Главная страница MolBiol.ru > Расчёты > Нукл. последовательности > Трансляция Rambler's Top100  English version
ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

Трансляция нуклеотидной последовательности

Форма проводит трансляцию нуклеотидной последовательности в выбранных рамках считывания. Можно выбирать несколько рамок одновременно.

       Название (не обязательно):  
       Нуклеотидная последовательность без названия:
    (регистр значения не имеет, игнорируются любые знаки, кроме: agctuswrymkhbdvn)


       

       Нуклеотидная последовательность:
       выводить по нуклеотидов в строке;
       вывести исходную последовательность;
       вывести комплементарную последовательность в 5' --> 3' направлении;

       Трансляция нуклеотидной последовательности:
       выводить по аминокислот в строке, код:  
       транслировать в следующих рамках считывания:
        +1;     +2;     +3;     все
        -1;     -2;     -3;    


       Выравнивание:
       выровнять аминокислотные последовательности относительно нуклеотидной.


    Если нужно найти редкие кодоны, то лучше использовать форму "Поиск редких кодонов в кодирующей последовательности" (кстати, она выдаёт пронумерованные последовательности). Различные манипуляции с нуклеотидной последовательностью (чтение в обратную сторону, чтение комплементарной, перевод в двухцепочечную) можно выполнить с помощью специальной формы. Имеется программа для чтения нуклеотидной последовательности вслух.



    Стандартные обозначения полиморфных позиций:

    СимволОбозначаетОбъяснение
    RA или GpuRine
    YC или TpYrimidine
    MA или CaMino
    KG или TKeto
    SC или Gсильное /Strong/ взаимодействие - три
    водородные связи
    WA или Tслабое /Weak/ взаимодействие - две
    водородные связи
    H(A, C, T) но не GH следует за G в алфавите
    B(C, G, T) но не AB следует за A в алфавите
    V(A, C, G) но не T(U)V следует за T(U) в алфавите
    D(A, G, T) но не CD следует за C в алфавите
    N(A, G, C, T)любое основание / Nucleotide


    MolBiol.ru: http://molbiol.ru
    e-mail: redactor@molbiol.ru
    просмотров: 31678

      Дополнения, комментарии, вопросы

      _yack_ /11.01.2006 03:21/
      Уважаемый редактор!
      Может быть стоит сделать выбор однобуквенного кода по умолчанию?



      daniil naumoff /09.11.2006 12:27/
      А может возможно дополнить сервис так, чтобы можно было указывать номер нуклеотидной последовательности в GenBank, а программа выдавала её трансляцию? И плюс к этому чтобы также можно была координатами задавать интересующий для трансляции фрагмент длинной последовательности (например с 189034 по 198152 нуклеотид данной последовательности). Такой формат запроса наряду с указанием самого сиквенса воспринимается стандартными программами семейства blast.








         


Смотри также:
/ссылки на сетевые ресурсы/


Дата последней модификации: 30/07/13

ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

molbiol.ru  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама

molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов   Rambler