ФЕВРАЛЯ 2014 Г.

Основные темы конференции:

• молекулярные технологии в диагностике инфекционных болезней и биобезопасность
• перспективы использования методов массивного параллельного секвенирования (NGS) в клинической практике
• биоинформатическая обработка данных секвенирования геномов
• современные возможности медицинской генетики
• алгоритмы использования современных лабораторных методов в клинической практике
• молекулярная онкология
• новые направления молекулярной биологии и генной инженерии в диагностике
• фармакогенетика — от теории к практике
• молекулярно-диагностические технологии в судебной медицине и криминалистике
• инфекционные болезни животных и птиц
• безопасность продуктов питания и кормов для животных
• генетический анализ сельскохозяйственных растений
• вопросы стандартизации лабораторных исследований

Труды подаются только через сайт конференции после регистрации (загружаются через сайт в личном кабинете участника).
Труды должны содержать конкретный фактический материал научного характера, полученный лично авторами.
Информация рекламного характера в трудах не допускается.
Принимается не более 3-х работ от одного автора. Труды не редактируются, но рассматриваются рецензионной комиссией.

Подробнее о правилах оформления трудов можно ознакомиться здесь: http://www.md2014.ru/rules.php

С уважением,
Оргкомитет конференции «Молекулярная диагностика - 2014»

Дата: 21 ноября 2013 г.
МГУ, факультет биоинженерии и биоинформатики(корпус "Б"), ауд. 221, 17:00

Специальный гость компании "Токио-Боеки"

Dimitri Scholz

Director of Biological Imaging, Conway Institute University College Dublin (UCD)

Новый настольный рентгеновский микроскоп.
Сравнительный анализ и перспективы современной микроскопии

Самое досадное в световой микроскопии – это ограничение разрешения на самом интересном месте, поскольку длина волны видимого света сопоставима с размерами клеточных органелл. Практические границы латерального (XY) разрешения составляют около 200 нм (5 линий на микрон) для видимого света и идеальной оптики (Аббе). Это серьезное ограничение для биологии клетки, размер которой составляет около 10-20 мкм, то есть всего 50-100 линий разрешения. Таким образом, мы можем различить около 2,000-8,000 деталей в клетке среднего размера и всего около 20 - в бактерии. Однако, мы обычно мы не достигаем даже этих скромных цифр, особенно если критерий Никвиста для цифрового детектора не был соблюден. Несколько современных подходов позволяют обойти предел Аббе, но не бесплатно. Микроскопия в просвечивающем мягком рентгеновском диапазоне 2-4 нм позволяет изучать монослой клеток in vitro без разрезания и высушивания. Контраст возникает за счет поглощения атомами углерода. Улучшение разрешение с 200 до 20 нм позволяет различать практически все клеточные органеллы, включая рибосомы и микротрубочки. В настоящее время самым надежным источником мягкого рентгена является синхротрон. С другой стороны, рентгеновская оптика дорога и малоэффективна. С третьей, поле зрения составляет 20-30 микрон. Нам удалось найти принципиальное решение всех трех проблем

---

Поблагодарили (2): Vadim Sharov, NMR-guy

Дата: 20 ноября 2013 г.
МГУ, Биологический факультет, ауд. 359, 17:00

Специальный гость компании "Токио-Боеки"

Pernette J. Verschure

Swammerdam Institute for Life Sciences
The Netherlands Institute for Systems Biology
University of Amsterdam

Functional organization of the genome and its epigenetic
state studied in engineered mammalian cell systems

Chromatin-mediated epigenetic gene regulation is crucial for cellular identity in higher eukaryotes. The epigenetic state plays an important role in directing gene expression variability, achieving long-lasting, unperturbed expression states. Epigenetic regulation can be dynamic, occurring as (transient, stochastic) oscillations in different cells in a clonal population (due to inherent ‘intrinsic’ noise). This dynamic nature explains the lack of conclusive understanding of epigenetic regulation since most observations assume cells are in phase and are based on cell-population averages. We use engineered mammalian cell systems allowing to modulate the (epi)genetic state at a single gene locus at predefined regions of the genome and measure input-output relationships of (epi)genetic regulation in multiple cells in a population. We developed techniques allowing systematic, quantitative measurements of changes in the transcription rate as function of the epigenetic chromatin state in single living mammalian cells with high precision and real-time and high-resolution microscopy combined with stochastic modeling-technology adding variable levels of epigenetic regulatory complexity. Our approach of modeling and quantitative sampling in designed mammalian cell systems is proof-of-principle to understand complex epigenetic regulatory behavior and opens an unexplored field of research with great potential for medicine.

---

Поблагодарили (1): Vadim Sharov

Дорогие друзья,
Хотим обратить ваше внимание на то, что заявки на научно-образовательную школу «Современная биология & биотехнологии будущего 2014» принимаются до 7-ого ноября! Обучение бесплатное!

Если вы биолог, химик, физик, медик, фармацевт или кто-то еще, не упустите возможность узнать о прорывах и тенденциях в фундаментальной и прикладной науке и посетить множество интерактивных занятий.

Подробнее узнать, что будет на школе, и зарегистрироваться можно, и у нас на сайте: http://winter.futurebiotech.ru/

Ждем вас!

31 октября центр Digital October организует лекцию-телемост c Евгений Куниным – самым цитируемым ученым с постсоветского пространства (его индекс Хирша – 133) и одним из «10 русских ученых, завоевавших мир», по версии Forbes.

C 1991 года он занимается сравнительной геномикой в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) – ключевой организации по обработке данных молекулярной биологи, входящей в систему Национальной медицинской библиотеки США.

В 2011 году, опираясь на собственные данные и анализ исследовательской литературы, он представил монографию «Логика случая: природа и истоки биологической эволюции», в которой убедительно показал, что генетический код произошел случайно, указал на значение и место неопределенности в эволюционных событиях и описал детальную и последовательную картину происхождения и развития жизни на Земле.

Некоторые рецензенты оценили работу как «”Краткую историю времени” Стивена Хокинга, только про эволюцию», а российские ученые попробовали запустить перевод и издание книги своими силами, когда оказалось, что никто пока не взялся напечатать ее на русском.

Вот, что рассказал Knowledge Stream об исследованиях собственных и своих коллег сам Евгений: «При том, что открытые Дарвином принципы сохраняют фундаментальное значение, массовое определение полных геномов микроорганизмов обнаружило новые эволюционные явления... Исследование неклеточной части их мира — вирусов — открыло поразительное геномное многообразие и высокую скорость изменчивости. Все более очевидно: непрерывная «гонка вооружений» между вирусами и их клеточными хозяевами является одной из главных движущих сил в эволюции геномов».

В ходе лекции он постарается показать, что:

процесс закрепления мутаций в значительной мере случаен,
а процесс геномной и фенотипической изменчивости, наоборот, включает существенный адаптивный аспект
и расскажет о чрезвычайно важных, но редких эволюционных событиях, а также редуктивной эволюции.

Участие бесплатное благодаря генеральному партнеру проекта – компании «Ростелеком». Регистрируйтесь и приходите в центр Digital October.

В организации лекции команде Knowledge Stream помогают проект «Биотехнологии будущего» и ОАО РВК.

http://knowledgestream.ru/ru/lectures/70#sheduled

---

Поблагодарили (1): Mike Shelk

Predicting Pests & Disease in European Forests

Original Sokos Hotel Kimmel Itäranta 1, 80100 Joensuu, Finland

http://www.sokoshotels.fi/hotellit/joensuu/kimmel/

Wednesday 19th to Thursday 20th February 2014


- Do you need to predict tree pests & diseases for planning, investment, monitoring?

- Do you need reliable models with assumptions and outputs that you recognize?

- Do you need information on invasive forest pests & pathogens under climate change?

This workshop introduces models to predict the spread of invasive pests and diseases that have been developed and tested over three years through the collaboration of pathologists, entomologists and mathematical modellers in ISEFOR*. Model developers will demonstrate and explain the structure of the models: inputs, outputs and rules. You will have time for discussion about assumptions and describe your first impressions of the predictive facility of the models. You will work with the models, get to know them and derive your own output. The 8-hour workshop is programmed over two days to allow informal time for you to discuss model predictions and your needs with ISEFOR researchers and colleagues.

Disease models include:
1. Pinewood nematode Bursaphelenchus xylophilus
2. Ash dieback, Chalara fraxinea
3. Pine pitch canker, Fusarium circinatum
4. Dothistroma needle blight, Dothistroma septosporum
5. Siberian moth Dendrolimus sibiricus
6. Emerald ash borer, Agrilus planipennis
7. Alder phytophtora

Contact Colette Jones to book your place at the workshop c.d.jones@abdn.ac.uk

This is the final workshop from the ISEFOR research project 2010-2014. ISEFOR researchers have worked together over three years analysing threats to European forests from invasive pests and pathogens, including alien organisms, vulnerable hosts, trade pathways for disease spread and the use of sentinel tree nurseries in China. More information is available at http://www.isefor.com/

*ISEFOR is a consortium of researchers funded by European Union Seventh Framework Programme

FP7 2007-2013 KBBE 2009-3 under grant agreement 245268; project coordinator Professor Stephen Woodward; administrator Dr Colette Jones c.d.jones@abdn.ac.uk

Modelling invasive pests & disease in European forests Workshop 19th-20th Feb 2014

Cellular automaton (CA) modelling

The workshop presents models developed by Prof Timo Pukkala and Timo Möykkynen at the

University of Eastern Finland. These are cellular automata models (CA), used commonly to simulate

the spread of forest fires and city expansion. CA models are cell-based with temporal and spatial

aspects. Every cell has a discrete state that depends on the states of neighbouring cells. States are

updated in discrete time steps according to fixed rules.

Selection of pests and diseases in ISEFOR

The disease-causing species that are modelled in ISEFOR were selected because: they are invasive; cause serious damage; environmental requirements are known; occurrence maps of host species are available; show a range of spread mechanisms; they permit different CA model variants and each can be used for other species with similar spread mechanisms. Models completed include: Pinewood nematode Bursaphelenchus xylophilus; Ash dieback, Chalara fraxinea; Pine pitch canker, Fusarium circinatum; Dothistroma needle blight, Dothistroma septosporum; Siberian moth Dendrolimus sibiricus; Emerald ash borer, Agrilus planipennis; Alder phytophtora The biology

Modellers work closely in ISEFOR with experts on the biology of the pest or pathogen: Christelle

Robinet INRA; Thomas Kirisits BOKU; Jan Stenlid SLU; Andrea Vannini and AnnaMaria Vettraino

UNITUS; Alberto Santini IPP-CNR; Stephen Woodward UOAberdeen; Paolo Capretti UoFirenze.

Model inputs, rules and parameters

Knowledge of pest and pathogen spread, host species cover, entry points and climatic variables are incorporated in the models via inputs and rules and determine cell states and transitions.

Model outputs

Model outputs include raster maps of forests, infected trees per cell, years of infection, probability of infection; area and percentage of infected cells; temporal development of infection.

Workshop Schedule

Day 1 Wednesday 19th February

Register from 11:15am onwards
1pm Welcome and buffet lunch
2pm Explanation of the models (7 models) How they work and results from each model
3:30pm Break
4pm Working with the models. In working groups, each group uses one model
5:30pm Question and answers from Day 1
7pm Dinner

Day 2 Thursday 20th February

8:30am Concluding sessions: Groups present their results
9:15am The models and the results are discussed
10:30am Break
11am Overall discussion on modelling invasive pests and pathogens
1pm workshop end delegates prepare to depart

Заместитель директора ИБХ академик Гришин Е.В. поведает об истории изучения ядовитых гадов в нашем Институте. О возможностях современной науки о ядах — токсинологии — расскажут заведующий лабораторией биофизики синаптических процессов ИЭФБ РАН д.б.н. Д.Б. Тихонов, заведующий лабораторией лиганд-рецепторных взаимодействий ИБХ д.х.н. Кашеверов И.Е. и с.н.с. лаборатории нейрорецепторов и нейрорегуляторов ИБХ к.х.н. Василевский А.А..

Семинар состоится 24-го октября 2013 г. (четверг) в 18:00* в Малом зале ИБХ. Вход свободный — мы приглашаем всех интересующихся! Для гостей не из ИБХ: не забудьте взять с собой паспорт. Большая просьба не опаздывать.
* — Не перепутайте, в 18:00, а не в 15:00, как обычно!

О чем расскажут на семинаре
Чем смазывают наконечники стрел индейцы? Что делали сотрудники ИБХ в Перу? Из чего состоят яды змей, лягушек, пауков и моллюсков? Почему рыбу фугу готовят только специально обученные повара? Как работают содержащиеся в ядах токсины? Ионные каналы в мембранах нейронов и мышечных клеток: что мы знаем благодаря токсинам? Яд vs. лекарство: что может быть общего? Какие токсины уже стали препаратами? Почему фармакологические компании интересуются успехами токсинологов?

---

Поблагодарили (1): NMR-guy