Займемся последовательностями

Попробуем показать на карте последовательности Шайна–Дальгарною Для них мы знаем точный порядок нуклеотидов. Нажмем на клавишу "Subsequence Search", расположенную внизу вертикальной панели VC. Также как и для рестрикционного анализа, в верхней части окна программы появится панель Subsequence Search.

В поле "Find Sequence" введем первую последовательность GGAGG. Установим опцию "Entire sequence" (если она не установлена по умолчанию). Далее, нажмем на клавишу "Search". Программа найдет 5 регионов, из которых последовательностью Шайна–Дальгарно является только верхний (позиция 1905 - 1909). Установим флажок в строке с этими параметрами, и отметка сразу появится на карте.

Символы "+" и "–" в столбце Direction указывают на направление чтения последовательности. Таким образом, для последовательности AGT программа будет искать еще и TGA.

Проведем аналогичную процедуру и для второй последовательности. Нас интересует последовательность, комплементарная GAAAA. Надо учесть, что Subsequence Search ищет только в прямой последовательности (как либо заставить программу искать в комплементарной последовательности у меня не получилось), поэтому искать надо CTTTT. Искомая последовательность будет под пятым номером в перечне результатов поиска. Для того чтобы поместить последовательность на нашу карту, отметим ее флажком.

Программа решила переместить название карты в центр, да и отмеченные последовательности хорошо бы переименовать. Поэтому модифицируем полученную карту. Переместим название карты, а затем, выделим метки найденных последовательностей (удерживая клавишу <Ctrl> или <Shift>), кликнем правой клавишей мыши на одной из меток и в выпадающем меню выберем опцию Properties. В появившемся окне, в поле "Name" укажем имя SD SEQ. Затем пользуясь инструментами из верхней панели программы поменяем размер шрифта и цвет надписей.

Нанесем на карту маркеры и регионы

В режиме "Map View" выберем на верхней панели инструментов пиктограмму "Add Region".

В появившемся окне, в поле "Name" зададим название первого региона Tet(R) для гена устойчивости к тетрациклину, укажем начало и конец региона и его направление, а также выберем цвет.

После того, как все параметры заданы, нажмем на клавишу "Add Another" (вместо клавиши ОК). Регион появится на карте, а мы сможем продолжить ввод параметров для следующего региона. Последовательно добавим ген устойчивости к ампицилину Amp(R), ROP-протеин, промоторы и эффектор-сайты.

Теперь нанесем на карту маркер точки начала репликации ORI. Для этого нажмем на пиктограмму "Add Marker" (она находится справа от пиктограммы "Add Region"). В появившемся окне зададим имя и позицию маркера (ORI, позиция 2535). Ну и, наконец, поработаем немного со шрифтом добавленных меток. На мой взгляд, получилось неплохо.

Эти же материалы в формате MS Word можно забрать на сайте WETWARE

Дополнения, комментарии, вопросы