Это ссылка на сайт лаборатории Физики белка Института белка РАН. Сайт содержит лекции А.В. Финкельштейна по физике белка, ссылку на местное зеркало PDB, местное зеркало сайта структурной классификации белков, программы - предсказатели вторичной структуры белков, а так же огромное количество ссылок на различные базы данных и прочие полезные ресурсы.
Листал ваши методы и в разделе работы с белками и гель электрофорезом наткнулся на методику сушки геля без "драера". Хочу добавить очень простой, на мой взгляд, способ сушки геля вертикального электрофореза для камер типа SE250 Hoefer, SE1 Helicon и других подобных при толщине геля 0,8 мм. При уверенной работе процедура занимает меньше 5 минут.
Желаю удачи!
Андрей Шанько, shanko@iab.ac.ru Всероссийский Институт Агрономической Биотехнологии (Москва).
Новый "протокол" на сайте. Выложена "Номенклатура генотипа бактерий". Готовили неспециалисты в бактериальной генетике. Было бы здорово, если бы кто-то знающий просмотрел не проскочили ли какие-то неточности.
В качестве подарка прекрасной половине "Практической молекулярной биологии" к 8 Марта посылаю вам протокол в секцию 17. Случается иногда, что концентрация белка в растворе слишком мала для анализа, или объем слишком велик, чтобы нанести нужное количество белка на гель. Тут-то и помогает ОСАЖДЕНИЕ БЕЛКОВ ТРИХЛОРУКСУСНОЙ КИСЛОТОЙ.
Cheers, Дима dmitry@pharm.sunysb.edu Dr. Dmitry Zharkov Department of Pharmacological Sciences State University of New York at Stony Brook (631) 444 3585
Владимир Антоненко (antonenko_v@mail.ru) из группы генной инженерии Институт Белка прислал протокол "Синтез RNA in vitro". Синтез идёт прямо на неочищенной PCR смеси, из 100µl реакционной смеси (с 10µl PCR продуктов) получается примерно 200-300µg RNA.
Мы получили несколько писем с вопросом, почему BioMail не работает с января 2001г. Поэтому мы объясняем ситуацию.
BioMail использует для поиска литературы базу данных PubMed. Организаторы PubMed в настоящее время индексируют базу данных используя 'MeSH terms'. Этот индекс должен обновляться время от времени, в соответствии с изменениями в медицине и биологии.
С 14 января начато обновление индекса и пока оно идёт добавление новых ссылок приостановлено. Поэтому BioMail ничего нового и не находит (вручную - тоже не найдётся).
Подводя итог: с программой BioMail всё хорошо, она работает и начнёт предоставлять ссылки как только восстановится обновление PubMed.
Выход: в зависимости от типа ткани: 0.3 - 200ng DNA на 1mg ткани. В наших руках из листьев арабидопсиса получалось 80ng/mg. Наибольший выход из эмбрионов и листьев, наименьший - из органов хранения крахмала. Получается ДНК размером 40 - 70kbp. Годится для рестрикции и PCR.
Автор не является специалистом по работе с растениями, но работала с этой методикой и она понравилась. Поэтому, если у кого-то есть комментарии или какие-то другие способы, было бы приятно о них узнать.
База знаний по биологии человека: связанные друг с другом гипертекстовые базы данных по молекулярной биологии, физиологии, генетике, клеточной биологии, биохимии, патологии, онкогенетике, биологии развития, 2000 выходов на международные интернетовские базы данных, описано функционирование физиологических, молекулярно-биологических, генетических систем, генов, белков, более 1000 иллюстраций.
ПРИСОЕДИНЯЙТЕСЬ! Присылайте Ваши файлы! Мы их включим в БД!
Сдвиг заряда белков за счет присутствия в буферах и геле низкой концентрации SDS позволяет добиваться значительного сокращения времени проведения электрофореза (4 часа против 48 часов по сравнению с электрофорезом в градиенте плотности ПААГ) и значительно улучшает картинку при последующем блоттинге, при этом при данной концентрации SDS (ее все-же необходимо подбирать в зависимости от исследуемого образца) не наблюдается изменения белкового спектра за счет развала белков на субъединицы.
По поводу нового протокола некоторые комментарии: (i) большинство "старых" протоколов были вычитаны непосредственно в процессе работы, в новых могут быть описки; (ii) протокол в целом готов, но осталось несколько вопросов, может быть кто-нибудь сможет помочь:
-?- хотелось бы добавить таблицу по поводу плотностей приреплённых и суспензионных культур клеток [cell/cm2; cell/ml]; -?- состав Версена; -?- как мыть культуральный пластик; -?- как чистить CO2 инкубатор при заростах; -?- как чистить ламинар (всерьёз, кроме регулярных протирок детергентом и 70% спиртом); -?- можно ли модифицировать поверхнось дешёвого пластика, чтобы использовать его для клеточных культур.