Главная страница MolBiol.ru > Методы > Real-time PCR > Выбор методики Rambler's Top100
ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

3. Какую методику выбрать?

a11


    В таблице, приведенной ниже, сравниваются методики SYBR Green и TaqMan.

    Технологии Molecular beacons и LightCycler стоят ощутимо дороже, и их осмысленно применять лишь в том случае, когда требуется крайне специфичная детекция лишь одного из образующихся PCR-продуктов (например, при анализе SNP).


    МетодикаДостоинстваНедостатки
    SYBR GreenЗначительно дешевле собрать новую реакцию, т.к. достаточно лишь заказать новые праймеры.Невозможность работать больше, чем с одной PCR-реакцией в одной реакционной смеси.

    Высокие требования к специфичности реакции - любая двуцепочечная ДНК, в том числе димеры праймеров, будет генерировать репортерную флуоресценцию.

    Меньшая точность при малых количествах субстрата.
    TaqManВозможность проведения нескольких количествленных реакций в одной смеси.

    Меньшие требования к специфичности реакции: репортерная флуоресценция будет генерироваться только при гибридизации пробы со специфическим PCR-продуктом.

    Бóльшая точность при малых количествах субстрата.
    Дороговизна. Новый зонд (около $200) для каждой реакции.

    Меньше возможностей для оптимизации (если реакция не пошла с данной комбинацией зонда и праймеров, то, скорее всего, придется заказывать новый зонд и новые праймеры).


    Итак, SYBR Green - методика первого выбора для экспериментов, в которых требуется определение количества одного продукта.

    Переходить от SYBR Green к TaqMan имеет смысл в случае, если:

    1. SYBR Green реакцию не удается оптимизировать, попробовав 2-3 пары праймеров.
    2. Количества субстрата недостаточны для достоверного анализа SYBR Green.

    Обычно SYBR Green хорошо работает примерно до C(T) = 35-37, затем точность начинает падать. Диапазон достоверности результатов легко проверить для каждой конкретной пары праймеров, проведя несколько независимых real-time PCR.


    Сразу же начинать с TaqMan рекомендуется, когда:

    1. Планируется работать с крайне малыми количествами субстрата (например, single cell PCR),
    2. Не удается подобрать качественные праймеры к интересующей последовательности.

    TaqMan необходим также, когда требуется проконтролировать в одной пробирке образование нескольких PCR-продуктов, как с одной пары праймеров, так и с нескольких. Однако нужно иметь в виду, что увеличение количества реакций в одной пробирке значительно усложняет оптимизацию, поэтому без необходимости это делать не рекомендуется.


    Упомянем два случая, в которых представляется осмысленным проведение 2-х реакций в одной пробирке:

    1. Single-cell PCR,
    2. Поточные эксперименты, в которых уменьшение количества реакций в два раза значительно уменьшает стоимость работы.

    Контроль больше двух продуктов в одной пробирке, скорее всего, потребует огромных усилий по наладке эксперимента, и прибегать к таким схемам рекомендуется лишь в исключительных случаях.


    Напомним также, что не каждая real-time PCR машина способна детектировать флуоресценцию больше, чем в одном канале. Двухканальные машины достаточно распространены, а вот четырехканальная аппаратура в настоящее время лишь начинает появляться на рынке.



    предыдущая часть 3. Какую методику выбрать? следующая часть




MolBiol.ru: http://molbiol.ru
e-mail: redactor@molbiol.ru
просмотров: 22270

    Дополнения, комментарии, вопросы

    Гость /07.06.2005 08:24/
    Уважаемый автор. Людям знающим на Вашем сайте делать нечего: они и так все знают. А вот те, кто ходит к Вам за информацией, хотели бы знать, что означают некоторые сокращения. Например, что это значит: C(T) = 35-37.



    Гость /27.10.2005 10:09/
    Уважаемый Автор! Спасибо за информацию по методам ПЦР. Ещё хотельсь бы знать(я занимаюсь поставками амплификаторов): для чего используются такие методы, как FAM, JOE, HEX, TET, VIC, Cy3, ROX, Texas Red? Хотя бы кратенько!!!



    watchesonline89 /17.12.2022 10:11/
    https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756646005.html ( https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756646005.html )
    https://omegawatches89.bigcartel.com/produc...s-replica-rolex ( https://omegawatches89.bigcartel.com/product/swiss-replica-rolex )
    https://penzu.com/p/d8b4c076 ( https://penzu.com/p/d8b4c076 )
    https://omegawatches89.gumroad.com/p/reason...-are-so-popular ( https://omegawatches89.gumroad.com/p/reasons-why-replica-watches-are-so-popular )
    https://omegawatches89.gumroad.com/p/tips-f...replica-watches ( https://omegawatches89.gumroad.com/p/tips-for-buying-replica-watches )
    https://omegawatches89-95.webselfsite.net/a-propos ( https://omegawatches89-95.webselfsite.net/a-propos )
    https://anotepad.com/notes/2w2d9wgq ( https://anotepad.com/notes/2w2d9wgq )
    https://www.myminifactory.com/stories/reaso...s-6331ca21647d6 ( https://www.myminifactory.com/stories/reasons-why-you-should-buy-replica-watches-6331ca21647d6 )
    https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300837.html ( https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300837.html )
    https://blog.udn.com/omegawatches89/176226733 ( https://blog.udn.com/omegawatches89/176226733 )
    https://62e8da780bf7c.site123.me/blog/where...-watches-online ( https://62e8da780bf7c.site123.me/blog/where-to-find-elegant-and-gorgeous-panerai-replica-watches-online )
    https://wakelet.com/wake/NSGeOdLxkniZ60lTSrkpM ( https://wakelet.com/wake/NSGeOdLxkniZ60lTSrkpM )
    https://telegra.ph/Replica-Watches-Find-Hig...ms-Online-08-03 ( https://telegra.ph/Replica-Watches-Find-High-Quality-But-Inexpensive-Items-Online-08-03 )
    https://omegawatches89.simplesite.com/452939025 ( https://omegawatches89.simplesite.com/452939025 )








       




Дата последней модификации: 30/07/13

ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

molbiol.ru  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама

molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов   Rambler